32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2900 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2900  light-harvesting protein B-800/850 beta chain  100 
 
 		 51 aa  103  7e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1581  antenna complex, alpha/beta subunit  86.27 
 
 		 51 aa  92.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0314  LHII beta, light-harvesting B800/850 protein  74.51 
 
 		 51 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0981  antenna complex, alpha/beta subunit  74.51 
 
 		 51 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1958  antenna complex, alpha/beta subunit  74.51 
 
 		 51 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1556  light-harvesting complex, beta subunit  74.51 
 
 		 51 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234529  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0208  antenna complex, alpha/beta subunit  74.51 
 
 		 51 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3037  antenna complex, alpha/beta subunit  74.51 
 
 		 51 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1335  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  77  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3890  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  77  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0231845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4770  antenna complex alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1678  antenna complex alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3787  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0410146 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2400  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0700836 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4448  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.600971 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4033  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4440  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.555045 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3783  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.999475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0219  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00256874  decreased coverage  0.00258596 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1238  antenna complex, alpha/beta subunit  62 
 
 		 51 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000000053381  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3789  antenna complex, alpha/beta subunit  60 
 
 		 51 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2391  antenna complex, alpha/beta subunit  62 
 
 		 51 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.112688 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3418  antenna complex alpha/beta subunit  58 
 
 		 51 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3422  antenna complex alpha/beta subunit  58 
 
 		 51 aa  70.5  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.418252  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3081  light harvesting protein B-800-850  58 
 
 		 52 aa  67.8  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1407  antenna complex, alpha/beta subunit  60.87 
 
 		 59 aa  65.1  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2927  antenna complex alpha/beta subunit  58 
 
 		 47 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2610  antenna complex, alpha/beta subunit  60 
 
 		 47 aa  58.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.202435  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2862  antenna complex, alpha/beta subunit  60 
 
 		 47 aa  58.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0341881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6108  LHI beta, light-harvesting B875 subunit  42 
 
 		 49 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.536338  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2032  antenna complex, alpha/beta subunit  42 
 
 		 60 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.832687 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1902  antenna complex, alpha/beta subunit  42 
 
 		 49 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621384  normal  0.411147 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>