More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2790 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  100 
 
 		 322 aa  618  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.4 
 
 		 466 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  73.54 
 
 		 508 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  68.57 
 
 		 422 aa  372  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  73.54 
 
 		 489 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  65.62 
 
 		 296 aa  362  4e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  71.31 
 
 		 457 aa  344  8.999999999999999e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.19 
 
 		 327 aa  326  3e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  63.75 
 
 		 293 aa  308  8e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.07 
 
 		 576 aa  305  7e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  64.81 
 
 		 704 aa  303  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  63.52 
 
 		 598 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  63.95 
 
 		 689 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  63.52 
 
 		 598 aa  301  1e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  63.25 
 
 		 795 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  52.9 
 
 		 577 aa  299  5e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  63.79 
 
 		 576 aa  298  6e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  63.09 
 
 		 698 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.76 
 
 		 601 aa  296  4e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  61.54 
 
 		 680 aa  295  7e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  51.08 
 
 		 372 aa  295  7e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  62.39 
 
 		 736 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  61.11 
 
 		 687 aa  293  4e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  60.68 
 
 		 743 aa  291  9e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  61.97 
 
 		 690 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  59.24 
 
 		 499 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  52.92 
 
 		 674 aa  287  1e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.47 
 
 		 669 aa  287  2e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.37 
 
 		 620 aa  285  9e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.94 
 
 		 247 aa  281  7.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  60.26 
 
 		 466 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  59.91 
 
 		 576 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  58.46 
 
 		 784 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.94 
 
 		 609 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.75 
 
 		 501 aa  275  6e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  59.32 
 
 		 676 aa  275  7e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  59.11 
 
 		 264 aa  275  8e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.45 
 
 		 528 aa  273  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  59.19 
 
 		 286 aa  263  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  52.77 
 
 		 270 aa  234  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  52.25 
 
 		 285 aa  229  4e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  44.58 
 
 		 253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  49.12 
 
 		 251 aa  176  5e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  46.82 
 
 		 239 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 258 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0802  pseudouridine synthase  46.58 
 
 		 268 aa  165  8e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0903267  normal  0.0729553 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  46.4 
 
 		 736 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 587 aa  162  7e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.89 
 
 		 686 aa  162  9e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 249 aa  162  9e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 567 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 417 aa  160  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 274 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 236 aa  160  3e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  38.15 
 
 		 386 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  43.62 
 
 		 250 aa  159  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  38.44 
 
 		 386 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39 
 
 		 332 aa  159  5e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.04 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.26 
 
 		 405 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  41.96 
 
 		 278 aa  158  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.72 
 
 		 633 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.59 
 
 		 271 aa  157  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  42.42 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  44.55 
 
 		 556 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 626 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  40.16 
 
 		 597 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.88 
 
 		 290 aa  155  9e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.18 
 
 		 255 aa  155  9e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  39.75 
 
 		 554 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  39.75 
 
 		 554 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 266 aa  155  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  39.75 
 
 		 554 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  39.75 
 
 		 554 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.79 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 554 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  39.75 
 
 		 513 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  38.93 
 
 		 594 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  36.71 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  39.75 
 
 		 502 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 233 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  39.75 
 
 		 554 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 268 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.73 
 
 		 240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.24 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 243 aa  153  4e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  38.93 
 
 		 594 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  37.67 
 
 		 230 aa  153  4e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  44.29 
 
 		 624 aa  153  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 238 aa  153  4e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  36.96 
 
 		 235 aa  153  5e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 355 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  39.75 
 
 		 380 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 544 aa  152  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.75 
 
 		 572 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  39.75 
 
 		 572 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>