More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2186 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  100 
 
 
117 aa  245  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  87.39 
 
 
132 aa  210  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  85.59 
 
 
132 aa  208  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  85.59 
 
 
135 aa  208  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  83.02 
 
 
117 aa  197  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  83.02 
 
 
117 aa  194  4.0000000000000005e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  78.3 
 
 
131 aa  191  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  58.56 
 
 
155 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  58.56 
 
 
155 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  56.64 
 
 
145 aa  138  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  58.49 
 
 
153 aa  136  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3118  30S ribosomal protein S6  52.83 
 
 
152 aa  135  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158791  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  51.35 
 
 
151 aa  130  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  53.77 
 
 
160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  51.43 
 
 
155 aa  128  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  50.93 
 
 
134 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  50 
 
 
117 aa  126  8.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  50.94 
 
 
158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  49.07 
 
 
134 aa  124  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  52.38 
 
 
148 aa  124  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 
159 aa  123  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 
139 aa  122  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  53.47 
 
 
151 aa  123  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  51.92 
 
 
148 aa  122  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  51.92 
 
 
156 aa  122  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 
147 aa  122  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 
160 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  51.4 
 
 
122 aa  121  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0898  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 
146 aa  120  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0179425 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  48.15 
 
 
120 aa  120  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  50.43 
 
 
126 aa  120  8e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  48.57 
 
 
154 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  47.17 
 
 
153 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 
168 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  47.66 
 
 
161 aa  117  4.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 
151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 
151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  47.17 
 
 
151 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  46.43 
 
 
136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  41.35 
 
 
158 aa  99.4  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0695  30S ribosomal protein S6  39.81 
 
 
109 aa  97.1  7e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.308714  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0308  30S ribosomal protein S6  38.89 
 
 
109 aa  96.7  1e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.389439  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  35.48 
 
 
98 aa  77.8  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 
96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 
96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 
96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 
96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 
96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 
96 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  35.79 
 
 
95 aa  75.5  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2591  30S ribosomal protein S6  35.24 
 
 
121 aa  75.5  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5334  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 
96 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000242081  hitchhiker  0.000000688979 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 
95 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 
95 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3417  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 
95 aa  73.6  0.0000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000905863  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5625  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 
96 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000119733  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5601  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 
96 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5267  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 
96 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000406973  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2216  ribosomal protein S6  34.04 
 
 
94 aa  72.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 
95 aa  73.2  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  35.71 
 
 
122 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3546  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 
95 aa  71.6  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 
126 aa  71.2  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  32.46 
 
 
135 aa  70.5  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 
129 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2009  30S ribosomal protein S6  38.95 
 
 
126 aa  68.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.950634 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0012  30S ribosomal protein S6  31.96 
 
 
107 aa  69.3  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.142702  normal  0.115485 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  35.09 
 
 
133 aa  68.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1682  ribosomal protein S6  36.56 
 
 
106 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0010  ribosomal protein S6  37.89 
 
 
146 aa  69.3  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000437004  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4936  30S ribosomal protein S6  33.7 
 
 
95 aa  68.6  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  32.32 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2930  ribosomal protein S6  31.58 
 
 
95 aa  68.6  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.448494  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2462  SSU ribosomal protein S6P  31.68 
 
 
144 aa  68.2  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 
139 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  36.63 
 
 
142 aa  67.8  0.00000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 
131 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 
131 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0582  30S ribosomal protein S6  36.11 
 
 
119 aa  67.8  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.147466  hitchhiker  0.0000000000000103542 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  33.93 
 
 
130 aa  67.4  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  32.32 
 
 
134 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  33.93 
 
 
130 aa  67.4  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  34.51 
 
 
132 aa  67.4  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3586  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 
137 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0940753  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 
124 aa  67.4  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0007  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 
98 aa  67  0.00000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000132561  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  32.98 
 
 
95 aa  67  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3064  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 
135 aa  67  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.234735  normal  0.218428 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 
131 aa  67  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0428  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 
124 aa  66.6  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.531029 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 
139 aa  67  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4806  ribosomal protein S6  35.16 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0657  30S ribosomal protein S6  33.93 
 
 
119 aa  66.2  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0758  30S ribosomal protein S6  30 
 
 
129 aa  66.6  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000104725  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  35.4 
 
 
130 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1364  ribosomal protein S6  32.71 
 
 
114 aa  66.6  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3308  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 
95 aa  66.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000490454  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0413  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 
98 aa  66.6  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000259691  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  35.4 
 
 
130 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0424  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 
98 aa  66.6  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000892295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>