117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2587 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  100 
 
 		 342 aa  693    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  73.43 
 
 		 358 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  72.16 
 
 		 383 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  72.16 
 
 		 383 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  69.11 
 
 		 335 aa  437  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  53.8 
 
 		 349 aa  382  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  58.36 
 
 		 332 aa  378  1e-104  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  58.36 
 
 		 366 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  58.97 
 
 		 366 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  48.97 
 
 		 347 aa  374  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  58.41 
 
 		 346 aa  373  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  52.47 
 
 		 383 aa  369  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  55.36 
 
 		 371 aa  362  6e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  57.06 
 
 		 375 aa  357  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  53.37 
 
 		 348 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  50.29 
 
 		 351 aa  355  5.999999999999999e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  53.75 
 
 		 348 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  51.23 
 
 		 362 aa  347  1e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  47.48 
 
 		 340 aa  343  4e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  55.19 
 
 		 340 aa  338  7e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  55.89 
 
 		 344 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  53.47 
 
 		 382 aa  331  9e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  55.22 
 
 		 335 aa  331  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  53.78 
 
 		 383 aa  328  6e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  54.68 
 
 		 350 aa  328  7e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  54.68 
 
 		 338 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  54.38 
 
 		 338 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  45.57 
 
 		 332 aa  326  3e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  54.98 
 
 		 338 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  54.38 
 
 		 338 aa  325  9e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  50 
 
 		 368 aa  322  5e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  47.85 
 
 		 332 aa  301  1e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  48.33 
 
 		 328 aa  298  7e-80  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  49.24 
 
 		 328 aa  286  2.9999999999999996e-76  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  49.39 
 
 		 340 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  37.46 
 
 		 328 aa  264  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  47.13 
 
 		 348 aa  256  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  36.19 
 
 		 328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  36.19 
 
 		 328 aa  252  6e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  43.84 
 
 		 348 aa  251  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  46.25 
 
 		 344 aa  250  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  44.34 
 
 		 344 aa  250  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  46.5 
 
 		 351 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  44.87 
 
 		 349 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  44.87 
 
 		 352 aa  247  3e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  43.75 
 
 		 347 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  46.82 
 
 		 356 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  43.48 
 
 		 348 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  34.77 
 
 		 330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  44.57 
 
 		 352 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  44.57 
 
 		 352 aa  243  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  41.41 
 
 		 355 aa  239  6.999999999999999e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  43.8 
 
 		 365 aa  238  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  44.02 
 
 		 345 aa  237  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  44.13 
 
 		 329 aa  236  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  45.86 
 
 		 390 aa  233  3e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  43.48 
 
 		 334 aa  229  5e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  41.54 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  41.25 
 
 		 336 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  40.9 
 
 		 337 aa  225  9e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  43.73 
 
 		 351 aa  224  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  43.85 
 
 		 371 aa  222  8e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  41.85 
 
 		 335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  41.92 
 
 		 338 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  41.37 
 
 		 337 aa  216  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  42.51 
 
 		 337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  41.16 
 
 		 354 aa  207  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  37.19 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  40.52 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  32.49 
 
 		 330 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  32.28 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  31.79 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  31.96 
 
 		 330 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.94 
 
 		 1017 aa  137  4e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  27.36 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  23.28 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  25.89 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  24.48 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  26.19 
 
 		 327 aa  77.4  0.0000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  28.4 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  25 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2474  beta-lactamase-like protein  31.58 
 
 		 473 aa  63.2  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.766773  normal  0.305499 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  21.67 
 
 		 327 aa  54.7  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  26.89 
 
 		 422 aa  54.3  0.000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  21.21 
 
 		 317 aa  53.9  0.000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0930  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  22.5 
 
 		 410 aa  52.4  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  28.46 
 
 		 884 aa  51.6  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  27.55 
 
 		 428 aa  51.2  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  30.51 
 
 		 454 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  30.51 
 
 		 454 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  22.33 
 
 		 328 aa  49.7  0.00007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  31.36 
 
 		 452 aa  49.7  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  28.7 
 
 		 468 aa  48.9  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0378  beta-lactamase domain protein  26.04 
 
 		 411 aa  47.4  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.834555  normal  0.393865 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1906  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  31.97 
 
 		 466 aa  47.8  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1728  beta-lactamase domain-containing protein  28.08 
 
 		 425 aa  47.8  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.254192  decreased coverage  0.00045837 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  29.03 
 
 		 485 aa  47.4  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  31 
 
 		 452 aa  47  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2210  hypothetical protein  28.91 
 
 		 452 aa  46.6  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2182  hypothetical protein  28.91 
 
 		 452 aa  46.2  0.0008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>