More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2945 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  100 
 
 
313 aa  629  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  81.88 
 
 
310 aa  492  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  77.3 
 
 
310 aa  474  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  77.02 
 
 
311 aa  471  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  78.93 
 
 
311 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  78.93 
 
 
311 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  78.93 
 
 
311 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  65.32 
 
 
314 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  66.32 
 
 
317 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.61 
 
 
321 aa  391  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.84 
 
 
311 aa  391  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.29 
 
 
321 aa  391  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.09 
 
 
313 aa  388  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  63.12 
 
 
313 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.26 
 
 
312 aa  384  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.74 
 
 
311 aa  381  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  63.07 
 
 
319 aa  381  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  63.05 
 
 
307 aa  381  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.26 
 
 
313 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  61.54 
 
 
314 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  62.54 
 
 
308 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  60.66 
 
 
313 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  63.25 
 
 
308 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  60 
 
 
307 aa  374  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  60.26 
 
 
320 aa  375  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  60.6 
 
 
311 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  59.11 
 
 
318 aa  362  3e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  60.68 
 
 
309 aa  362  6e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  60 
 
 
313 aa  352  4e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  62.24 
 
 
312 aa  352  7e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1592  prephenate dehydrogenase  62.93 
 
 
312 aa  350  2e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1873  Prephenate dehydrogenase  62.59 
 
 
312 aa  347  1e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.114366  normal  0.172447 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  56.62 
 
 
312 aa  335  5e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  58.72 
 
 
301 aa  330  1e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  56.16 
 
 
298 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0696  cyclohexadienyl dehydrogenase  59.41 
 
 
317 aa  312  3.9999999999999997e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  51.36 
 
 
301 aa  309  2.9999999999999997e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2888  cyclohexadienyl dehydrogenase  57.97 
 
 
300 aa  285  8e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1832  Prephenate dehydrogenase  46.74 
 
 
302 aa  276  4e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  43.6 
 
 
288 aa  243  3e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  44.13 
 
 
292 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  40.56 
 
 
286 aa  231  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  40.21 
 
 
286 aa  230  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  42.81 
 
 
287 aa  229  5e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  40.61 
 
 
288 aa  228  8e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  42.55 
 
 
290 aa  228  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  40.07 
 
 
286 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  41.24 
 
 
297 aa  226  3e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  44.37 
 
 
742 aa  225  6e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  45.36 
 
 
285 aa  222  7e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  40.57 
 
 
286 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  41.04 
 
 
534 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.86 
 
 
746 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  42.4 
 
 
735 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  40.28 
 
 
293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  41.79 
 
 
286 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  42.31 
 
 
291 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  41.37 
 
 
535 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  38.08 
 
 
286 aa  212  5.999999999999999e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  38.14 
 
 
319 aa  211  1e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  40.53 
 
 
746 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2857  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  40.64 
 
 
748 aa  206  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0613537  hitchhiker  0.0000000406549 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  40.07 
 
 
746 aa  205  8e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.43 
 
 
746 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  41.43 
 
 
295 aa  201  9e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  37.11 
 
 
770 aa  201  9e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.75 
 
 
746 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.75 
 
 
746 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.75 
 
 
746 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  40 
 
 
752 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0928  prephenate dehydrogenase  42.61 
 
 
296 aa  196  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582282  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  39.1 
 
 
298 aa  188  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  36.62 
 
 
294 aa  188  9e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  35.11 
 
 
367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2146  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  38.06 
 
 
745 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.470632  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  34.88 
 
 
293 aa  183  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  34.88 
 
 
293 aa  183  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  35.16 
 
 
293 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  38.75 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0718  prephenate dehydrogenase  37.46 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  34.27 
 
 
293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  35.61 
 
 
300 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  35.34 
 
 
289 aa  180  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  35.49 
 
 
290 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1358  Prephenate dehydrogenase  36.3 
 
 
290 aa  178  1e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.329341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0483  prephenate dehydrogenase  35.46 
 
 
367 aa  178  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  37.29 
 
 
334 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1616  Prephenate dehydrogenase  37.27 
 
 
293 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1206  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.43 
 
 
780 aa  177  3e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  38.54 
 
 
308 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  37.1 
 
 
302 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2467  prephenate dehydrogenase  35.38 
 
 
294 aa  176  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.200219 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1393  Prephenate dehydrogenase  35.38 
 
 
294 aa  175  9e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  38.21 
 
 
322 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1803  Prephenate dehydrogenase  39.01 
 
 
373 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.411636  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  37.32 
 
 
292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  35.46 
 
 
292 aa  172  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1184  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.4 
 
 
778 aa  172  5e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  37.87 
 
 
329 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  37.87 
 
 
329 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>