More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3173 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  100 
 
 		 404 aa  830    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  69.12 
 
 		 407 aa  565  1e-160  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  56.09 
 
 		 399 aa  462  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  54.33 
 
 		 402 aa  429  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  54.23 
 
 		 379 aa  429  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  53.9 
 
 		 418 aa  426  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  48.98 
 
 		 404 aa  413  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  53.2 
 
 		 406 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  53.2 
 
 		 406 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  51.85 
 
 		 387 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  50.51 
 
 		 387 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  51.18 
 
 		 387 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  46.13 
 
 		 410 aa  364  2e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  50.39 
 
 		 387 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  41.92 
 
 		 390 aa  325  1e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  45.83 
 
 		 396 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  43.68 
 
 		 393 aa  304  2.0000000000000002e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  44.1 
 
 		 393 aa  303  2.0000000000000002e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  42.94 
 
 		 399 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  42.46 
 
 		 394 aa  300  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  42.08 
 
 		 391 aa  298  1e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  43.85 
 
 		 390 aa  294  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  42.13 
 
 		 393 aa  292  6e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  43.02 
 
 		 395 aa  292  8e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  43.26 
 
 		 393 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  42.9 
 
 		 382 aa  289  7e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  42.86 
 
 		 397 aa  288  9e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  41.39 
 
 		 394 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  39.68 
 
 		 373 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  41.67 
 
 		 394 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  43.91 
 
 		 394 aa  283  3.0000000000000004e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  43.75 
 
 		 355 aa  283  4.0000000000000003e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  39.55 
 
 		 397 aa  275  1.0000000000000001e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  41.96 
 
 		 422 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  39.55 
 
 		 405 aa  270  2.9999999999999997e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  41.69 
 
 		 415 aa  269  5.9999999999999995e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  37.91 
 
 		 399 aa  267  2.9999999999999995e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  37.95 
 
 		 407 aa  263  4.999999999999999e-69  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  36.51 
 
 		 375 aa  259  7e-68  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  38.32 
 
 		 409 aa  251  1e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  36.67 
 
 		 401 aa  239  5e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  38.16 
 
 		 399 aa  234  3e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  32.44 
 
 		 358 aa  230  4e-59  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  37.05 
 
 		 398 aa  224  1e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  37.78 
 
 		 391 aa  213  3.9999999999999995e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  38.29 
 
 		 377 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  34.77 
 
 		 378 aa  199  6e-50  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  35.31 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  35.33 
 
 		 384 aa  196  8.000000000000001e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  34.59 
 
 		 342 aa  196  8.000000000000001e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  35.51 
 
 		 380 aa  194  2e-48  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  35.53 
 
 		 389 aa  193  5e-48  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  35.21 
 
 		 380 aa  189  7e-47  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  32.71 
 
 		 480 aa  173  5e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  32.09 
 
 		 479 aa  173  5.999999999999999e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  34.64 
 
 		 349 aa  171  3e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  32.39 
 
 		 363 aa  170  4e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  31.25 
 
 		 561 aa  169  1e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  34.2 
 
 		 769 aa  165  2.0000000000000002e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  30.36 
 
 		 496 aa  163  6e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  32.42 
 
 		 501 aa  162  7e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  31.43 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  31.86 
 
 		 358 aa  160  5e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.75 
 
 		 397 aa  157  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  29.7 
 
 		 359 aa  156  6e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  31.28 
 
 		 377 aa  154  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  29.23 
 
 		 354 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  29.18 
 
 		 414 aa  151  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  30.08 
 
 		 405 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  29.3 
 
 		 349 aa  150  4e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  30.37 
 
 		 356 aa  149  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  30.26 
 
 		 327 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  29.23 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2082  radical SAM family protein  31.27 
 
 		 321 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.460163 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  29.51 
 
 		 358 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30.83 
 
 		 366 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  29.23 
 
 		 358 aa  145  9e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  32.08 
 
 		 325 aa  145  1e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  30.09 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  30.06 
 
 		 330 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  31.94 
 
 		 380 aa  144  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  32.33 
 
 		 381 aa  144  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  28.33 
 
 		 350 aa  144  4e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  31.74 
 
 		 372 aa  143  7e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 		 358 aa  142  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  30.92 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 		 330 aa  139  7.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  29.77 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 		 378 aa  138  2e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 		 370 aa  138  2e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  28.73 
 
 		 373 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 		 399 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  27.42 
 
 		 368 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  29.11 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  27.67 
 
 		 369 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 		 389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  29.89 
 
 		 335 aa  133  6.999999999999999e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  29.39 
 
 		 333 aa  132  7.999999999999999e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>