More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1704 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1704  putative high-affinity zinc uptake system protein  100 
 
 		 356 aa  707    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0200273  normal  0.0153509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0312  periplasmic solute binding protein  67.93 
 
 		 362 aa  459  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4176  periplasmic solute binding protein  43.58 
 
 		 346 aa  285  9e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3616  periplasmic solute binding protein  46.67 
 
 		 378 aa  280  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0144381 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1697  periplasmic solute binding protein  43.33 
 
 		 347 aa  279  5e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1122  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  43.73 
 
 		 334 aa  275  9e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.124728  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1027  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  43.73 
 
 		 334 aa  275  9e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  43.63 
 
 		 344 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  39.07 
 
 		 308 aa  245  6.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2384  periplasmic solute binding protein  42.86 
 
 		 351 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691591  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0188  periplasmic solute binding protein  43.29 
 
 		 334 aa  235  7e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.494723  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  40.18 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3183  periplasmic solute binding protein  37.29 
 
 		 371 aa  212  7e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0392805  normal  0.124808 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1194  periplasmic solute binding protein  38.84 
 
 		 329 aa  211  1e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170646 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4140  periplasmic solute binding protein  40.06 
 
 		 326 aa  212  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2751  periplasmic solute binding protein  37.39 
 
 		 332 aa  207  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3253  periplasmic solute binding protein  41.16 
 
 		 347 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0556768 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2142  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.9 
 
 		 340 aa  195  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000717331  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1712  periplasmic solute binding protein  38.01 
 
 		 369 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.333525  normal  0.532025 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  34.12 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3571  ABC zinc transporter, periplasmic binding protein ZnuA  40.96 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3151  hypothetical protein  40.69 
 
 		 336 aa  175  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506548 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  30.68 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2251  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.25 
 
 		 340 aa  169  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000558415  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.96 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.45 
 
 		 314 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.15 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.15 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.15 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.15 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  30.4 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  31.28 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.66 
 
 		 339 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2111  high-affinity zinc transporter periplasmic component  28.37 
 
 		 339 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0209857  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0953  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.38 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0035869  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0275  periplasmic solute binding protein  32.01 
 
 		 313 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.09 
 
 		 352 aa  159  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01828  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.09 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  31.09 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01816  hypothetical protein  31.09 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0117492  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.09 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.09 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.09 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2140  high-affinity zinc transporter periplasmic component  28.7 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000251275  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2027  high-affinity zinc transporter periplasmic component  28.7 
 
 		 318 aa  155  9e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130529  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00830  ABC transporter, periplasmic binding protein  32.22 
 
 		 297 aa  152  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2773  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.92 
 
 		 321 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000694266  hitchhiker  0.00715956 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  26.54 
 
 		 297 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2426  high-affinity zinc transporter periplasmic component  28.15 
 
 		 314 aa  146  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000208109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0577  periplasmic solute binding protein  26.65 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.289421  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0937  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  27 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.388709  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1122  periplasmic solute binding protein  32.93 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  32.93 
 
 		 295 aa  116  6.9999999999999995e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  28.57 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  31.74 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  25.23 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  23.24 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.96 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2476  periplasmic solute binding protein  26.3 
 
 		 313 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00202006  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  26.45 
 
 		 358 aa  104  3e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  25.32 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0842  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  31.55 
 
 		 282 aa  102  1e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.290902  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  32.94 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  23.46 
 
 		 295 aa  99.8  6e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0598  periplasmic solute binding protein  25.33 
 
 		 333 aa  98.6  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  23.85 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17080  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  27.88 
 
 		 347 aa  96.7  5e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.222095  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  27.98 
 
 		 311 aa  96.7  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  24.64 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0248  periplasmic solute binding protein  30.95 
 
 		 287 aa  95.1  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  23.74 
 
 		 365 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0895  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  23.28 
 
 		 514 aa  95.1  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00479451  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1859  periplasmic solute binding protein  29.17 
 
 		 362 aa  93.6  4e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0400  periplasmic solute binding protein  25.27 
 
 		 302 aa  93.2  6e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2317  periplasmic solute binding protein  23.64 
 
 		 300 aa  93.2  7e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1602  periplasmic solute binding protein  35.33 
 
 		 324 aa  91.3  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4768  periplasmic solute binding protein  35.91 
 
 		 509 aa  90.9  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.474869  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  24.27 
 
 		 323 aa  90.5  4e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  27.16 
 
 		 345 aa  90.5  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3980  periplasmic solute binding protein  24.39 
 
 		 354 aa  90.1  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.749936 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  25.72 
 
 		 353 aa  89.4  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  29.39 
 
 		 346 aa  89.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  25.82 
 
 		 345 aa  89.4  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  24.76 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  27.85 
 
 		 312 aa  89  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4495  periplasmic solute binding protein  32.61 
 
 		 350 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  27.65 
 
 		 309 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  23.28 
 
 		 292 aa  88.6  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1775  periplasmic solute binding protein  34.21 
 
 		 312 aa  87.8  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.176875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11830  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  28.4 
 
 		 339 aa  87.8  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  normal  0.825122 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  34.18 
 
 		 311 aa  85.9  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1667  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  30.36 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  27.3 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2088  periplasmic solute binding protein  24.25 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.245809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  23.37 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07770  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  28.08 
 
 		 331 aa  84.3  0.000000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1015  solute binding protein  23.99 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0185  periplasmic solute binding protein  24.35 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1937  periplasmic solute binding protein  34.46 
 
 		 311 aa  82.4  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.456944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>