238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1125 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1125  type II secretion system protein  100 
 
 
322 aa  646    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0517135  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0301  type II secretion system protein  72.05 
 
 
322 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.83716  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2350  type II secretion system protein  69.57 
 
 
322 aa  465  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1904  putative Flp pilus assembly protein TadB  71.12 
 
 
322 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0239588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0553  type II secretion system protein  71.12 
 
 
322 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0993  type II secretion system protein  63.98 
 
 
322 aa  422  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146883  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2570  type II secretion system protein  37.38 
 
 
314 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1523  type II secretion system protein  35.14 
 
 
328 aa  183  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2762  type II secretion system protein  33.11 
 
 
333 aa  170  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1317  Flp pilus assembly protein TadB  38.12 
 
 
325 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3092  type II secretion system protein  38.12 
 
 
325 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2967  type II secretion system protein  38.12 
 
 
325 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.350744  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1529  type II secretion system protein  29.75 
 
 
330 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2275  Flp pilus assembly protein TadB  37.5 
 
 
325 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0654  TadB protein  34.06 
 
 
322 aa  150  4e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.179736 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1108  type II secretion system protein  33.23 
 
 
321 aa  150  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143075  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7194  Flp pilus assembly protein TadB  31.33 
 
 
325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666217  normal  0.429019 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4395  type II secretion system protein  29.52 
 
 
317 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.925008  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2737  type II secretion system protein  32.67 
 
 
321 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0800  type II secretion system protein  30.77 
 
 
322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2556  type II secretion system protein  31.23 
 
 
325 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.460971  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0587  type II secretion system protein  29.87 
 
 
325 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.292089  normal  0.415996 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6299  type II secretion system protein  31.77 
 
 
325 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4618  type II secretion system protein  37.3 
 
 
325 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.347884 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6365  type II secretion system protein  29.21 
 
 
325 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6777  type II secretion system protein  29.21 
 
 
325 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.270969  normal  0.612228 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2364  hypothetical protein  40.12 
 
 
321 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.288668  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6003  type II secretion system protein  31.1 
 
 
325 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5491  type II secretion system protein  29.21 
 
 
325 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0805  type II secretion system protein  35.45 
 
 
332 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2699  type II secretion system protein  31.83 
 
 
321 aa  132  6.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0794  TadB protein  30.13 
 
 
322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0640  type II secretion system protein  29.1 
 
 
325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.295246 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2353  type II secretion system protein  36.26 
 
 
323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1160  Type II secretion system F domain protein  46.38 
 
 
323 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2648  type II secretion system protein  35.36 
 
 
325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.846327  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3421  Type II secretion system F domain protein  39.67 
 
 
310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.735611  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0651  putative tight adherence TadB-related transmembrane protein  32.8 
 
 
325 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1832  type II secretion system protein  28.72 
 
 
316 aa  126  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1917  type II secretion system protein  29.23 
 
 
321 aa  125  8.000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258716  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1076  type II secretion system protein  28.86 
 
 
324 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195162  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1753  Flp pilus assembly protein TadB  45.52 
 
 
325 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5325  type II secretion system protein  32.8 
 
 
326 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.61312  hitchhiker  0.00813406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0544  type II secretion system protein  25.15 
 
 
325 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4865  type II secretion system protein  31.68 
 
 
324 aa  124  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1499  type II secretion system protein  35.83 
 
 
321 aa  123  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.698875  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002650  flp pilus assembly protein TadB  34.98 
 
 
322 aa  123  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2707  type II secretion system protein  30.73 
 
 
323 aa  122  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.608864  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3794  type II secretion system protein  28.79 
 
 
327 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927579  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2484  type II secretion system protein  30.73 
 
 
323 aa  122  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1126  type II secretion system protein  28.57 
 
 
310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0371029  normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3965  type II secretion system protein  32.24 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.264844 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2824  type II secretion system protein  30.53 
 
 
320 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3207  type II secretion system protein  34.59 
 
 
320 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.19811 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3010  type II secretion system protein  38.96 
 
 
321 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1054  type II secretion system protein  35.68 
 
 
320 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5121  type II secretion system protein  26.75 
 
 
332 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0725578 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4192  type II secretion system protein  29.93 
 
 
335 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2117  type II secretion system protein  27.24 
 
 
323 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.215511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3491  type II secretion system protein  43.26 
 
 
317 aa  115  8.999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0435404 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2912  type II secretion system protein  36.3 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3795  type II secretion system protein  35.39 
 
 
325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187172  normal  0.96616 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0603  type II secretion system protein  27.78 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4189  type II secretion system protein  31.66 
 
 
325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54214  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0297  type II secretion system protein  34.64 
 
 
324 aa  114  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2412  type II secretion system protein  31.22 
 
 
323 aa  114  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4480  type II secretion system protein  29.2 
 
 
335 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1780  type II secretion system protein  28.42 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.131583 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4445  type II secretion system protein  30.37 
 
 
309 aa  112  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00467148 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0387  type II secretion system protein  27.92 
 
 
324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.88705  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3211  type II secretion system protein  36.13 
 
 
332 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.515921 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2926  type II secretion system protein  31.38 
 
 
316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194464  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0727  type II secretion system protein  27.34 
 
 
337 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352668  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4204  type II secretion system protein  34.32 
 
 
324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7035  putative pilus assembly protein  34.02 
 
 
324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.611985 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3356  type II secretion system protein  31.22 
 
 
336 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2365  Flp pilus assembly protein TadB  27.76 
 
 
325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0315564  normal  0.0552567 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3717  type II secretion system protein  27.49 
 
 
324 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.20351  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3524  type II secretion system protein  32.97 
 
 
324 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0213  component of type IV pilus  28.26 
 
 
334 aa  108  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2017  type II secretion system protein  37.24 
 
 
319 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2831  type II secretion system protein  32.97 
 
 
322 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532359  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2380  type II secretion system protein  29.91 
 
 
322 aa  105  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.316858  normal  0.875213 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6877  type II secretion system protein  27.11 
 
 
282 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44202  normal  0.236488 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4614  type II secretion system protein  30.57 
 
 
329 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1851  type II secretion system protein  30.15 
 
 
660 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00122698  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2922  putative type II secretion system protein F  27.86 
 
 
282 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.840651  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4001  type II secretion system protein  26.18 
 
 
337 aa  103  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1275  type II secretion system protein  31.61 
 
 
327 aa  103  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2934  type II secretion system protein  34.39 
 
 
310 aa  102  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.898697  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1681  type II secretion system protein  31.09 
 
 
327 aa  102  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000554602 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2640  type II secretion system protein  30.81 
 
 
316 aa  101  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1042  Type II secretion system F domain protein  38.69 
 
 
313 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.205171  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2115  type II secretion system protein  32.24 
 
 
279 aa  100  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0423  type II secretion system protein  24.21 
 
 
327 aa  100  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2693  type II secretion system protein  33.14 
 
 
319 aa  99.8  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3425  type II secretion system protein  31.71 
 
 
325 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.263373  normal  0.657196 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3932  type II secretion system protein  31.71 
 
 
325 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0420764  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4156  type II secretion system protein  29.06 
 
 
323 aa  97.4  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  0.530435 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2649  type II secretion system protein  30.77 
 
 
310 aa  97.8  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>