249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2144 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2144  threonine aldolase  100 
 
 
344 aa  677    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.708281 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0162  L-threonine aldolase  62.14 
 
 
367 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2851  L-threonine aldolase  59.83 
 
 
343 aa  366  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.185965  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3310  threonine aldolase  54.41 
 
 
337 aa  311  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.124779  normal  0.12149 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1841  threonine aldolase, low-specificity  52.57 
 
 
334 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1771  L-allo-threonine aldolase  52.82 
 
 
397 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.444188  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0178  L-threonine aldolase  53.5 
 
 
337 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3557  threonine aldolase  53.17 
 
 
334 aa  306  3e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.443725  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5364  threonine aldolase  54.1 
 
 
337 aa  305  6e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1448  L-threonine aldolase  54.19 
 
 
339 aa  305  6e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0430  low-specificity L-threonine aldolase  52.71 
 
 
337 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0337  low-specificity L-threonine aldolase  52.71 
 
 
337 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400783  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2205  threonine aldolase  47.62 
 
 
337 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250112  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1125  L-allo-threonine aldolase  52.52 
 
 
397 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.628839  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2098  L-allo-threonine aldolase  52.52 
 
 
458 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1834  L-allo-threonine aldolase  52.41 
 
 
337 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0852562  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0834  L-allo-threonine aldolase  52.41 
 
 
337 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0108221  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4794  threonine aldolase  52.89 
 
 
337 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331333  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4817  threonine aldolase  53.5 
 
 
337 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0097  threonine aldolase  55.09 
 
 
339 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435466  normal  0.448781 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2147  L-allo-threonine aldolase  51.5 
 
 
461 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5386  threonine aldolase  53.89 
 
 
337 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5475  threonine aldolase  53.89 
 
 
337 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0270  L-threonine aldolase  53.17 
 
 
339 aa  298  6e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2345  threonine aldolase  46.13 
 
 
337 aa  296  3e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2904  L-threonine aldolase  52.73 
 
 
334 aa  295  8e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0643317  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2204  L-threonine aldolase  52.69 
 
 
335 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.41723 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2462  threonine aldolase  50.15 
 
 
336 aa  295  1e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000261845  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3793  threonine aldolase  51.06 
 
 
334 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.912828 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3162  L-allo-threonine aldolase  51.65 
 
 
348 aa  292  6e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5968  Threonine aldolase  52.87 
 
 
335 aa  291  8e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.904259  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3480  Threonine aldolase  49.39 
 
 
339 aa  288  8e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000277913 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4276  L-threonine aldolase  50.45 
 
 
334 aa  287  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1663  L-threonine aldolase  46.73 
 
 
338 aa  285  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.469796  normal  0.726429 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3418  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  49.39 
 
 
339 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1031  L-threonine aldolase  46.85 
 
 
333 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1386  L-threonine aldolase  45.65 
 
 
333 aa  283  4.0000000000000003e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52610  hypothetical protein  53.33 
 
 
334 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0899  L-threonine aldolase  46.55 
 
 
333 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.859325 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1032  L-threonine aldolase  46.85 
 
 
333 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2772  Threonine aldolase  46.25 
 
 
333 aa  280  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.826971  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0943  L-threonine aldolase  46.25 
 
 
333 aa  279  5e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.59  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2726  L-threonine aldolase  46.25 
 
 
333 aa  279  5e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0974  L-threonine aldolase  46.25 
 
 
333 aa  279  5e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1001  L-threonine aldolase  46.55 
 
 
333 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00875  L-allo-threonine aldolase, PLP-dependent  46.25 
 
 
333 aa  279  6e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00881  hypothetical protein  46.25 
 
 
333 aa  279  6e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.554159  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4613  hypothetical protein  52.58 
 
 
334 aa  278  7e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255712  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0969  L-threonine aldolase  46.55 
 
 
333 aa  278  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2461  L-threonine aldolase  46.25 
 
 
333 aa  278  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.994155  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1051  L-threonine aldolase  46.55 
 
 
333 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0934  L-threonine aldolase  46.55 
 
 
333 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3338  L-allo-threonine aldolase  46.43 
 
 
337 aa  275  9e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05668  L-allo-threonine aldolase  44.78 
 
 
334 aa  271  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1207  L-threonine aldolase  46.13 
 
 
337 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000862399  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1208  L-threonine aldolase  46.43 
 
 
337 aa  271  1e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000586474  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1278  L-threonine aldolase  46.13 
 
 
337 aa  269  4e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000270333  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0582  L-allo-threonine aldolase  42.86 
 
 
366 aa  269  7e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.519824  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2705  L-threonine aldolase  46.27 
 
 
351 aa  268  7e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2620  L-threonine aldolase  46.27 
 
 
339 aa  268  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3026  threonine aldolase  47.84 
 
 
337 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1588  L-threonine aldolase  46.27 
 
 
339 aa  268  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3011  threonine aldolase  47.84 
 
 
337 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000665478  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0544  L-threonine aldolase  41.76 
 
 
341 aa  266  2.9999999999999995e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.697655 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1352  Threonine aldolase  47.53 
 
 
337 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000809376  unclonable  0.00000000000146629 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1686  threonine aldolase  44.54 
 
 
356 aa  267  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3169  threonine aldolase  47.53 
 
 
337 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000533874  unclonable  0.00000438048 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1142  threonine aldolase  45.56 
 
 
338 aa  266  4e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000636367  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0706  L-allo-threonine aldolase  43.73 
 
 
343 aa  266  5.999999999999999e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1347  threonine aldolase  46.91 
 
 
336 aa  263  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000974839  decreased coverage  0.000000417727 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1081  threonine aldolase  42.65 
 
 
343 aa  263  4e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3043  Threonine aldolase  48.68 
 
 
339 aa  263  4e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1039  threonine aldolase  42.65 
 
 
343 aa  263  4e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000046  low-specificity L-threonine aldolase  43.88 
 
 
334 aa  263  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2673  threonine aldolase  45.54 
 
 
337 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371505  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0228  Threonine aldolase  42.49 
 
 
353 aa  258  8e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_161  threonine aldolase  44.44 
 
 
344 aa  258  9e-68  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3604  threonine aldolase  46.94 
 
 
355 aa  258  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.51138  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0734  threonine aldolase  48.08 
 
 
359 aa  258  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2292  threonine aldolase  44.84 
 
 
337 aa  257  2e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.899538  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1115  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  46.02 
 
 
344 aa  256  3e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0218  L-threonine aldolase  44.31 
 
 
344 aa  256  4e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1361  threonine aldolase  44.25 
 
 
342 aa  256  6e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000121527  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0796  L-threonine aldolase  47.27 
 
 
340 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.199246  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1247  threonine aldolase  44.21 
 
 
336 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0103654  normal  0.613699 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3186  Threonine aldolase  49.27 
 
 
338 aa  251  2e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.685174  normal  0.935882 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1155  threonine aldolase  46.6 
 
 
335 aa  248  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000619042  decreased coverage  0.00631546 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1282  Threonine aldolase  45.97 
 
 
357 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.12103  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1036  threonine aldolase  43.2 
 
 
344 aa  242  7.999999999999999e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0699  threonine aldolase  42.57 
 
 
353 aa  241  1e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.715932 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4499  Threonine aldolase  45.8 
 
 
348 aa  240  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1535  Threonine aldolase  46.46 
 
 
342 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.619548  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2801  threonine aldolase  42.14 
 
 
336 aa  239  5e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0576  Threonine aldolase  45.91 
 
 
352 aa  238  8e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0639  L-threonine aldolase  42.39 
 
 
354 aa  238  9e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0206  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  39.82 
 
 
345 aa  237  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2159  Beta-eliminating lyase  42.86 
 
 
386 aa  236  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2023  L-allo-threonine aldolase  42.86 
 
 
386 aa  236  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181196  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4454  L-threonine aldolase  42.23 
 
 
370 aa  235  8e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2003  L-allo-threonine aldolase  43.24 
 
 
356 aa  235  8e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>