More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2284 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2284  hypothetical protein  100 
 
 
395 aa  806    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3905  beta-lactamase  76.15 
 
 
397 aa  629  1e-179  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0089  beta-lactamase  71.76 
 
 
401 aa  557  1e-157  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2901  beta-lactamase  63.73 
 
 
760 aa  492  9.999999999999999e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.453349  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3549  beta-lactamase  61.36 
 
 
400 aa  481  1e-134  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2104  beta-lactamase  59.27 
 
 
396 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1441  putative 1,4-butanediol diacrylate esterase  53.77 
 
 
395 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00263583  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0394  putative 1,4-butanediol diacrylate esterase  52.62 
 
 
397 aa  395  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  45.83 
 
 
419 aa  356  5e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  44.79 
 
 
395 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  46.13 
 
 
395 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2728  beta-lactamase  49.21 
 
 
387 aa  348  6e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.144324 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  49.72 
 
 
395 aa  345  6e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  43.8 
 
 
395 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  47.58 
 
 
397 aa  344  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  48.75 
 
 
389 aa  336  3.9999999999999995e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  43.47 
 
 
395 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3473  beta-lactamase  44.01 
 
 
392 aa  309  5e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.407682 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  39.69 
 
 
437 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1072  beta-lactamase  41.45 
 
 
410 aa  273  3e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.22387  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_88817  1,4-butanediol diacrylate esterase  39.33 
 
 
418 aa  258  1e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.642668 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3462  beta-lactamase  40.05 
 
 
406 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00219099  normal  0.0121501 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_44235  predicted protein  34.22 
 
 
397 aa  228  2e-58  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05422  beta-lactamase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G07500)  33 
 
 
415 aa  190  2.9999999999999997e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.300599  normal  0.931508 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  33.25 
 
 
419 aa  177  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  30.95 
 
 
411 aa  167  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  30 
 
 
411 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  31.73 
 
 
422 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  32.48 
 
 
454 aa  158  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  33.07 
 
 
414 aa  157  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  30.62 
 
 
447 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  30.85 
 
 
417 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  30.5 
 
 
420 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  29.9 
 
 
433 aa  153  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  30.25 
 
 
438 aa  153  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  35.46 
 
 
436 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09049  transesterase (LovD), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G00920)  31.98 
 
 
396 aa  152  1e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  32.68 
 
 
425 aa  152  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  30.55 
 
 
420 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  31.3 
 
 
420 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  32.47 
 
 
440 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  29.77 
 
 
424 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  37.1 
 
 
427 aa  147  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  30 
 
 
402 aa  146  6e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  30.62 
 
 
409 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  31.52 
 
 
414 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  30.23 
 
 
430 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  29.03 
 
 
424 aa  144  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  29.02 
 
 
424 aa  143  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  29.21 
 
 
382 aa  142  8e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  28.57 
 
 
408 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  32.11 
 
 
424 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  29.21 
 
 
408 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  33.56 
 
 
613 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  26.55 
 
 
377 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  30.03 
 
 
426 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  28.57 
 
 
417 aa  140  6e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  30.93 
 
 
420 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  30.93 
 
 
420 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  29.04 
 
 
406 aa  138  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  34.14 
 
 
401 aa  137  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  29.65 
 
 
418 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  30.08 
 
 
407 aa  138  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  30.53 
 
 
411 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  30 
 
 
431 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  29.97 
 
 
430 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  32.98 
 
 
437 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  30.41 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  29.23 
 
 
405 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  29.33 
 
 
440 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  28.96 
 
 
405 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  30.1 
 
 
410 aa  133  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  29.13 
 
 
407 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  28.84 
 
 
414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  29.48 
 
 
407 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  32.11 
 
 
412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  28.37 
 
 
444 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  30.73 
 
 
426 aa  131  2.0000000000000002e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  29.83 
 
 
407 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  34.15 
 
 
422 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  33.09 
 
 
401 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  33.09 
 
 
401 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  33.09 
 
 
401 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  30.49 
 
 
415 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  31.51 
 
 
399 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8863  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding protein  28.5 
 
 
468 aa  126  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  27.98 
 
 
370 aa  126  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  29.49 
 
 
405 aa  125  9e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  33.68 
 
 
399 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  28.39 
 
 
409 aa  124  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  28.98 
 
 
453 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  30.29 
 
 
438 aa  124  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  28.77 
 
 
438 aa  124  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  32.95 
 
 
401 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2251  beta-lactamase  29.22 
 
 
432 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  28.57 
 
 
445 aa  120  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0582  beta-lactamase  28.01 
 
 
431 aa  120  4.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  29 
 
 
427 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  27.71 
 
 
418 aa  118  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  28.09 
 
 
400 aa  117  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>