47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1892 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1892  hypothetical protein  100 
 
 
382 aa  758  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.056146  normal  0.181862 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1434  domain of unknown function DUF1745  48.37 
 
 
402 aa  288  8e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.318192  normal  0.236861 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2542  hypothetical protein  38.36 
 
 
395 aa  254  2e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02305  hypothetical protein  37.5 
 
 
395 aa  236  5e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003465  hypothetical protein  38.08 
 
 
393 aa  234  2e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1561  hypothetical protein  34.51 
 
 
394 aa  234  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0408772  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1054  hypothetical protein  39.71 
 
 
405 aa  225  9e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02432  hypothetical protein  38.51 
 
 
391 aa  217  3e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05570  hypothetical protein  30.91 
 
 
387 aa  126  6e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2665  domain of unknown function DUF1745  25.84 
 
 
427 aa  69.3  1e-10  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.955158 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1269  hypothetical protein  26.35 
 
 
387 aa  68.2  3e-10  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0824  hypothetical protein  25.83 
 
 
379 aa  64.3  3e-09  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2153  hypothetical protein  26.17 
 
 
400 aa  61.2  3e-08  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1241  hypothetical protein  25.93 
 
 
381 aa  58.5  2e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2151  hypothetical protein  25.25 
 
 
383 aa  58.2  3e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.509879 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0911  hypothetical protein  24.67 
 
 
400 aa  56.2  1e-06  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.36206  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3551  hypothetical protein  25.69 
 
 
371 aa  55.5  2e-06  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1352  domain of unknown function DUF1745  23.98 
 
 
396 aa  54.3  3e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.33222e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2864  domain of unknown function DUF1745  23.94 
 
 
396 aa  54.3  4e-06  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.965957  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0696  transcriptional regulator, TrmB  26.34 
 
 
512 aa  54.3  4e-06  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0690  hypothetical protein  24.8 
 
 
376 aa  53.9  5e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  unclonable  8.47515e-09 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2107  domain of unknown function DUF1745  26.45 
 
 
401 aa  52.4  1e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.206498 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2479  hypothetical protein  23.68 
 
 
379 aa  51.2  3e-05  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.492023 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2993  hypothetical protein  24.8 
 
 
368 aa  50.8  3e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0550  hypothetical protein  40 
 
 
467 aa  50.4  5e-05  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2201  domain of unknown function DUF1745  26.26 
 
 
398 aa  50.1  7e-05  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290365  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1925  hypothetical protein  26.26 
 
 
398 aa  50.1  7e-05  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.795435 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3140  hypothetical protein  31.89 
 
 
387 aa  49.7  9e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2171  hypothetical protein  28.93 
 
 
387 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2663  hypothetical protein  31.82 
 
 
387 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0288  hypothetical protein  38.57 
 
 
467 aa  48.5  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1816  protein of unknown function DUF1745  27.37 
 
 
389 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1369  hypothetical protein  38.57 
 
 
468 aa  48.5  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0466  domain of unknown function DUF1745  25.76 
 
 
385 aa  48.5  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3322  domain of unknown function DUF1745  22.78 
 
 
373 aa  47.4  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1909  domain of unknown function DUF1745  22.82 
 
 
408 aa  46.6  0.0007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2052  domain of unknown function DUF1745  28.95 
 
 
379 aa  46.2  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3657  domain of unknown function DUF1745  31.07 
 
 
416 aa  45.4  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0615  hypothetical protein  37.1 
 
 
468 aa  45.4  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.948448  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4045  hypothetical protein  31.37 
 
 
378 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0700  hypothetical protein  25.07 
 
 
380 aa  46.2  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal  0.0832434 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4040  domain of unknown function DUF1745  30.38 
 
 
396 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4131  domain of unknown function DUF1745  30.38 
 
 
396 aa  45.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2119  hypothetical protein  23.08 
 
 
402 aa  45.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2079  domain of unknown function DUF1745  23.43 
 
 
417 aa  44.7  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00286991  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2954  hypothetical protein  34.74 
 
 
395 aa  44.3  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1939  hypothetical protein  27.92 
 
 
384 aa  43.5  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>