More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2239 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  507  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.09 
 
 
251 aa  347  1e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.54 
 
 
254 aa  318  5e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487626 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
252 aa  240  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.686314  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0308  putative short-chain dehydrogenase/reductase  53.04 
 
 
255 aa  227  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.150139  normal  0.18902 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.19 
 
 
253 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
252 aa  219  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0339  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
245 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2406  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.15 
 
 
241 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2133  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.34 
 
 
241 aa  171  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0481  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.94 
 
 
241 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42 
 
 
256 aa  168  7e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4196  short chain dehydrogenase  43.43 
 
 
252 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4719  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
252 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.358577 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2430  short chain dehydrogenase  42.17 
 
 
248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  40.32 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
267 aa  163  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  42.15 
 
 
254 aa  162  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
252 aa  163  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
254 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
264 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
257 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
252 aa  161  7e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.39 
 
 
245 aa  161  1e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3231  short chain dehydrogenase  42.28 
 
 
245 aa  160  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304941  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
272 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
254 aa  159  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
251 aa  159  4e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5468  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
241 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.107727 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3552  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
241 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4815  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
241 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.889502 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.55 
 
 
259 aa  158  7e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
256 aa  158  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
241 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
261 aa  158  9e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
260 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
256 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.281486  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.33 
 
 
248 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
255 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.16 
 
 
258 aa  156  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
255 aa  156  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.21 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
251 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
241 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  36.05 
 
 
257 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.64 
 
 
255 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.19 
 
 
253 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.63 
 
 
245 aa  154  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.24 
 
 
255 aa  153  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0830  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
249 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
255 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
255 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1709  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.17 
 
 
251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1193  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
248 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2074  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
248 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1913  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
248 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.874214  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0299  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
248 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.71932  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0862  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
248 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140204  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1636  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
248 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.140639  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1671  Short-chain alcohol dehydrogenase  35.2 
 
 
260 aa  151  8e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.321944  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
260 aa  151  8.999999999999999e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
256 aa  150  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1926  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00605891  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
253 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.246968  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
265 aa  149  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
245 aa  149  5e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.14 
 
 
248 aa  149  6e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.76 
 
 
258 aa  148  7e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3788  short chain dehydrogenase  43.95 
 
 
248 aa  148  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798977 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  148  8e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  148  8e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
257 aa  148  9e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
257 aa  148  9e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0889  short chain dehydrogenase  43.65 
 
 
252 aa  148  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.122847  normal  0.708436 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0505  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
246 aa  148  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00369572 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2181  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0712955 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  38.74 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.76 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0999  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.37 
 
 
247 aa  146  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42 
 
 
249 aa  146  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0643  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
249 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
269 aa  146  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
251 aa  146  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1123  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
249 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
249 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
255 aa  145  6e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
274 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
257 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4235  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.02 
 
 
249 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 
255 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1074  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.02 
 
 
249 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01160  LSDR, putative  34.21 
 
 
293 aa  144  1e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
269 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1003  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
249 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
257 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0260  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.2 
 
 
252 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734052  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
257 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.85 
 
 
260 aa  143  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>