More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2148 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  100 
 
 		 296 aa  568  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  55.33 
 
 		 324 aa  293  2e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3465  hypothetical protein  55.02 
 
 		 305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  43.43 
 
 		 307 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  42.42 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0364  RarD family protein  42.09 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  40.53 
 
 		 317 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  38.36 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.91 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.83 
 
 		 318 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  34.68 
 
 		 312 aa  152  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  38.14 
 
 		 309 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  36.52 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.88 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  36.18 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  36.24 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  35.05 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.33 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  35.49 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.27 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  35.29 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.2 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.88 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.23 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  33.78 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  32.65 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  33.79 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  32.76 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  33.22 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0156  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.11 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.310951  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5188  hypothetical protein  34.53 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0422445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  29.97 
 
 		 317 aa  113  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  31.38 
 
 		 292 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  32.65 
 
 		 304 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  31.71 
 
 		 285 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  29.19 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  32.21 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  33.56 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  29.57 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  30 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0424  DMT family permease  35.99 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  31.03 
 
 		 292 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  31.03 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  32.67 
 
 		 288 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  30.56 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  30.87 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  32.71 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  30.69 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2509  hypothetical protein  29.1 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126674  normal  0.276837 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  32.64 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  30.2 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1711  RhaT family protein  31.79 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.466454  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  30.2 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  30.93 
 
 		 289 aa  102  8e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  31.77 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0341  hypothetical protein  31.43 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.514286 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0355  hypothetical protein  31.43 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.14 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3378  hypothetical protein  30.82 
 
 		 314 aa  99.4  6e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  31.11 
 
 		 288 aa  99.4  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  32.29 
 
 		 347 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.8 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  34.82 
 
 		 307 aa  98.2  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.96 
 
 		 333 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  29.43 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0237  hypothetical protein  33.45 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  34.69 
 
 		 306 aa  97.1  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0250  hypothetical protein  33.22 
 
 		 304 aa  95.9  7e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1857  hypothetical protein  32.29 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0328691  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  28.8 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.57 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  31.19 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  30.24 
 
 		 319 aa  94  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1379  permease  30.66 
 
 		 317 aa  93.6  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139732  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  30.1 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4826  hypothetical protein  31.91 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1854  hypothetical protein  30.51 
 
 		 305 aa  93.2  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.185322  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  29.37 
 
 		 331 aa  92.8  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5037  hypothetical protein  29.58 
 
 		 295 aa  92  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  32.11 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  30.56 
 
 		 317 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  30.95 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.03 
 
 		 322 aa  90.1  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1902  hypothetical protein  28.52 
 
 		 308 aa  89.4  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.344237 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0238  hypothetical protein  29.64 
 
 		 324 aa  89  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.745295 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2209  hypothetical protein  32.85 
 
 		 276 aa  89  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0133362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2163  hypothetical protein  32.34 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.622252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  31.1 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1388  hypothetical protein  30.45 
 
 		 337 aa  87.8  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5229  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.16 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0654  DMT family permease  30.95 
 
 		 303 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0035  hypothetical protein  26.67 
 
 		 284 aa  87  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2929  hypothetical protein  29.8 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3544  hypothetical protein  30.59 
 
 		 334 aa  87  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.298443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2307  hypothetical protein  30 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  0.119716 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  32.26 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2540  hypothetical protein  30.18 
 
 		 308 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1376  hypothetical protein  28.85 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2410  hypothetical protein  32.16 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116098  normal  0.54382 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06569  hypothetical protein  29.31 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>