More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3048 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  100 
 
 		 260 aa  511  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 243 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  38.3 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  36.59 
 
 		 255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  34.36 
 
 		 244 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  34.63 
 
 		 268 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  34.36 
 
 		 244 aa  139  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.92 
 
 		 258 aa  138  7e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  33.61 
 
 		 258 aa  138  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.63 
 
 		 264 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.63 
 
 		 264 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.63 
 
 		 264 aa  137  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.21 
 
 		 259 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.6 
 
 		 258 aa  135  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  37.5 
 
 		 257 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  35.68 
 
 		 244 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  37.5 
 
 		 257 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  37.5 
 
 		 257 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  37.5 
 
 		 257 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  37.5 
 
 		 257 aa  135  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  37.5 
 
 		 257 aa  135  9e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  37.5 
 
 		 257 aa  135  9e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  37.5 
 
 		 257 aa  135  9e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  34.98 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  34.98 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.98 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.98 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  34.98 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.19 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.98 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.98 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.19 
 
 		 258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.98 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  39.29 
 
 		 233 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.02 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.02 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  36.1 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.02 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.02 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.02 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  38.07 
 
 		 235 aa  132  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 255 aa  132  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.94 
 
 		 258 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  37.69 
 
 		 253 aa  132  7.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.77 
 
 		 258 aa  131  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  33.91 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  33.91 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  33.91 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  38.71 
 
 		 239 aa  129  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 252 aa  129  6e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 240 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 257 aa  128  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  35.5 
 
 		 249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  35.5 
 
 		 249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  35.5 
 
 		 249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1542  GntR domain-containing protein  39.15 
 
 		 244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.408327  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  35.5 
 
 		 249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  34.44 
 
 		 255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  33.05 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  36.05 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  39.65 
 
 		 250 aa  126  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  33.33 
 
 		 255 aa  125  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  37.28 
 
 		 245 aa  125  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  38.96 
 
 		 249 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  37.99 
 
 		 240 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  39.45 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  38.71 
 
 		 223 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 265 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  35.86 
 
 		 246 aa  122  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 269 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  37.55 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0787  GntR domain protein  39.24 
 
 		 237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  37.55 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 257 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  39.83 
 
 		 233 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  39.83 
 
 		 233 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  39.83 
 
 		 233 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  40.37 
 
 		 233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0743  GntR domain-containing protein  41.94 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3287  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0416745  normal  0.920841 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0254  GntR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.422711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 250 aa  112  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 251 aa  112  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 255 aa  112  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  33.87 
 
 		 247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  38.64 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  35.77 
 
 		 253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01468  putative regulatory protein, GntR family  36.24 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  35.1 
 
 		 253 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  32.78 
 
 		 240 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  34.15 
 
 		 253 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  34.41 
 
 		 255 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  34.41 
 
 		 255 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  34.41 
 
 		 255 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>