196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1271 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 298 aa  611  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  78.11 
 
 		 297 aa  485  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1422  xylose isomerase-like  76.85 
 
 		 297 aa  474  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0452084  normal  0.457038 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  35.71 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  38.31 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  36.04 
 
 		 307 aa  212  7e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  35.39 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  36.04 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  35.71 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1348  xylose isomerase domain-containing protein  35.71 
 
 		 308 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4573  xylose isomerase-like TIM barrel  35.06 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  34.74 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  34.74 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  34.09 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  33.01 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7455  hypothetical protein  36.15 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.652021  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0657  Myo-inosose-2 dehydratase  33.78 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.700284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1696  Myo-inosose-2 dehydratase  34.42 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.75 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  33.89 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  31.76 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2490  xylose isomerase domain-containing protein  32.21 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  normal  0.973607 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.03 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0824  xylose isomerase domain-containing protein  30.74 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  35.23 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  31.23 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.61 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  32.46 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  33 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  32.01 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3079  Myo-inosose-2 dehydratase  32.67 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4487  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.22 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.411638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0730  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.95 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.200556  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  29.84 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  29.84 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  29.84 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  29.84 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  29.84 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  29.84 
 
 		 306 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  29.84 
 
 		 306 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.2 
 
 		 284 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  29.18 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  31.53 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.96 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  30.55 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  27.06 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  27.04 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  29.29 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  29.74 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  27.14 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  29.53 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  28.87 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  26.79 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  27.06 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  26.73 
 
 		 298 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  27.7 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2968  AP endonuclease  26.43 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  28.04 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1869  AP endonuclease  26.43 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  26.81 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3040  xylose isomerase domain-containing protein  26.43 
 
 		 368 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  24.5 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3273  AP endonuclease  29.18 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0853475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  31.21 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  31.71 
 
 		 237 aa  102  9e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  27.4 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5562  Myo-inosose-2 dehydratase  30.63 
 
 		 281 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  25.93 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  23.84 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  27.76 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.04 
 
 		 924 aa  99  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  26.95 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  26.64 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  26.64 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  26.64 
 
 		 309 aa  96.7  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.58 
 
 		 340 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  25.88 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  26.32 
 
 		 309 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  25.88 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1602  xylose isomerase domain-containing protein  27.24 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  26.32 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  23.88 
 
 		 309 aa  93.2  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  28.27 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  30.42 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.37 
 
 		 300 aa  92.4  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  26.13 
 
 		 309 aa  92.4  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  27.49 
 
 		 298 aa  92.4  9e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  25.4 
 
 		 371 aa  91.7  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  27.7 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  25.26 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  26.86 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4017  xylose isomerase domain-containing protein  26.37 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0078  hypothetical protein  25.27 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  25 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.62 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  26.03 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.05 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  22.7 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0486  putative myo-inositol catabolism protein  23.67 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  0.198393 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>