261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1887 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  100 
 
 		 385 aa  780    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  69.87 
 
 		 385 aa  551  1e-155  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  69.51 
 
 		 385 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  69.51 
 
 		 385 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  70.21 
 
 		 385 aa  532  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  63.71 
 
 		 386 aa  507  9.999999999999999e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  65.28 
 
 		 401 aa  501  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  48.45 
 
 		 386 aa  358  9e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  47.41 
 
 		 384 aa  350  3e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  47.41 
 
 		 384 aa  350  4e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  49.09 
 
 		 405 aa  348  7e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  48.29 
 
 		 395 aa  347  3e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  49.09 
 
 		 388 aa  345  6e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  45.31 
 
 		 384 aa  340  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  45.48 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  45.74 
 
 		 385 aa  339  5e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  45.74 
 
 		 385 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  45.93 
 
 		 383 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  47.27 
 
 		 396 aa  333  3e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  45.97 
 
 		 382 aa  332  5e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  48.31 
 
 		 427 aa  332  7.000000000000001e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  45.93 
 
 		 392 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  46.07 
 
 		 392 aa  331  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  48.03 
 
 		 381 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  45.93 
 
 		 392 aa  330  4e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  47.01 
 
 		 382 aa  329  5.0000000000000004e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  45.41 
 
 		 382 aa  326  5e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  46.23 
 
 		 384 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  46.61 
 
 		 389 aa  325  1e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  43.93 
 
 		 386 aa  325  1e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  46.63 
 
 		 389 aa  324  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  47.51 
 
 		 381 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  46.19 
 
 		 384 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  47 
 
 		 394 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  47.41 
 
 		 384 aa  318  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  46.32 
 
 		 392 aa  315  7e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  46.17 
 
 		 393 aa  301  1e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  42.23 
 
 		 395 aa  290  2e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  42.48 
 
 		 395 aa  289  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  40.26 
 
 		 405 aa  282  8.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  35.92 
 
 		 391 aa  257  2e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  34.99 
 
 		 399 aa  238  1e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  36.69 
 
 		 392 aa  232  8.000000000000001e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  36.19 
 
 		 392 aa  224  3e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  35.66 
 
 		 388 aa  223  4e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  39.43 
 
 		 381 aa  223  4.9999999999999996e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  35.53 
 
 		 396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  33.6 
 
 		 379 aa  201  9.999999999999999e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  31.96 
 
 		 374 aa  189  9e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  28.53 
 
 		 392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  33.07 
 
 		 379 aa  173  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  33.33 
 
 		 423 aa  168  1e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  33.6 
 
 		 377 aa  168  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0300  putative ribonuclease D  29.61 
 
 		 387 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  29.78 
 
 		 386 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  31.72 
 
 		 388 aa  163  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  32.52 
 
 		 377 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  31.72 
 
 		 384 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  37.04 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  37.04 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  37.04 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  38.18 
 
 		 369 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  31.45 
 
 		 384 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  36.3 
 
 		 367 aa  159  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  36.86 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  35.56 
 
 		 367 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  31.34 
 
 		 377 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  31.34 
 
 		 377 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  32.88 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  31.15 
 
 		 377 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  30.79 
 
 		 377 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  36.4 
 
 		 369 aa  153  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  36.24 
 
 		 369 aa  152  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  31.06 
 
 		 377 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6686  Ribonuclease D  34.81 
 
 		 400 aa  151  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  30.52 
 
 		 370 aa  150  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  28.5 
 
 		 385 aa  149  9e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  31.54 
 
 		 385 aa  149  9e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  32.19 
 
 		 396 aa  149  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  31.98 
 
 		 377 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  31.78 
 
 		 393 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  31.94 
 
 		 371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  32.62 
 
 		 375 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  31.97 
 
 		 373 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  31.97 
 
 		 373 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  31.97 
 
 		 373 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  29.87 
 
 		 400 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  29.16 
 
 		 388 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  31.51 
 
 		 374 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  30.54 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  29.68 
 
 		 403 aa  143  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  29.54 
 
 		 382 aa  142  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  31.79 
 
 		 358 aa  142  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  30.37 
 
 		 374 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  29.11 
 
 		 384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  28.33 
 
 		 386 aa  140  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  33.7 
 
 		 371 aa  139  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000103666  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  28.65 
 
 		 375 aa  137  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  30.65 
 
 		 374 aa  136  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  30.65 
 
 		 374 aa  136  8e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>