More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3074 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3074  TPR domain protein  100 
 
 		 584 aa  1146    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.83813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  49.02 
 
 		 572 aa  492  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2472  TPR repeat-containing protein  50.38 
 
 		 566 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  50 
 
 		 566 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  54.05 
 
 		 425 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  44.63 
 
 		 566 aa  384  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  41.65 
 
 		 642 aa  348  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  38.74 
 
 		 595 aa  301  2e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  36.53 
 
 		 617 aa  298  2e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3217  tetratricopeptide TPR_2  36.31 
 
 		 593 aa  294  4e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.7268  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  36.04 
 
 		 572 aa  290  4e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  34.68 
 
 		 621 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  34.8 
 
 		 621 aa  280  4e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  34.62 
 
 		 621 aa  279  1e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1212  tetratricopeptide TPR_2  34.78 
 
 		 592 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4357  tetratricopeptide TPR_2  34.54 
 
 		 593 aa  276  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0312227  normal  0.0147446 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1085  TPR repeat-containing protein  34.78 
 
 		 592 aa  276  9e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  36.69 
 
 		 579 aa  273  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1230  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.4 
 
 		 594 aa  273  7e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1117  TPR repeat-containing protein  35.48 
 
 		 585 aa  272  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.573354 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  33.27 
 
 		 619 aa  271  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  33.93 
 
 		 677 aa  271  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.51 
 
 		 610 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133163  normal  0.433558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0566  TPR repeat-containing protein  34.21 
 
 		 610 aa  265  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2347  hypothetical protein  35.5 
 
 		 583 aa  265  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.172568 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2747  TPR repeat-containing protein  35.33 
 
 		 617 aa  258  3e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538174  normal  0.232228 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4380  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.56 
 
 		 619 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.842579  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3305  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.21 
 
 		 633 aa  249  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.68435  normal  0.412793 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0457  TPR repeat-containing protein  33.7 
 
 		 607 aa  247  4.9999999999999997e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3111  TPR repeat-containing protein  32.65 
 
 		 631 aa  243  6e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.651134 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4074  TPR repeat-containing protein  34.08 
 
 		 622 aa  243  6e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3430  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.65 
 
 		 633 aa  243  7e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.345499 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0382  TPR repeat-containing protein  29.48 
 
 		 576 aa  241  2e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2168  TPR repeat-containing protein  41.98 
 
 		 573 aa  176  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.28547  normal  0.066147 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4107  TPR repeat-containing protein  37.99 
 
 		 552 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2187  TPR repeat-containing protein  31.43 
 
 		 571 aa  172  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0264  TPR repeat-containing protein  41.3 
 
 		 599 aa  172  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.907544  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1284  TPR repeat-containing protein  29.87 
 
 		 612 aa  155  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  34.55 
 
 		 573 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  32.58 
 
 		 573 aa  148  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.55 
 
 		 566 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000120088  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2662  tetratricopeptide domain-containing protein  34.23 
 
 		 557 aa  140  7e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0513511  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  29.18 
 
 		 594 aa  137  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  29.96 
 
 		 573 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  31.36 
 
 		 568 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000162187  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1589  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.52 
 
 		 572 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.499739 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  29.69 
 
 		 567 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2645  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.92 
 
 		 572 aa  127  7e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000110346  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.49 
 
 		 557 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1872  TPR repeat-containing protein  30.91 
 
 		 594 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0261679  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  33.94 
 
 		 722 aa  120  7e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  36.74 
 
 		 586 aa  118  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  29.69 
 
 		 607 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  29.69 
 
 		 607 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  29.69 
 
 		 607 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  33.2 
 
 		 607 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  33.2 
 
 		 607 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  33.2 
 
 		 607 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  32.78 
 
 		 607 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  32.64 
 
 		 606 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  32.64 
 
 		 606 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  32.64 
 
 		 606 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  31.9 
 
 		 562 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  32.64 
 
 		 606 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  32.64 
 
 		 606 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  32.64 
 
 		 606 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  32.64 
 
 		 606 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  28.24 
 
 		 613 aa  110  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  32.23 
 
 		 606 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  31.44 
 
 		 632 aa  110  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1186  tetratricopeptide TPR_2  45.19 
 
 		 482 aa  109  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0407507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  30.08 
 
 		 613 aa  108  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3694  TPR repeat-containing protein  36.11 
 
 		 638 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.663272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  33.78 
 
 		 616 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04546  tetratricopeptide repeat family  29.11 
 
 		 551 aa  103  8e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  28.81 
 
 		 613 aa  102  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0856  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.7 
 
 		 563 aa  101  3e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000292509  normal  0.491449 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1861  TPR repeat-containing protein  28.35 
 
 		 565 aa  100  6e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.244613  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.82 
 
 		 564 aa  100  8e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  34.42 
 
 		 573 aa  100  9e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5430  tetratricopeptide TPR_4  29.49 
 
 		 595 aa  99.8  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  28.4 
 
 		 556 aa  97.4  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  34.11 
 
 		 572 aa  97.4  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2121  TPR repeat-containing protein  32.97 
 
 		 559 aa  97.4  6e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000963892  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0992  TPR repeat-containing protein  38.31 
 
 		 464 aa  97.1  8e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.37346  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  32.37 
 
 		 581 aa  96.3  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2210  hypothetical protein  32.47 
 
 		 559 aa  95.9  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0162146  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  28.36 
 
 		 574 aa  96.3  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1918  outer membrane lipoprotein LolB  37.12 
 
 		 494 aa  95.5  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  40.94 
 
 		 584 aa  95.9  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  28.18 
 
 		 575 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  30.09 
 
 		 584 aa  94  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1444  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.59 
 
 		 581 aa  94  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0231382  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.34 
 
 		 553 aa  93.2  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3495  tetratricopeptide TPR_4  30.08 
 
 		 620 aa  92.8  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000742446 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  31.54 
 
 		 609 aa  93.2  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  27.34 
 
 		 603 aa  93.2  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2555  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.77 
 
 		 804 aa  93.2  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.152731  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1296  tetratricopeptide TPR_4  29.39 
 
 		 594 aa  92.4  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.53 
 
 		 599 aa  91.3  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0259982 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>