More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2184 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2184  putative cytochrome B561  100 
 
 		 400 aa  782    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1400  cytochrome B561  51.74 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.687205 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1049  cytochrome B561  48.29 
 
 		 410 aa  358  9.999999999999999e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.183438  normal  0.102385 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1745  cytochrome B561  43.17 
 
 		 406 aa  300  4e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399847  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4487  YceI family protein  31.84 
 
 		 441 aa  136  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1711  YceI  29.03 
 
 		 420 aa  128  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.811721  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1204  YceI  27.73 
 
 		 421 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0295  cytochrome b561  25.94 
 
 		 416 aa  99.4  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0256942  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0761  cytochrome B561  36.52 
 
 		 204 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.599963 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  30.94 
 
 		 182 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  36.16 
 
 		 188 aa  98.6  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  30.94 
 
 		 182 aa  96.7  7e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  36.51 
 
 		 187 aa  95.5  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2358  cytochrome B561  36.41 
 
 		 178 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  34.07 
 
 		 193 aa  91.3  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  37.78 
 
 		 178 aa  91.3  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1056  cytochrome B561  36.76 
 
 		 181 aa  88.6  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.52465  normal  0.404456 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  35.2 
 
 		 195 aa  87.8  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  32.97 
 
 		 193 aa  87.4  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  34.41 
 
 		 181 aa  87.4  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  34.92 
 
 		 188 aa  87.4  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  35.14 
 
 		 184 aa  87  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  33.71 
 
 		 184 aa  87  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  34.9 
 
 		 184 aa  85.9  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0252  cytochrome B561  33.15 
 
 		 180 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0173258  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  35.2 
 
 		 186 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  34.64 
 
 		 186 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  35.2 
 
 		 186 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  32.28 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2794  cytochrome B561  35.03 
 
 		 174 aa  84  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6508  cytochrome B561  33.33 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0286753 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  32.8 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  33.89 
 
 		 186 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0833  cytochrome B561  32.26 
 
 		 192 aa  82.8  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.383328  hitchhiker  0.00227976 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  33.52 
 
 		 186 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  30.22 
 
 		 196 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  33.89 
 
 		 186 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  33.89 
 
 		 186 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  34.55 
 
 		 186 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2223  cytochrome b561 family protein  31.38 
 
 		 184 aa  81.3  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0039455  hitchhiker  0.00454282 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2465  putative cytochrome b561  33.9 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02672  cytochrome b561, putative  31.41 
 
 		 188 aa  79.3  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2731  cytochrome B561  33.51 
 
 		 188 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.578795  normal  0.080966 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  34.03 
 
 		 186 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  31.89 
 
 		 186 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  30.85 
 
 		 184 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  37.37 
 
 		 190 aa  78.6  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1930  cytochrome B561  30.85 
 
 		 184 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  32 
 
 		 191 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  32.09 
 
 		 203 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  29.78 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5571  putative cytochrome b561  32.29 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3478  cytochrome B561  33.16 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.579466  hitchhiker  0.000371098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2179  cytochrome B561  30.41 
 
 		 203 aa  76.3  0.0000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2549  cytochrome B561  31.84 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481387  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1935  YceI family protein  34.66 
 
 		 191 aa  75.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2303  cytochrome B561  29.95 
 
 		 187 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.469268  normal  0.0531302 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2745  putative cytochrome B561  33.16 
 
 		 191 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1934  cytochrome B561  31.52 
 
 		 190 aa  74.3  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.48407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1848  cytochrome B561  30.57 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.739636  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1026  cytochrome B561  34.25 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2321  YceI  33.95 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1225  YceJ  31.55 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.307715  normal  0.414708 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1888  cytochrome B561  29.53 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.743741  hitchhiker  0.000498058 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3153  YceI  32.81 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0885591  normal  0.570024 
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  26.32 
 
 		 173 aa  72.4  0.00000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5072  cytochrome b561, putative  35.14 
 
 		 184 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0456  cytochrome B561  35.14 
 
 		 182 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2061  cytochrome B561  32.98 
 
 		 187 aa  72.4  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2036  cytochrome B561  31.46 
 
 		 193 aa  72.4  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.625854 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5251  YceI family protein  33.75 
 
 		 192 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  30.9 
 
 		 191 aa  72.4  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1616  hypothetical protein  30.81 
 
 		 191 aa  71.2  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1611  hypothetical protein  30.81 
 
 		 191 aa  71.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  31.75 
 
 		 189 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  31.32 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1030  hypothetical protein  31.85 
 
 		 186 aa  70.9  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.103898  normal  0.0258647 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  26.94 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2178  YceI family protein  34.97 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7129  putative cytochrome b561  32.42 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.815078 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3506  putative cytochrome b-561 membrane protein  35.75 
 
 		 186 aa  69.7  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.456908  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  28.19 
 
 		 188 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  28.19 
 
 		 188 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  28.19 
 
 		 188 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  28.19 
 
 		 188 aa  69.3  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  28.19 
 
 		 188 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3201  YceI family protein  32.72 
 
 		 186 aa  69.7  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.484936 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  28.19 
 
 		 188 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1941  cytochrome B561  28.49 
 
 		 184 aa  68.9  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.273152  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2570  cytochrome B561  28.26 
 
 		 197 aa  69.3  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  28.19 
 
 		 188 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  28.19 
 
 		 188 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6306  cytochrome B561  32.43 
 
 		 191 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5081  cytochrome B561  33.33 
 
 		 175 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1004  cytochrome B561  34.3 
 
 		 177 aa  68.2  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2215  hypothetical protein  31.55 
 
 		 190 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.511005 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0469  cytochrome B561  33.89 
 
 		 175 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2314  YceI family protein  32.37 
 
 		 177 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.133318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3652  putative cytochrome B561  31.25 
 
 		 195 aa  68.2  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2228  cytochrome B561  32.62 
 
 		 197 aa  67.8  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000575966  hitchhiker  0.00851734 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>