More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3142 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  100 
 
 
275 aa  543  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.73 
 
 
275 aa  478  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.68 
 
 
317 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.443713  normal  0.627473 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.58 
 
 
317 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.568723  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
283 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
319 aa  188  8e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235146  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.58 
 
 
315 aa  188  9e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338666  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
316 aa  187  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.552575 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
319 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
317 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.330167  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
276 aa  182  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
286 aa  182  6e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
278 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
285 aa  181  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 
280 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.303025  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
271 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
275 aa  179  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
277 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.23 
 
 
297 aa  176  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
279 aa  175  6e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
277 aa  174  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353789  normal  0.790416 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
278 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3672  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.65 
 
 
277 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.191343  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
278 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
299 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
299 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
274 aa  173  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.9066  normal  0.435889 
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  32.14 
 
 
291 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  32.14 
 
 
291 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
288 aa  172  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
281 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610418 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
289 aa  171  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
275 aa  170  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.299262  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
293 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.21 
 
 
288 aa  168  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
293 aa  168  7e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
277 aa  168  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
287 aa  168  9e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
292 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
277 aa  167  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 
283 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.98 
 
 
283 aa  167  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
275 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
276 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.577285  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
274 aa  167  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
275 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4134  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  38.12 
 
 
295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
281 aa  166  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2697  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
293 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
289 aa  166  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.872391  normal  0.176709 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.08 
 
 
273 aa  165  6.9999999999999995e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.136412  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
273 aa  165  8e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3853  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
275 aa  165  8e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0623628 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
274 aa  165  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610127  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1884  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  32.01 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.683331 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.89 
 
 
275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.607728  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.489917  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03720  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.21 
 
 
298 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.652933 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  31.95 
 
 
292 aa  163  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11600  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.38 
 
 
283 aa  163  3e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
253 aa  163  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
296 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
284 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.288507  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000390677  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
277 aa  162  6e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000244229  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03310  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
288 aa  162  7e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0280  ABC transporter, inner membrane subunit  34.03 
 
 
280 aa  160  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.787211  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
296 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1103  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  33.94 
 
 
283 aa  160  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.216355  normal  0.105298 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
282 aa  160  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
306 aa  160  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
255 aa  160  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
273 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0697  mannitol ABC transporter, permease protein  34.68 
 
 
285 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
280 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.326107  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
280 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.622209  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
304 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
280 aa  159  6e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.565272 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1263  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.74 
 
 
269 aa  159  7e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
289 aa  159  7e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.023138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
289 aa  159  7e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0617645 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
289 aa  159  7e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.820737  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
284 aa  158  8e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04600  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
277 aa  158  9e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2142  transmembrane ABC transporter protein  34.22 
 
 
286 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000847847  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1037  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  34.68 
 
 
288 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20470  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.34 
 
 
289 aa  158  1e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0780045  normal  0.389193 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0633  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  34.68 
 
 
288 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.416543  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
311 aa  157  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2467  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  34.68 
 
 
288 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0874  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  34.68 
 
 
288 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0878  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  34.68 
 
 
288 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.622128  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
278 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0081  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  34.68 
 
 
288 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0141244  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
316 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
283 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.062126  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
280 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248821  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>