More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1573 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  57 
 
 
752 aa  711    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.43986 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  63.45 
 
 
769 aa  901    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1573  histidine kinase  100 
 
 
767 aa  1518    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0740881  normal  0.0763149 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2239  multi-sensor signal transduction histidine kinase  61.38 
 
 
756 aa  849    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.292158  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  62.28 
 
 
759 aa  875    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  62.91 
 
 
753 aa  870    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  63.45 
 
 
753 aa  902    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.98 
 
 
779 aa  481  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.865325  normal  0.321459 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1617  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.77 
 
 
763 aa  472  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1116  nitrogen regulation protein NtrY  37.26 
 
 
774 aa  468  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1074  nitrogen regulation protein NtrY  37.12 
 
 
774 aa  466  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000929955  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2136  two component sensor kinase  37.69 
 
 
759 aa  450  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132627  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1629  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
756 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102015  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 
771 aa  451  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.542091  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1838  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.22 
 
 
764 aa  448  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.77 
 
 
756 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0544205 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.79 
 
 
754 aa  449  1.0000000000000001e-124  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187529  normal  0.0210363 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
740 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.87 
 
 
757 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414611  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2579  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.34 
 
 
761 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.838184  normal  0.345494 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2591  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.69 
 
 
762 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.682378  normal  0.0198144 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4398  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.14 
 
 
745 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13461  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2864  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.27 
 
 
763 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1446  nitrogen regulatory signal transduction histidine kinase NtrY  36.68 
 
 
766 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263583  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2881  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
762 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.26 
 
 
784 aa  421  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2607  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.99 
 
 
747 aa  411  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.515354  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.91 
 
 
757 aa  412  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.203555  normal  0.0623449 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1679  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.62 
 
 
760 aa  412  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.859765  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 
779 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.363869 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0542  nitrogen regulation protein NtrY  34.46 
 
 
742 aa  399  1e-109  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0128365  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0530  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 
755 aa  387  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6542  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 
753 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.28 
 
 
799 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.70723  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2822  PAS sensor protein  34.99 
 
 
799 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.354635 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1491  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.28 
 
 
814 aa  382  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0430544 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.53 
 
 
799 aa  378  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1929  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
742 aa  374  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.95 
 
 
768 aa  369  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.513538  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1443  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 
753 aa  366  1e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.616255  hitchhiker  0.000358642 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 
773 aa  350  7e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.18473  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0299  putative nitrogen regulation protein NtrY  32.62 
 
 
714 aa  345  2e-93  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.333561  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0704  sensor histidine kinase  32.05 
 
 
713 aa  330  6e-89  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.2301  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
756 aa  311  2.9999999999999997e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.857607  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 
748 aa  294  5e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0709  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.14 
 
 
738 aa  292  1e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000623284  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  31.75 
 
 
748 aa  292  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.98 
 
 
746 aa  287  4e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 
756 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.361287  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3361  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.84 
 
 
756 aa  282  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2344  two component signal transduction histidine kinase  31.81 
 
 
752 aa  281  3e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000619377  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  32.16 
 
 
712 aa  281  4e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1376  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 
737 aa  278  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00550904  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.06 
 
 
733 aa  270  1e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.49 
 
 
736 aa  265  2e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
731 aa  263  8e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
708 aa  262  2e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000583847 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 
736 aa  257  4e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 
845 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.468501 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.36 
 
 
749 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0024  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 
736 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.10248 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0352  sensor kinase protein  30.89 
 
 
787 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.452742  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0157  sensor histidine kinase  30.89 
 
 
802 aa  254  6e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278492  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0167  sensor histidine kinase  30.89 
 
 
802 aa  254  6e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.211147  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0390  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 
744 aa  254  6e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 
718 aa  252  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0023  nitrogen regulation protein NtrY, putative  31.86 
 
 
710 aa  252  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.736908  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2281  putative nitrogen regulation protein NtrY  30.75 
 
 
802 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0640916  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0148  nitrogen regulation protein NtrY, putative  30.75 
 
 
806 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155051  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2359  putative nitrogen regulation protein NtrY  30.75 
 
 
802 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.252159  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2799  putative nitrogen regulation protein NtrY  30.75 
 
 
802 aa  251  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 
733 aa  250  8e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0018  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
710 aa  248  3e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.2698 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1933  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.6 
 
 
741 aa  248  3e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.820438  normal  0.142567 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0134  nitrogen regulation protein NtrY, putative  30.62 
 
 
787 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.822432  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
762 aa  245  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.235789  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3892  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
762 aa  243  7.999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.820879 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3588  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 
775 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3630  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.09 
 
 
765 aa  239  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.153032 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 
800 aa  239  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4410  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 
800 aa  239  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3176  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 
804 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3059  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 
800 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.510583  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3118  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.29 
 
 
817 aa  238  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728829  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6472  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
804 aa  238  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
804 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.428024 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
804 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.537383  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3121  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 
804 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.655307  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 
729 aa  235  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0199  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
734 aa  232  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4526  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.35 
 
 
772 aa  231  5e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.09 
 
 
725 aa  230  1e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0041  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.36 
 
 
803 aa  228  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2081  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 
816 aa  225  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2268  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
764 aa  224  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3403  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 
812 aa  220  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.44 
 
 
827 aa  220  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2075  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 
770 aa  219  2e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 
765 aa  217  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341187  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2847  nitrogen regulation protein NtrY, putative  29.38 
 
 
734 aa  216  9e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>