20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3079 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3079  AzlD branched-chain amino acid transport  100 
 
 
110 aa  210  5.999999999999999e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.900349  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2458  branched-chain amino acid transport  58.95 
 
 
110 aa  117  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.478648  normal  0.376832 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3758  branched-chain amino acid transport  49.51 
 
 
114 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6126  putative transmembrane protein  61.17 
 
 
110 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.603631  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2394  branched-chain amino acid transport  61.17 
 
 
110 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0430  branched-chain amino acid transport  53.21 
 
 
110 aa  101  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000591514  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0460  branched-chain amino acid transport  47.87 
 
 
113 aa  98.2  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0388  branched-chain amino acid transport  32.63 
 
 
108 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1416  branched-chain amino acid transport  30.84 
 
 
109 aa  50.8  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.456547  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0494  hypothetical protein  35.45 
 
 
107 aa  50.1  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1961  branched-chain amino acid transport  34.29 
 
 
109 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0403  branched-chain amino acid transport  32.63 
 
 
108 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.661242 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0093  branched-chain amino acid transport  33.33 
 
 
103 aa  48.9  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0512  hypothetical protein  34.48 
 
 
108 aa  47.4  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.700284  normal  0.0494056 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1380  branched-chain amino acid transport  38.14 
 
 
119 aa  46.6  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.551237  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3607  branched-chain amino acid transport  45.1 
 
 
99 aa  45.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.459125  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2540  hypothetical protein  32.08 
 
 
114 aa  44.7  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.137358  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3972  branched-chain amino acid transport  33.98 
 
 
108 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.573883  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4072  integrase family protein  37.5 
 
 
109 aa  44.3  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2850  branched chain amino acid ABC transporter  34.69 
 
 
101 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>