More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1474 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  100 
 
 
287 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  64.54 
 
 
282 aa  350  2e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  67.86 
 
 
277 aa  346  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  67.86 
 
 
277 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  59.52 
 
 
294 aa  331  8e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  64.29 
 
 
276 aa  329  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  63.25 
 
 
281 aa  322  6e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.02 
 
 
288 aa  253  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  51.06 
 
 
300 aa  246  3e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.28 
 
 
295 aa  241  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  49.83 
 
 
300 aa  240  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.88 
 
 
289 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  48.97 
 
 
281 aa  234  8e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.71 
 
 
279 aa  233  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.18 
 
 
291 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  53.07 
 
 
284 aa  231  9e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.48 
 
 
290 aa  231  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  49.3 
 
 
296 aa  229  4e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  51.61 
 
 
293 aa  228  8e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.08 
 
 
290 aa  221  8e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  50 
 
 
296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.2 
 
 
293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  48.65 
 
 
315 aa  218  8.999999999999998e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  50.35 
 
 
280 aa  217  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.23 
 
 
297 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.39 
 
 
291 aa  217  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.45 
 
 
278 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.04 
 
 
291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  49.65 
 
 
304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47 
 
 
293 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.04 
 
 
291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.94 
 
 
293 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.14 
 
 
293 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.69 
 
 
293 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  47.18 
 
 
300 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  48.6 
 
 
294 aa  206  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  48.39 
 
 
302 aa  203  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.24 
 
 
281 aa  202  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.59 
 
 
281 aa  195  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  49.12 
 
 
279 aa  195  6e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.06 
 
 
287 aa  194  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  41.53 
 
 
318 aa  191  9e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  49.14 
 
 
297 aa  189  5e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  43.88 
 
 
316 aa  186  5e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1882  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  43.02 
 
 
295 aa  185  9e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  43.53 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  44.87 
 
 
283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  42.71 
 
 
323 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  43.12 
 
 
297 aa  179  4e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1396  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  41.3 
 
 
334 aa  177  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.535698  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  45 
 
 
298 aa  177  3e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  42.41 
 
 
319 aa  176  4e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  41.72 
 
 
323 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3027  glutamate--tRNA ligase  37.15 
 
 
278 aa  175  8e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.968888  normal  0.390374 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  38.43 
 
 
311 aa  174  9.999999999999999e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0797  glutamate--tRNA ligase  39.62 
 
 
303 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000376322  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  41.04 
 
 
314 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  44.78 
 
 
302 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  38.28 
 
 
331 aa  171  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  41.5 
 
 
323 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0962  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.73 
 
 
298 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.294785  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1703  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.59 
 
 
298 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2315  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.59 
 
 
298 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2338  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.59 
 
 
298 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0246272 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1586  glutamyl-tRNA synthetase  37.77 
 
 
369 aa  166  5e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2581  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.26 
 
 
310 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  42.41 
 
 
337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2004  glutamyl-tRNA synthetase  37.5 
 
 
329 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.266458  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0982  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.41 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  42.29 
 
 
327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  38.49 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3450  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  39 
 
 
330 aa  163  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  40.15 
 
 
313 aa  163  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1195  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.02 
 
 
297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0519068  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1915  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.02 
 
 
297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00194048  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  41.06 
 
 
301 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.02 
 
 
297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1041  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.02 
 
 
297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.512398  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0827  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.02 
 
 
297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0324  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.02 
 
 
297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1203  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.02 
 
 
297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13470  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  36.97 
 
 
317 aa  162  4.0000000000000004e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301512  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  39.02 
 
 
310 aa  162  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2234  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.59 
 
 
294 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2081  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.13 
 
 
294 aa  161  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178855  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0334  Glutamate--tRNA ligase  36.2 
 
 
373 aa  161  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.374336 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  38.26 
 
 
310 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  41.11 
 
 
303 aa  160  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  0.00000345941 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  41.89 
 
 
300 aa  160  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  40.45 
 
 
309 aa  159  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1982  glutamate--tRNA ligase  40.07 
 
 
323 aa  160  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.926165 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0996  glutamyl-tRNA synthetase  37.05 
 
 
464 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.990972 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2904  glutamate--tRNA ligase  40.65 
 
 
338 aa  159  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.437681  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5657  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.44 
 
 
297 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3294  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  40.68 
 
 
296 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1782  Glutamate--tRNA ligase  40.07 
 
 
323 aa  158  8e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1109  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.38 
 
 
299 aa  158  9e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1251  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.95 
 
 
296 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.540986  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3371  glutamate--tRNA ligase  39.38 
 
 
309 aa  158  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0696  glutamyl-tRNA synthetase  37.01 
 
 
463 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69774  normal  0.269454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>