More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1149 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
202 aa  412  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  78.19 
 
 
194 aa  298  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  78.61 
 
 
194 aa  297  7e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  78.61 
 
 
194 aa  297  7e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1768  translation initiation factor IF-3  72.54 
 
 
221 aa  274  7e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.40976 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  91.79 
 
 
137 aa  255  3e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  65.34 
 
 
178 aa  241  4e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  62.37 
 
 
192 aa  236  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  64.53 
 
 
173 aa  234  8e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  63.31 
 
 
174 aa  230  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  62.5 
 
 
178 aa  228  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  65.09 
 
 
175 aa  225  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  60.8 
 
 
204 aa  224  5e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  63.47 
 
 
173 aa  223  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 
178 aa  223  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 
178 aa  223  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  61.24 
 
 
219 aa  221  7e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  2.73336e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  63.74 
 
 
173 aa  221  7e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  59.65 
 
 
173 aa  221  8e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  59.65 
 
 
173 aa  218  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  65.5 
 
 
173 aa  218  4e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  58.24 
 
 
190 aa  217  8e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  58.76 
 
 
200 aa  216  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  60 
 
 
169 aa  215  3e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
151 aa  216  3e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  60 
 
 
173 aa  215  3e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  61.73 
 
 
173 aa  214  7e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  60 
 
 
176 aa  214  8e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  60 
 
 
173 aa  213  1e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  59.41 
 
 
173 aa  212  3e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  60.49 
 
 
178 aa  212  3e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  62.11 
 
 
163 aa  212  3e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  58.19 
 
 
192 aa  211  4e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  59.41 
 
 
173 aa  211  4e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  57.65 
 
 
176 aa  211  5e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  58.48 
 
 
173 aa  211  8e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0364  translation initiation factor 3  57.89 
 
 
182 aa  210  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  2.97976e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  59.17 
 
 
182 aa  209  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  2.64089e-06  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 
169 aa  207  6e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  60.25 
 
 
177 aa  205  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  60.25 
 
 
183 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  60.61 
 
 
180 aa  206  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  60.25 
 
 
183 aa  205  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  60.25 
 
 
183 aa  205  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  55.95 
 
 
173 aa  205  4e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  56.52 
 
 
164 aa  204  8e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  56.79 
 
 
187 aa  202  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.11233e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  61.18 
 
 
155 aa  203  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0065  translation initiation factor IF-3  53.98 
 
 
184 aa  202  3e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  70.68 
 
 
134 aa  201  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2032  translation initiation factor IF-3  70.68 
 
 
134 aa  201  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  53.85 
 
 
171 aa  201  7e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0123  translation initiation factor 3  56.85 
 
 
201 aa  201  9e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.228507  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  53.25 
 
 
171 aa  200  1e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 
238 aa  200  1e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  61.96 
 
 
180 aa  199  2e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  6.76935e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  61.96 
 
 
180 aa  199  2e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  61.96 
 
 
180 aa  199  2e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  61.04 
 
 
159 aa  199  2e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  61.18 
 
 
165 aa  199  3e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  7.58155e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  59.35 
 
 
174 aa  199  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  64.29 
 
 
185 aa  199  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  58.71 
 
 
177 aa  198  4e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  60.53 
 
 
156 aa  198  5e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  60.53 
 
 
156 aa  198  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 
225 aa  198  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  60.53 
 
 
156 aa  198  5e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  60.53 
 
 
156 aa  198  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  60.53 
 
 
156 aa  198  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  60.53 
 
 
156 aa  198  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  60.53 
 
 
156 aa  198  5e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  60.53 
 
 
156 aa  198  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  62 
 
 
154 aa  197  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  61.18 
 
 
156 aa  197  7e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  59.21 
 
 
156 aa  197  1e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0412  translation initiation factor IF-3  65.96 
 
 
144 aa  196  2e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.601649  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  58.71 
 
 
179 aa  196  2e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  57.06 
 
 
198 aa  196  2e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  60.25 
 
 
177 aa  196  2e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  55.76 
 
 
207 aa  196  2e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.88671e-05  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  57.06 
 
 
171 aa  196  3e-49  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  55.49 
 
 
197 aa  196  3e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  2.8162e-05  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  52.35 
 
 
219 aa  196  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  4.86529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  57.24 
 
 
154 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.20038e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  54.32 
 
 
179 aa  194  6e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  1.29093e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  62.42 
 
 
169 aa  194  7e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  59.06 
 
 
154 aa  194  7e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  8.64988e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  58.55 
 
 
156 aa  194  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  67.16 
 
 
137 aa  194  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  60.25 
 
 
177 aa  194  8e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  60.25 
 
 
177 aa  194  8e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.18732e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  57.89 
 
 
156 aa  194  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  58.55 
 
 
156 aa  193  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  58.55 
 
 
156 aa  193  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  58.55 
 
 
156 aa  193  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  58.55 
 
 
156 aa  193  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  58.55 
 
 
156 aa  193  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  58.55 
 
 
156 aa  193  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2505  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 
177 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99075  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  61.35 
 
 
180 aa  193  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>