296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1449 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  52.22 
 
 		 785 aa  751    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  51.17 
 
 		 786 aa  726    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 740 aa  1467    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  51.62 
 
 		 787 aa  761    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  53.71 
 
 		 739 aa  691    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  31.98 
 
 		 681 aa  290  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  32.73 
 
 		 720 aa  278  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  32.65 
 
 		 678 aa  269  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 		 726 aa  246  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  30.23 
 
 		 727 aa  242  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  32.2 
 
 		 712 aa  240  5e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 742 aa  237  7e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 736 aa  231  4e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 734 aa  227  5.0000000000000005e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 737 aa  225  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 733 aa  216  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  30.47 
 
 		 717 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  29.96 
 
 		 715 aa  212  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  30.25 
 
 		 681 aa  212  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 692 aa  211  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 700 aa  206  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 		 713 aa  204  5e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 702 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 698 aa  201  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 706 aa  191  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 714 aa  189  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 664 aa  187  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 716 aa  187  8e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 718 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  27.52 
 
 		 715 aa  169  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0495  hypothetical protein  88.66 
 
 		 136 aa  169  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.350156  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 690 aa  165  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  26.9 
 
 		 690 aa  160  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 702 aa  141  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 680 aa  117  8.999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 		 688 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 731 aa  104  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 723 aa  103  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  31.64 
 
 		 712 aa  102  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 		 708 aa  101  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 742 aa  100  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 715 aa  100  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  22.15 
 
 		 706 aa  99.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 675 aa  98.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  22.38 
 
 		 706 aa  97.8  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  22.38 
 
 		 721 aa  97.8  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  22.01 
 
 		 706 aa  97.4  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  22.01 
 
 		 706 aa  97.4  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  25.39 
 
 		 712 aa  91.7  5e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 688 aa  91.3  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  20.82 
 
 		 700 aa  91.3  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  21.8 
 
 		 700 aa  89.7  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  21.18 
 
 		 700 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  21.05 
 
 		 700 aa  88.2  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  21.09 
 
 		 700 aa  88.2  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  21.05 
 
 		 700 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  21.05 
 
 		 700 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  21.21 
 
 		 728 aa  86.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  37.58 
 
 		 778 aa  83.6  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  20.78 
 
 		 700 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  20.78 
 
 		 700 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  22.65 
 
 		 737 aa  82  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  21.89 
 
 		 780 aa  79.7  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  21.78 
 
 		 682 aa  79  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  32.77 
 
 		 800 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  22.03 
 
 		 730 aa  77  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 791 aa  76.6  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2497  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 873 aa  76.6  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.842174 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  24.44 
 
 		 736 aa  76.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 769 aa  75.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 730 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  23.79 
 
 		 710 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  19.97 
 
 		 762 aa  74.7  0.000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2103  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 873 aa  74.3  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  21.78 
 
 		 711 aa  74.3  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 701 aa  73.6  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 774 aa  73.2  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  26.69 
 
 		 797 aa  73.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  21.22 
 
 		 696 aa  72  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5422  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 770 aa  72  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  32.43 
 
 		 776 aa  71.6  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  24.28 
 
 		 691 aa  71.2  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 741 aa  71.2  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  23.32 
 
 		 725 aa  70.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  31.76 
 
 		 776 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 		 769 aa  70.5  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 705 aa  70.5  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  26.42 
 
 		 788 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 697 aa  69.7  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 777 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 709 aa  68.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 705 aa  69.3  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 		 729 aa  67.8  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  19.77 
 
 		 770 aa  67.4  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 777 aa  67  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 777 aa  67  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 791 aa  66.2  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1362  TonB-dependent receptor, plug  31.53 
 
 		 737 aa  66.2  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0352862  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  22.88 
 
 		 670 aa  66.6  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 697 aa  65.1  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>