More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1824 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0418  alpha amylase, catalytic region  74.26 
 
 
577 aa  901  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.537622  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1824  putative sucrose phosphorylase  100 
 
 
587 aa  1212  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.552548  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02161  putative sucrose phosphorylase  50 
 
 
584 aa  616  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2164  alpha amylase, catalytic region  53.6 
 
 
586 aa  612  1e-174  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.659302  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2846  alpha amylase, catalytic region  50.97 
 
 
581 aa  608  1e-172  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.218279  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2600  sucrose phosphorylase  48.81 
 
 
591 aa  602  1e-171  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0436867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2580  alpha amylase, catalytic region  50.43 
 
 
578 aa  597  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.008896  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2573  alpha amylase, catalytic region  50.43 
 
 
578 aa  597  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000337914  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2566  alpha amylase, catalytic region  50.43 
 
 
578 aa  597  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0104089  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3210  sucrose phosphorylase  50.18 
 
 
596 aa  593  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1771  alpha amylase catalytic region  47.58 
 
 
585 aa  588  1e-167  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.232326  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0506  putative sucrose phosphorylase  51.13 
 
 
544 aa  572  1e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0774  Alpha amylase, catalytic region  43.94 
 
 
589 aa  511  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2588  alpha amylase  47.41 
 
 
598 aa  489  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3029  alpha amylase catalytic subunit  42.2 
 
 
556 aa  433  1e-120  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.172997 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0665  alpha amylase catalytic region  44.57 
 
 
555 aa  426  1e-118  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.694695  normal  0.614349 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1523  alpha amylase catalytic region  38.89 
 
 
561 aa  406  1e-112  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.346384  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1248  alpha amylase catalytic region  41.11 
 
 
568 aa  401  1e-110  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.55232  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1519  alpha amylase family protein  38.26 
 
 
559 aa  380  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2316  alpha amylase catalytic region  38.26 
 
 
559 aa  380  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.278573  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1813  alpha amylase family protein  38.08 
 
 
559 aa  380  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.653374 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01286  predicted glucosyltransferase  38.26 
 
 
559 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1424  alpha amylase family protein  38.45 
 
 
559 aa  380  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2337  alpha amylase catalytic region  38.26 
 
 
559 aa  379  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0459721  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08951  glycoside hydrolase family protein  36.04 
 
 
586 aa  377  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.497034  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0838  alpha amylase domain-containing protein  36.59 
 
 
586 aa  374  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2243  alpha amylase domain-containing protein  38.46 
 
 
575 aa  374  1e-102  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08971  glycoside hydrolase family protein  36.22 
 
 
586 aa  372  1e-102  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.540308  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10441  glycoside hydrolase family protein  35.81 
 
 
589 aa  374  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09141  glycoside hydrolase family protein  35.52 
 
 
583 aa  369  1e-100  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264002 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06751  glycoside hydrolase family protein  35.76 
 
 
578 aa  368  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.335085 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2165  alpha amylase, catalytic region  35.01 
 
 
565 aa  365  1e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0993887 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0246  alpha amylase domain-containing protein  34.89 
 
 
583 aa  362  1e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2606  alpha amylase domain-containing protein  39.23 
 
 
575 aa  344  3e-93  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.281377 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0232  sucrose phosphorylase  31.7 
 
 
493 aa  185  2e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.528502  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0241  Sucrose phosphorylase  28.82 
 
 
483 aa  177  3e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3361  alpha amylase catalytic region  29.93 
 
 
491 aa  170  7e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605646 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1779  glycosidase  25.98 
 
 
489 aa  169  2e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2611  alpha amylase, catalytic region  25.36 
 
 
650 aa  159  9e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0061  sucrose phosphorylase  28.13 
 
 
492 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0065  sucrose phosphorylase  27.91 
 
 
492 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0384  glycosidase  27.91 
 
 
492 aa  157  4e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00983965  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0066  sucrose phosphorylase  27.91 
 
 
492 aa  157  5e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.530318  hitchhiker  0.00316152 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4288  sucrose phosphorylase  27.91 
 
 
492 aa  157  7e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00965772  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1542  sucrose phosphorylase  26.19 
 
 
485 aa  155  2e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.296567  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3514  alpha amylase, catalytic region  28.19 
 
 
651 aa  155  3e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.482546  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0062  sucrose phosphorylase  27.85 
 
 
494 aa  153  9e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0945971  unclonable  3.50237e-05 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3684  alpha amylase catalytic region  27.17 
 
 
663 aa  152  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0064  sucrose phosphorylase  27.63 
 
 
494 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  7.22293e-08 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0066  sucrose phosphorylase  27.63 
 
 
494 aa  150  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.18626e-09 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3820  alpha amylase, catalytic region  25.45 
 
 
645 aa  149  1e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.166544  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02416  alpha-amlyase  27.45 
 
 
638 aa  149  2e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01971  sucrose phosphorylase  27.97 
 
 
498 aa  148  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1331  sucrose phosphorylase  27.22 
 
 
508 aa  147  4e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00201506  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0651  sucrose phosphorylase  27.64 
 
 
482 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0824794  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2914  alpha amylase catalytic region  24.44 
 
 
650 aa  144  5e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0972  alpha amylase catalytic region  26.09 
 
 
644 aa  144  7e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0572  alpha amylase, catalytic region  25.36 
 
 
650 aa  142  2e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1797  Alpha amylase, catalytic region  26.46 
 
 
651 aa  142  2e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.26302e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0305  alpha amylase, catalytic region  25.64 
 
 
646 aa  139  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3990  sucrose phosphorylase  26.41 
 
 
493 aa  138  3e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00149762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00676  alpha-amylase, amylosucrase  24.78 
 
 
649 aa  134  4e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.145273  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0218  Alpha amylase, catalytic region  23.84 
 
 
650 aa  133  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2030  alpha amylase, catalytic region  25.65 
 
 
638 aa  132  2e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194844  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3590  alpha amylase catalytic region  25.08 
 
 
661 aa  132  2e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0704974 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1799  alpha amylase catalytic region  24.52 
 
 
534 aa  129  2e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  30.71 
 
 
548 aa  127  8e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1267  alpha amylase, catalytic region  28.16 
 
 
645 aa  126  9e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  28.38 
 
 
1088 aa  126  9e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1307  alpha amylase catalytic region  23.29 
 
 
652 aa  126  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  3.23164e-05 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1980  trehalose synthase  29.82 
 
 
1109 aa  126  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0525025  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0534  trehalose synthase/putative maltokinase  33.89 
 
 
1131 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1340  trehalose synthase/putative maltokinase  33.89 
 
 
1131 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0308  alpha amylase catalytic subunit  24.77 
 
 
636 aa  124  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0621  trehalose synthase/putative maltokinase  33.89 
 
 
1131 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1567  trehalose synthase/putative maltokinase  33.89 
 
 
1131 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1544  alpha-glucosidase  33.89 
 
 
1131 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0821  alpha amylase family protein  33.89 
 
 
1131 aa  124  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145364  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1153  alpha amylase catalytic region  25.36 
 
 
657 aa  124  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00213284  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5490  trehalose synthase  29.61 
 
 
1136 aa  124  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984156  hitchhiker  0.000243022 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  30.04 
 
 
1115 aa  124  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2022  trehalose synthase  29.61 
 
 
1142 aa  122  1e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5098  trehalose synthase  30.32 
 
 
1093 aa  122  2e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436768  decreased coverage  0.00978496 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3322  alpha amylase catalytic region  26.36 
 
 
672 aa  122  2e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  28.21 
 
 
1100 aa  122  2e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  30.25 
 
 
1095 aa  122  2e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  28.04 
 
 
1088 aa  121  4e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5383  trehalose synthase  29.96 
 
 
1093 aa  121  4e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116468  normal  0.915163 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  28.04 
 
 
1088 aa  121  4e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0830  Alpha amylase, catalytic region  27.91 
 
 
1104 aa  121  4e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4392  trehalose synthase  29.97 
 
 
1152 aa  121  4e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.21351 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5564  alpha-glucosidase  28.97 
 
 
1100 aa  120  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.657284  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1690  alpha amylase catalytic region  26.4 
 
 
639 aa  120  6e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.526546  normal  0.114706 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7546  trehalose synthase  27.7 
 
 
1088 aa  120  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455626  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1110  trehalose synthase  28.98 
 
 
1102 aa  120  8e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.531245 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2446  putative trehalose synthase  28.98 
 
 
1102 aa  120  8e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.500894  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6322  putative trehalose synthase  27.04 
 
 
1101 aa  119  1e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319777  normal  0.483748 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1784  trehalose synthase  28.62 
 
 
1102 aa  119  1e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6822  trehalose synthase  29.77 
 
 
1154 aa  119  2e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.615207 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2935  trehalose synthase  30.99 
 
 
1110 aa  119  2e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>