87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1652 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1652  putative solute-binding protein 1 family  100 
 
 		 452 aa  915    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182094  hitchhiker  0.00000465499 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3307  extracellular solute-binding protein  65.93 
 
 		 449 aa  614  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0444358  normal  0.775669 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2910  ABC alpha-glucoside transporter extracellular solute-binding protein, family 1  62.03 
 
 		 452 aa  594  1e-168  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.320115 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2855  extracellular solute-binding protein  61.81 
 
 		 451 aa  581  1.0000000000000001e-165  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2873  ABC alpha-glucoside transporter, perplasmic substrate-binding protein  62.47 
 
 		 450 aa  580  1e-164  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.182804  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1519  extracellular solute-binding protein  62.25 
 
 		 450 aa  579  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.846969  normal  0.200847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4345  extracellular solute-binding protein  60.04 
 
 		 450 aa  570  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1147  extracellular solute-binding protein  60.93 
 
 		 544 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0292  extracellular solute-binding protein  61.4 
 
 		 452 aa  544  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0355  extracellular solute-binding protein family 1  59.16 
 
 		 453 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.179225 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1946  extracellular solute-binding protein  60.65 
 
 		 449 aa  534  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0785  ABC transporter substrate binding protein (alpha-glucoside)  55.51 
 
 		 452 aa  526  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0387  extracellular solute-binding protein family 1  58.24 
 
 		 453 aa  528  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1180  extracellular solute-binding protein  43.52 
 
 		 485 aa  324  2e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14550  extracellular solute-binding protein family 1  40.4 
 
 		 432 aa  297  3e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000299418  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3182  extracellular solute-binding protein family 1  39.39 
 
 		 464 aa  271  1e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.145583 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13200  extracellular solute-binding protein family 1  37.91 
 
 		 424 aa  270  5e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3914  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 		 457 aa  268  1e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313486  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0267  extracellular solute-binding protein family 1  38.12 
 
 		 462 aa  266  4e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.39283  normal  0.349323 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7166  alpha-glucoside ABC transporter  36.59 
 
 		 451 aa  260  3e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0136035 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3967  extracellular solute-binding protein  37.05 
 
 		 448 aa  260  3e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0182057  normal  0.154584 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4648  extracellular solute-binding protein family 1  35.41 
 
 		 448 aa  256  4e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000260895 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3587  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 447 aa  253  5.000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.69287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2337  ABC-type glucosylglycerol transport system substrate-binding protein  35.89 
 
 		 448 aa  247  3e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.176838  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5152  extracellular solute-binding protein family 1  35.92 
 
 		 482 aa  241  2e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01750  carbohydrate-binding protein  36.19 
 
 		 457 aa  238  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110954  normal  0.899537 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5758  extracellular solute-binding protein family 1  34.77 
 
 		 498 aa  234  3e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal  0.192043 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26130  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  35 
 
 		 448 aa  231  1e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0719829  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3716  extracellular solute-binding protein family 1  35.66 
 
 		 440 aa  229  9e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000472149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3237  extracellular solute-binding protein family 1  35.48 
 
 		 464 aa  228  2e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2626  extracellular solute-binding protein family 1  33.5 
 
 		 455 aa  184  4.0000000000000006e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0491272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  30.61 
 
 		 444 aa  179  8e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  31.55 
 
 		 466 aa  171  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0869  extracellular solute-binding protein family 1  30.17 
 
 		 436 aa  162  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.293785 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1625  alpha-glucoside ABC transporter periplasmic- binding protein  27.8 
 
 		 442 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.234885  normal  0.190993 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2936  extracellular solute-binding protein family 1  29.63 
 
 		 447 aa  144  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2534  extracellular solute-binding protein family 1  29.53 
 
 		 404 aa  140  4.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.478006  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0402  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 		 447 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 431 aa  73.6  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2234  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 		 419 aa  68.9  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 		 441 aa  67.8  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 		 434 aa  66.6  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 		 434 aa  64.7  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  24.6 
 
 		 423 aa  61.6  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  26.83 
 
 		 417 aa  60.5  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  28.91 
 
 		 438 aa  58.9  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  24.19 
 
 		 442 aa  57  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  22.8 
 
 		 435 aa  56.6  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 433 aa  55.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 		 445 aa  54.7  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  25.74 
 
 		 445 aa  54.3  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  29.68 
 
 		 441 aa  54.3  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 424 aa  53.9  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  28.91 
 
 		 433 aa  53.5  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 		 424 aa  53.5  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  24.9 
 
 		 428 aa  53.5  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  24.94 
 
 		 454 aa  52.4  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 452 aa  51.6  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.17 
 
 		 435 aa  51.2  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 445 aa  51.2  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 427 aa  50.4  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 		 408 aa  50.1  0.00009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  24.53 
 
 		 422 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 435 aa  49.7  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 		 415 aa  48.9  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.08 
 
 		 428 aa  48.9  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  27.36 
 
 		 431 aa  48.5  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 427 aa  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 414 aa  47  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 		 424 aa  46.6  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 		 435 aa  46.6  0.0008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 		 414 aa  45.8  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  22.32 
 
 		 408 aa  45.4  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  22.86 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 408 aa  45.8  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 419 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  23.32 
 
 		 412 aa  44.3  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 451 aa  43.9  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 		 446 aa  44.3  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 419 aa  43.9  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 420 aa  43.9  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  23.63 
 
 		 421 aa  43.9  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 420 aa  43.9  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 419 aa  43.9  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  25.7 
 
 		 429 aa  43.5  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 		 432 aa  43.1  0.009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>