More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2129 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  100 
 
 
455 aa  904    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  76.48 
 
 
452 aa  680    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  76.26 
 
 
455 aa  691    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1784  DNA repair protein RadA  76.32 
 
 
454 aa  674    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.199022 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  76.48 
 
 
452 aa  679    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  76.7 
 
 
452 aa  682    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3941  DNA repair protein RadA  73.85 
 
 
454 aa  629  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  65.07 
 
 
474 aa  566  1e-160  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  61.95 
 
 
467 aa  553  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  61.81 
 
 
466 aa  550  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1207  DNA repair protein RadA  66.51 
 
 
458 aa  546  1e-154  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  61.08 
 
 
486 aa  534  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  60.99 
 
 
482 aa  533  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  60.17 
 
 
466 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  61.44 
 
 
499 aa  528  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  60.17 
 
 
466 aa  529  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  60.69 
 
 
485 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  61.04 
 
 
483 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  61 
 
 
503 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  60.91 
 
 
495 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  60.18 
 
 
464 aa  524  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0406  DNA repair protein RadA  61.84 
 
 
469 aa  519  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  60.84 
 
 
481 aa  518  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  59.21 
 
 
467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  59.21 
 
 
467 aa  517  1.0000000000000001e-145  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  60.62 
 
 
476 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  61.28 
 
 
477 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  60.4 
 
 
476 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  58.22 
 
 
457 aa  513  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  61.42 
 
 
477 aa  513  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  61.11 
 
 
478 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2402  DNA repair protein RadA  60.8 
 
 
489 aa  503  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  61.25 
 
 
471 aa  501  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 
453 aa  495  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  60.56 
 
 
470 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2504  DNA repair protein RadA  59.76 
 
 
460 aa  482  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0985  DNA repair protein RadA  63.08 
 
 
462 aa  480  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  58.78 
 
 
455 aa  473  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  56.39 
 
 
455 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0403  DNA repair protein RadA  58.19 
 
 
466 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1850  DNA repair protein RadA  57.63 
 
 
469 aa  456  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  50 
 
 
450 aa  444  1e-123  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  51.26 
 
 
452 aa  441  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0698  DNA repair protein RadA  46.82 
 
 
450 aa  435  1e-121  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  52.68 
 
 
462 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0305  DNA repair protein RadA  47.31 
 
 
450 aa  436  1e-121  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  52.68 
 
 
453 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  52.68 
 
 
453 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  48.97 
 
 
457 aa  430  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  51.62 
 
 
455 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  53.26 
 
 
453 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 
450 aa  427  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  52.44 
 
 
456 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  50.57 
 
 
484 aa  427  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  52.44 
 
 
456 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  53.01 
 
 
453 aa  426  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  51.95 
 
 
457 aa  428  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  52.44 
 
 
456 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  48.97 
 
 
458 aa  426  1e-118  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  52.56 
 
 
477 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  52.37 
 
 
447 aa  424  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  51.39 
 
 
455 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 
455 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  53.46 
 
 
452 aa  421  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  53.01 
 
 
450 aa  424  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  48.24 
 
 
451 aa  422  1e-117  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 
449 aa  424  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  53.46 
 
 
452 aa  421  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  48.24 
 
 
451 aa  423  1e-117  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  51.98 
 
 
451 aa  425  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  51.98 
 
 
448 aa  424  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  49.43 
 
 
453 aa  419  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  52.21 
 
 
453 aa  420  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  48.95 
 
 
452 aa  418  1e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  50.7 
 
 
448 aa  421  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  46.75 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  46.75 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  49.54 
 
 
454 aa  418  9.999999999999999e-116  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  46.75 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  46.75 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  46.75 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  47.53 
 
 
458 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  46.75 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  46.75 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  45.64 
 
 
454 aa  417  9.999999999999999e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  46.75 
 
 
458 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  48 
 
 
453 aa  415  9.999999999999999e-116  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  50.35 
 
 
476 aa  416  9.999999999999999e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  46.54 
 
 
458 aa  414  1e-114  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  49.66 
 
 
465 aa  414  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  48.34 
 
 
482 aa  409  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  52.07 
 
 
458 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  52.22 
 
 
454 aa  410  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  48.55 
 
 
481 aa  409  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  44.32 
 
 
453 aa  409  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  49.88 
 
 
489 aa  407  1.0000000000000001e-112  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  52.3 
 
 
458 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  51.35 
 
 
458 aa  408  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  52.3 
 
 
458 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 
464 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>