More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2188 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2188  50S ribosomal protein L9  100 
 
 		 209 aa  413  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1043  50S ribosomal protein L9  80.75 
 
 		 204 aa  281  4.0000000000000003e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1350  50S ribosomal protein L9  82.01 
 
 		 189 aa  274  7e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0141  50S ribosomal protein L9  79.37 
 
 		 189 aa  272  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1774  50S ribosomal protein L9  79.37 
 
 		 189 aa  272  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1620  50S ribosomal protein L9  80.33 
 
 		 211 aa  266  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0645747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0889  50S ribosomal protein L9  76.72 
 
 		 194 aa  255  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301047  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3939  50S ribosomal protein L9  57 
 
 		 190 aa  223  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613806  normal  0.190537 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4307  50S ribosomal protein L9  57 
 
 		 190 aa  223  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5418  50S ribosomal protein L9  58.51 
 
 		 190 aa  223  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0206045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4414  50S ribosomal protein L9  57.73 
 
 		 190 aa  221  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.248049 
 
 
-
 
NC_004310  BR0452  50S ribosomal protein L9  59.12 
 
 		 189 aa  219  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.206752  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0458  50S ribosomal protein L9  58.56 
 
 		 189 aa  217  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0566  50S ribosomal protein L9  57.46 
 
 		 189 aa  215  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3121  ribosomal protein L9  61.36 
 
 		 193 aa  211  9e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0901  50S ribosomal protein L9  63.35 
 
 		 189 aa  208  5e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0476125 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2593  50S ribosomal protein L9  66.04 
 
 		 189 aa  205  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0267673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4634  50S ribosomal protein L9  66.04 
 
 		 189 aa  204  5e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.269406  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3363  ribosomal protein L9  60.49 
 
 		 201 aa  203  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2306  50S ribosomal protein L9  55.14 
 
 		 189 aa  202  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.891012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1918  50S ribosomal protein L9  58.13 
 
 		 196 aa  200  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0738  50S ribosomal protein L9  60.62 
 
 		 191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.823068  normal  0.564603 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0491  ribosomal protein L9  55.15 
 
 		 179 aa  199  3e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1516  50S ribosomal protein L9  61.25 
 
 		 191 aa  198  3.9999999999999996e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101233  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3040  50S ribosomal protein L9  58.75 
 
 		 188 aa  193  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.186174 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1194  50S ribosomal protein L9  56.97 
 
 		 192 aa  191  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762079  normal  0.0731596 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1051  50S ribosomal protein L9  57.58 
 
 		 192 aa  191  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1510  ribosomal protein L9  56.5 
 
 		 186 aa  191  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3490  50S ribosomal protein L9  55 
 
 		 195 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2510  50S ribosomal protein L9  51.88 
 
 		 194 aa  174  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.531472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1210  50S ribosomal protein L9  45.75 
 
 		 209 aa  174  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0873917  normal  0.750153 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0083  50S ribosomal protein L9  47.85 
 
 		 202 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2293  50S ribosomal protein L9  55 
 
 		 198 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.14836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1694  50S ribosomal protein L9  53.12 
 
 		 202 aa  168  5e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0817246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3812  50S ribosomal protein L9  51.25 
 
 		 197 aa  168  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.740565  normal  0.136797 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2415  50S ribosomal protein L9  51.25 
 
 		 202 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.295062  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2988  50S ribosomal protein L9  55.62 
 
 		 194 aa  165  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2461  50S ribosomal protein L9  55 
 
 		 196 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1414  50S ribosomal protein L9  48.75 
 
 		 199 aa  162  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1902  50S ribosomal protein L9  54.43 
 
 		 210 aa  162  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.171336 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0411  50S ribosomal protein L9  54.07 
 
 		 195 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.112533  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2911  ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 147 aa  137  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5171  50S ribosomal protein L9  44.83 
 
 		 150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1329  50S ribosomal protein L9P  47.59 
 
 		 148 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.556068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1808  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  125  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.432428  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1403  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  126  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1780  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  125  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.941111 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04070  50S ribosomal protein L9  46.58 
 
 		 149 aa  124  7e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3790  ribosomal protein L9  46.58 
 
 		 149 aa  124  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00574678  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4673  50S ribosomal protein L9  46.58 
 
 		 149 aa  124  7e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4736  50S ribosomal protein L9  46.58 
 
 		 149 aa  124  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.257928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5718  50S ribosomal protein L9  46.58 
 
 		 149 aa  124  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.595872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4764  50S ribosomal protein L9  46.58 
 
 		 149 aa  124  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3810  50S ribosomal protein L9  46.58 
 
 		 149 aa  124  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0581092 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04032  hypothetical protein  46.58 
 
 		 149 aa  124  7e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0448  50S ribosomal protein L9  42.76 
 
 		 148 aa  124  7e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000315624  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4447  50S ribosomal protein L9  46.58 
 
 		 149 aa  124  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4672  50S ribosomal protein L9  45.21 
 
 		 149 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00136692  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2458  50S ribosomal protein L9P  43.62 
 
 		 149 aa  124  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174518 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4662  50S ribosomal protein L9  45.21 
 
 		 149 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0630658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6208  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3666  50S ribosomal protein L9  45.89 
 
 		 149 aa  124  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.006093  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1894  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000492255  hitchhiker  0.000000062237 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1871  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.539407  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00020  50S ribosomal protein L9  46.58 
 
 		 150 aa  123  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4812  50S ribosomal protein L9  44.52 
 
 		 149 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0162172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4790  50S ribosomal protein L9  44.52 
 
 		 149 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.131212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4754  50S ribosomal protein L9  44.52 
 
 		 149 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0190714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2780  50S ribosomal protein L9  45 
 
 		 149 aa  122  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000928974  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002335  LSU ribosomal protein L9p  45.89 
 
 		 150 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.178305  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0777  50S ribosomal protein L9  47.02 
 
 		 149 aa  121  9e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000131124  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1435  50S ribosomal protein L9  47.02 
 
 		 149 aa  120  9.999999999999999e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0986557  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2022  50S ribosomal protein L9  42.76 
 
 		 168 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.278988  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2249  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 150 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.128176  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0761  50S ribosomal protein L9  41.89 
 
 		 151 aa  119  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2841  50S ribosomal protein L9  40.14 
 
 		 148 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000145753  hitchhiker  0.000000000000102152 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1948  ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 151 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2587  50S ribosomal protein L9  44.85 
 
 		 150 aa  117  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3675  50S ribosomal protein L9  40.14 
 
 		 147 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0017578  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4535  50S ribosomal protein L9  44.37 
 
 		 153 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2610  50S ribosomal protein L9  40 
 
 		 147 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.196058  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0681  50S ribosomal protein L9  45.89 
 
 		 150 aa  116  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3636  50S ribosomal protein L9  45.89 
 
 		 150 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3781  50S ribosomal protein L9  45.89 
 
 		 150 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0668  50S ribosomal protein L9  40.14 
 
 		 148 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00124479  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1030  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 170 aa  115  5e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1642  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 164 aa  115  5e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0557513  normal  0.0367892 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3589  50S ribosomal protein L9  44.37 
 
 		 150 aa  115  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0165  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 148 aa  115  6e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000317895  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3558  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 148 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.882223 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1339  50S ribosomal protein L9  44.14 
 
 		 166 aa  114  8.999999999999998e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.361215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3185  ribosomal protein L9  41.43 
 
 		 148 aa  114  8.999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564436  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0418  ribosomal protein L9  46.48 
 
 		 150 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.291311  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07670  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 148 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.957501  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0449  50S ribosomal protein L9  45.03 
 
 		 150 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3034  50S ribosomal protein L9  43.45 
 
 		 150 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000136909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2131  50S ribosomal protein L9  44.68 
 
 		 149 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.103333  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2050  50S ribosomal protein L9  44.68 
 
 		 149 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2761  50S ribosomal protein L9  40.14 
 
 		 147 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2028  50S ribosomal protein L9  41.67 
 
 		 167 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.728229  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>