More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2324 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  100 
 
 		 242 aa  476  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1447  GntR family transcriptional regulator  64.17 
 
 		 243 aa  289  3e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2385  GntR family transcriptional regulator  64.78 
 
 		 259 aa  286  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.655367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  47.22 
 
 		 255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  49.48 
 
 		 251 aa  166  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3635  regulatory protein GntR, HTH  36.8 
 
 		 248 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356922  normal  0.468942 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 242 aa  96.7  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4247  GntR domain-containing protein  36.97 
 
 		 216 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0969  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1008  GntR domain-containing protein  36.02 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  31.02 
 
 		 242 aa  85.5  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  32.04 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1141  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0976  GntR domain-containing protein  36.02 
 
 		 216 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664678  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  30.6 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  31.31 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  36.9 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 267 aa  80.5  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  33.92 
 
 		 265 aa  80.1  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  37.04 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  28.95 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  39.87 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0977  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 219 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  31.86 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  38.15 
 
 		 264 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 252 aa  76.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  34.29 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 261 aa  75.5  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  33.64 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  36.9 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4780  regulatory protein GntR HTH  38.69 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  31.48 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1374  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0659803  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1602  GntR domain protein  28.91 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  28.29 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.2 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  33.04 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  26.05 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  31.69 
 
 		 264 aa  72.4  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  29.17 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  34.66 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0271  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1787  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 239 aa  72  0.000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0160831  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  35.75 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 215 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  32.99 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3646  putative transcriptional regulator  38.22 
 
 		 215 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.305132  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3543  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.909399 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  27.4 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.88 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  35.36 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  30.14 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  27.4 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  36.2 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  27.4 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  25.58 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  29.68 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0016  GntR domain-containing protein  30.73 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.504347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  27.4 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1326  GntR domain protein  35.5 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 244 aa  70.1  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  31.69 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.43 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3193  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 248 aa  70.1  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 268 aa  70.1  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  32.43 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  32.43 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.43 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.43 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.43 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  32 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  32.43 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2979  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0803123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4412  GntR domain protein  37.56 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 257 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0022  GntR domain protein  31.05 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.67 
 
 		 258 aa  68.9  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.56 
 
 		 258 aa  68.6  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  27.7 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 261 aa  68.6  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.56 
 
 		 258 aa  68.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.56 
 
 		 258 aa  68.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  30.23 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  29.8 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4817  GntR domain protein  38.41 
 
 		 252 aa  68.6  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.999229 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  35.8 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  31.95 
 
 		 241 aa  68.6  0.00000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  26.61 
 
 		 248 aa  68.6  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 255 aa  68.6  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  29.63 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3837  transcriptional regulator NanR  31.07 
 
 		 233 aa  68.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0354157  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>