42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2947 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3300  Homospermidine synthase  66.81 
 
 
483 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3707  homospermidine synthase  66.95 
 
 
480 aa  664    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.134775  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2947  homospermidine synthase  100 
 
 
472 aa  981    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0190455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2688  homospermidine synthase  67.78 
 
 
483 aa  658    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.621214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2042  homospermidine synthase  66.53 
 
 
482 aa  645    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.418846  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5045  homospermidine synthase  67.51 
 
 
481 aa  656    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.501527  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0451  homospermidine synthase  66.39 
 
 
476 aa  645    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.045579 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2727  homospermidine synthase  66.32 
 
 
481 aa  637    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5462  Homospermidine synthase  67.02 
 
 
478 aa  654    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.52008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0956  homospermidine synthase  73.83 
 
 
473 aa  729    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2003  Homospermidine synthase  66.31 
 
 
482 aa  639    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.205758  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3602  Homospermidine synthase  65.97 
 
 
483 aa  652    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2317  Homospermidine synthase  65.96 
 
 
482 aa  643    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.102013  normal  0.442581 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0850  homospermidine synthase  63.45 
 
 
475 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.369039 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1646  homospermidine synthase  65.68 
 
 
476 aa  633  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322403  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0933  Homospermidine synthase  63.91 
 
 
476 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0921  homospermidine synthase  63.91 
 
 
478 aa  625  1e-178  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.126033  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1345  homospermidine synthase  63.69 
 
 
474 aa  624  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2138  homospermidine synthase  65.13 
 
 
476 aa  625  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3423  homospermidine synthase  62.5 
 
 
477 aa  618  1e-176  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.532331  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4552  homospermidine synthase  62.92 
 
 
477 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.900238  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0078  homospermidine synthase  62.39 
 
 
481 aa  612  9.999999999999999e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4263  homospermidine synthase  62.39 
 
 
481 aa  610  1e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.393392  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4834  homospermidine synthase  62.29 
 
 
478 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.109645  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0073  homospermidine synthase  61.34 
 
 
476 aa  599  1e-170  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.124838  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1078  homospermidine synthase  61.13 
 
 
476 aa  584  1.0000000000000001e-165  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1154  Homospermidine synthase  60.71 
 
 
476 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00185878 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3337  homospermidine synthase  52.75 
 
 
471 aa  476  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1354  homospermidine synthase  50.32 
 
 
475 aa  448  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.249376 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2012  Homospermidine synthase  50.97 
 
 
474 aa  435  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.50019  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1700  homospermidine synthase  46.67 
 
 
486 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.914151  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2416  hypothetical protein  41.45 
 
 
472 aa  376  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2562  hypothetical protein  41.45 
 
 
472 aa  378  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3061  homospermidine synthase  43.57 
 
 
469 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35790  putative homospermidine synthase  43.57 
 
 
469 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000430191  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1868  homospermidine synthase  44.73 
 
 
470 aa  363  4e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0694  homospermidine synthase  37.87 
 
 
486 aa  294  2e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0878  Homospermidine synthase  38.05 
 
 
485 aa  291  2e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1047  homospermidine synthase  35.65 
 
 
480 aa  281  2e-74  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.129007 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2685  homospermidine synthase  35.64 
 
 
482 aa  266  5.999999999999999e-70  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0137056  normal  0.192597 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2622  homospermidine synthase  33.75 
 
 
481 aa  242  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4066  hypothetical protein  39.02 
 
 
171 aa  43.9  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>