More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2485 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
BN001303  ANIA_04462  pyruvate carboxylase (Eurofung)  46.76 
 
 		 1196 aa  1030    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.736357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4144  pyruvate carboxylase  79.35 
 
 		 1144 aa  1868    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0677  pyruvate carboxylase  78.84 
 
 		 1154 aa  1905    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00418471 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18300  pyruvate carboxylase  47.44 
 
 		 1134 aa  967    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.154517 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10083  pyruvate carboxylase  50.35 
 
 		 1150 aa  1181    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.667166  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2428  pyruvate carboxylase  51.84 
 
 		 1148 aa  1203    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0297637  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4454  pyruvate carboxylase  49.91 
 
 		 1149 aa  1097    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0704  pyruvate carboxylase  49.91 
 
 		 1147 aa  1179    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5521  pyruvate carboxylase  58.21 
 
 		 1173 aa  1373    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5973  pyruvate carboxylase  48.01 
 
 		 1125 aa  995    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3994  pyruvate carboxylase  52.67 
 
 		 1148 aa  1224    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.882525  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1716  pyruvate carboxylase  65.91 
 
 		 1158 aa  1570    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1852  pyruvate carboxylase  53.67 
 
 		 1147 aa  1251    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0273  pyruvate carboxylase  52.01 
 
 		 1148 aa  1198    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.322255  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1781  pyruvate carboxylase  65.91 
 
 		 1158 aa  1570    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1547  pyruvate carboxylase  48.04 
 
 		 1132 aa  968    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.108639 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2165  pyruvate carboxylase  47.12 
 
 		 1145 aa  966    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3859  pyruvate carboxylase  52.76 
 
 		 1148 aa  1227    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3773  pyruvate carboxylase  52.41 
 
 		 1148 aa  1221    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.333  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1989  pyruvate carboxylase  46.86 
 
 		 1131 aa  951    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3690  pyruvate carboxylase  52.84 
 
 		 1148 aa  1232    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1174  pyruvate carboxylase  50.44 
 
 		 1150 aa  1176    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.810456  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4050  pyruvate carboxylase  52.97 
 
 		 1148 aa  1230    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.898796  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3707  pyruvate carboxylase  52.76 
 
 		 1148 aa  1229    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.863258  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2457  pyruvate carboxylase  46.68 
 
 		 1127 aa  1006    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000300234 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1196  pyruvate carboxylase  50.44 
 
 		 1150 aa  1176    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1119  pyruvate carboxylase  65.74 
 
 		 1169 aa  1556    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4597  pyruvate carboxylase  65.21 
 
 		 1157 aa  1550    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1336  pyruvate carboxylase  51.05 
 
 		 1148 aa  1163    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.441133  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF00650  pyruvate carboxylase, putative  47.77 
 
 		 1103 aa  945    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.242761  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1546  pyruvate carboxylase  47.78 
 
 		 1131 aa  955    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.623048  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4065  pyruvate carboxylase  52.76 
 
 		 1148 aa  1227    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164116  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4717  pyruvate carboxylase  58.22 
 
 		 1169 aa  1337    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.513127  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1152  pyruvate carboxylase  47.69 
 
 		 1126 aa  966    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3215  pyruvate carboxylase  52.52 
 
 		 1148 aa  1198    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3513  pyruvate carboxylase  46.59 
 
 		 1128 aa  941    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1877  pyruvate carboxylase  47.02 
 
 		 1138 aa  895    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0010898  normal  0.0198778 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2485  pyruvate carboxylase  100 
 
 		 1145 aa  2362    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2090  pyruvate carboxylase  78.84 
 
 		 1154 aa  1899    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1957  pyruvate carboxylase  52.7 
 
 		 1148 aa  1207    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2669  pyruvate carboxylase  64.65 
 
 		 1164 aa  1535    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7328  pyruvate carboxylase  58.66 
 
 		 1172 aa  1371    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6501  pyruvate carboxylase  47.55 
 
 		 1127 aa  912    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.697042 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_30519  precursor of carboxylase pyruvate carboxylase  46.7 
 
 		 1252 aa  1016    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3114  pyruvate carboxylase  52.43 
 
 		 1148 aa  1199    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.558705  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4167  pyruvate carboxylase  64.11 
 
 		 1154 aa  1528    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0816  pyruvate carboxylase  52.17 
 
 		 1148 aa  1201    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000167673  hitchhiker  0.00000000644662 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1190  pyruvate carboxylase  52.93 
 
 		 1148 aa  1231    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0980  pyruvate carboxylase  52.92 
 
 		 1147 aa  1247    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.125957  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0402  pyruvate carboxylase  77.31 
 
 		 1147 aa  1835    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4157  pyruvate carboxylase  52.76 
 
 		 1148 aa  1227    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.820084  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12982  pyruvate carboxylase  47.15 
 
 		 1127 aa  951    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0258  pyruvate carboxylase  52.1 
 
 		 1148 aa  1199    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000175777 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1121  pyruvate carboxylase  66.58 
 
 		 1153 aa  1570    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2317  pyruvate carboxylase  59.88 
 
 		 1146 aa  1388    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3962  pyruvate carboxylase  52.76 
 
 		 1148 aa  1229    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3015  pyruvate carboxylase  52.86 
 
 		 1148 aa  1215    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.240304  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0317  pyruvate carboxylase  47.31 
 
 		 1136 aa  919    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.557231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1816  pyruvate carboxylase  47.51 
 
 		 1129 aa  986    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1751  pyruvate carboxylase  49.21 
 
 		 1124 aa  978    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2995  pyruvate carboxylase  53.12 
 
 		 1149 aa  1207    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09250  pyruvate carboxylase  48.34 
 
 		 1127 aa  1013    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.582484 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2649  pyruvate carboxylase  52.65 
 
 		 1148 aa  1224    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00733169  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2781  pyruvate carboxylase  83.16 
 
 		 1146 aa  1993    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.34557 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6118  pyruvate carboxylase  63.92 
 
 		 1165 aa  1530    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.410789 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1360  pyruvate carboxylase  63.07 
 
 		 1147 aa  1524    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0615601 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1923  pyruvate carboxylase  47.24 
 
 		 1128 aa  962    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0972  pyruvate carboxylase  52.44 
 
 		 1165 aa  1216    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0428493 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4375  pyruvate carboxylase  64.43 
 
 		 1153 aa  1519    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2549  pyruvate carboxylase  51.69 
 
 		 1149 aa  1199    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.011252  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90975  Pyruvate carboxylase  46.46 
 
 		 1179 aa  1003    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.301663  normal  0.518395 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13810  pyruvate carboxylase  47.16 
 
 		 1172 aa  967    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1638  pyruvate carboxylase  57.19 
 
 		 1167 aa  1306    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2907  pyruvate carboxylase  52.65 
 
 		 1148 aa  1187    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2028  pyruvate carboxylase  82.04 
 
 		 1146 aa  1947    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3139  pyruvate carboxylase  65.36 
 
 		 1184 aa  1563    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1943  pyruvate carboxylase  46.86 
 
 		 1131 aa  951    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.845538  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2041  pyruvate carboxylase  48.77 
 
 		 1128 aa  974    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3839  pyruvate carboxylase  64.2 
 
 		 1154 aa  1530    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3329  pyruvate carboxylase  66 
 
 		 1158 aa  1547    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0765  pyruvate carboxylase  78.66 
 
 		 1154 aa  1897    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.531635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32964  predicted protein  47.04 
 
 		 1132 aa  984    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0171502  normal  0.395627 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49339  precursor of carboxylase pyruvate carboxylase  47.88 
 
 		 1264 aa  1050    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0696  pyruvate carboxylase  51.88 
 
 		 1137 aa  1183    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0519  pyruvate carboxylase  48.91 
 
 		 1144 aa  1151    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4198  pyruvate carboxylase  47.73 
 
 		 1148 aa  969    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.721945 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1142  pyruvate carboxylase  63.91 
 
 		 1146 aa  1522    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0248368  normal  0.044238 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0937  pyruvate carboxylase  48.65 
 
 		 1128 aa  974    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.218136  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5754  pyruvate carboxylase  58.38 
 
 		 1169 aa  1375    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.345143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1298  pyruvate carboxylase  47.03 
 
 		 1132 aa  978    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.936184 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0873  pyruvate carboxylase  31.4 
 
 		 1230 aa  464  1e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2160  pyruvate carboxylase  31.07 
 
 		 1229 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0690  pyruvate carboxylase  31.08 
 
 		 1230 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.775311  normal  0.465507 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2308  pyruvate carboxylase  29.87 
 
 		 1229 aa  438  1e-121  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0417  pyruvate carboxylase  30.84 
 
 		 1234 aa  427  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00734861 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2081  pyruvate carboxylase  31.03 
 
 		 1238 aa  427  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2426  pyruvate carboxylase subunit A  48.22 
 
 		 498 aa  425  1e-117  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3190  pyruvate carboxylase subunit A  44.79 
 
 		 492 aa  421  1e-116  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1511  pyruvate carboxylase subunit A  48.38 
 
 		 472 aa  421  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.473143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4207  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  48.05 
 
 		 588 aa  417  9.999999999999999e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>