More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1460 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1460  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  100 
 
 		 221 aa  433  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0369658 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1200  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  60.27 
 
 		 198 aa  221  8e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3799  50S ribosomal protein L21  73.13 
 
 		 136 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3511  50S ribosomal protein L21  72.87 
 
 		 131 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.917781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3819  50S ribosomal protein L21  72.09 
 
 		 131 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.711796  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2280  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  72.41 
 
 		 258 aa  169  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.372527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4103  50S ribosomal protein L21  61.22 
 
 		 140 aa  169  5e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.509637 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2784  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  45.74 
 
 		 223 aa  145  5e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0566987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3461  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  47.35 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.2589  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1782  50S ribosomal protein L21  59.43 
 
 		 188 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.458304  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1850  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 142 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1050  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 		 129 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.436024  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4288  50S ribosomal protein L21  59.05 
 
 		 104 aa  126  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.997468  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3869  50S ribosomal protein L21  56.19 
 
 		 105 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.43759  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4193  50S ribosomal protein L21  55.24 
 
 		 105 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1465  50S ribosomal protein L21  36.65 
 
 		 208 aa  120  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3005  50S ribosomal protein L21  55.88 
 
 		 124 aa  115  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.765258 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0309  50S ribosomal protein L21  51.89 
 
 		 157 aa  115  7.999999999999999e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.848766  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0497  ribosomal protein L21  60.2 
 
 		 98 aa  108  6e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3283  50S ribosomal protein L21  52.94 
 
 		 125 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0418  50S ribosomal protein L21  51.92 
 
 		 103 aa  105  7e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3189  50S ribosomal protein L21  55.24 
 
 		 104 aa  103  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02720  50S ribosomal protein L21  36.2 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1848  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 		 104 aa  103  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0845  50S ribosomal protein L21  54.29 
 
 		 104 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2005  ribosomal protein L21  50.98 
 
 		 103 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1242  50S ribosomal protein L21P  52.08 
 
 		 100 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2219  50S ribosomal protein L21P  50.96 
 
 		 104 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0162  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 102 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000233925  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2583  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 		 102 aa  99.8  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.5903200000000002e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0231  50S ribosomal protein L21  53.33 
 
 		 104 aa  99.4  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0145  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 102 aa  99.4  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0864  50S ribosomal protein L21P  49.04 
 
 		 103 aa  97.8  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0835554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0194  50S ribosomal protein L21  50 
 
 		 171 aa  97.8  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.472355 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1483  ribosomal protein L21  49.51 
 
 		 103 aa  97.8  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3352  50S ribosomal protein L21P  51.49 
 
 		 101 aa  98.2  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000809209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0349  50S ribosomal protein L21  50.49 
 
 		 102 aa  97.8  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694207  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3590  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 102 aa  96.3  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000239742  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0926  ribosomal protein L21  47.52 
 
 		 102 aa  96.3  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000000598947  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0304  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 		 102 aa  95.9  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000140365  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4238  ribosomal protein L21  52.94 
 
 		 102 aa  95.9  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000144419  hitchhiker  0.000000201625 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0341  ribosomal protein L21  50 
 
 		 104 aa  95.5  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000133447  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2551  50S ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 102 aa  94.7  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000316052  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4328  50S ribosomal protein L21  45.87 
 
 		 138 aa  93.6  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.665904 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0361  50S ribosomal protein L21  50 
 
 		 103 aa  93.2  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000287252  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1268  ribosomal protein L21  48.6 
 
 		 131 aa  92.4  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00033008  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2238  ribosomal protein L21  45.19 
 
 		 104 aa  92.4  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0929508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  55.88 
 
 		 398 aa  92  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00800  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 		 103 aa  91.3  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4860  50S ribosomal protein L21  50 
 
 		 103 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2853  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 		 103 aa  91.3  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000634591  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3206  ribosomal protein L21  50.98 
 
 		 103 aa  90.9  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0891  50S ribosomal protein L21  46.08 
 
 		 103 aa  90.9  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0723214 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1326  50S ribosomal protein L21P  48.45 
 
 		 99 aa  91.3  1e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.0000107304  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3236  50S ribosomal protein L21  46.6 
 
 		 102 aa  90.5  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000156169  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001673  LSU ribosomal protein L21p  48.08 
 
 		 103 aa  90.9  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000280256  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0496  50S ribosomal protein L21  45.1 
 
 		 115 aa  90.1  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  3.70473e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3315  ribosomal protein L21  50.96 
 
 		 103 aa  90.5  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000262091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1573  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 		 103 aa  90.9  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.337451  normal  0.754011 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1683  50S ribosomal protein L21  46.08 
 
 		 115 aa  90.5  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000196723  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0474  50S ribosomal protein L21P  48.08 
 
 		 103 aa  90.5  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.030685  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1755  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 		 103 aa  90.9  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.092624  normal  0.0601991 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3682  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 		 103 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.885821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2250  50S ribosomal protein L21  46.53 
 
 		 102 aa  89.7  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00445864  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0488  ribosomal protein L21  49.04 
 
 		 103 aa  89.7  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2657  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 		 103 aa  89.4  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0146122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3612  50S ribosomal protein L21  43.27 
 
 		 103 aa  89.4  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.09393e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1118  50S ribosomal protein L21  46.67 
 
 		 146 aa  89.4  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00565538  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3067  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 		 103 aa  89.4  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.89662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3757  50S ribosomal protein L21  43.27 
 
 		 103 aa  89.4  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000620592  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3974  50S ribosomal protein L21  43.27 
 
 		 103 aa  89.4  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000270537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2692  50S ribosomal protein L21P  47.57 
 
 		 149 aa  89  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00184818  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2535  ribosomal protein L21  51.92 
 
 		 114 aa  89  5e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00752962  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2385  50S ribosomal protein L21  51.92 
 
 		 103 aa  89  5e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.26832  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2097  50S ribosomal protein L21  51.92 
 
 		 103 aa  89  5e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000000174433  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3277  50S ribosomal protein L21  46.6 
 
 		 103 aa  89  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00049339 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1340  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 102 aa  89  6e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0383215  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0245  50S ribosomal protein L21  46.15 
 
 		 103 aa  88.6  6e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000276317  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0285  50S ribosomal protein L21  47.12 
 
 		 103 aa  88.6  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.253807  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40790  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 		 103 aa  88.6  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200722  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0462  50S ribosomal protein L21  47.12 
 
 		 103 aa  88.6  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00315446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0797  ribosomal protein L21  50 
 
 		 103 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0439  50S ribosomal protein L21  52.29 
 
 		 146 aa  88.2  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1380  50S ribosomal protein L21  45.63 
 
 		 102 aa  87.8  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0770  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 		 103 aa  87.8  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0869  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 		 103 aa  87.4  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000245664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0701  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 		 103 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0525  ribosomal protein L21  46.15 
 
 		 103 aa  87.4  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5486  ribosomal protein L21  48.08 
 
 		 103 aa  87.8  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.145587  normal  0.514082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0688  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 104 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468756  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2822  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 		 103 aa  87  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00195381  normal  0.322563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0720  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 104 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456821  normal  0.0127169 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2058  50S ribosomal protein L21  44.66 
 
 		 102 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.550778  normal  0.848803 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0841  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 		 103 aa  87.4  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.498603 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0160  50S ribosomal protein L21  46.15 
 
 		 103 aa  87.4  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00136073  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0720  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 104 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7553  normal  0.901329 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4497  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 104 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.200456  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2576  50S ribosomal protein L21  48.04 
 
 		 103 aa  86.3  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0484  ribosomal protein L21  45.19 
 
 		 105 aa  86.7  3e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.239256  normal  0.0811402 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0153  50S ribosomal protein L21  50.48 
 
 		 132 aa  86.3  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>