268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0929 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  100 
 
 		 326 aa  655    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  36.73 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  37.12 
 
 		 327 aa  166  5e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  33.76 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  32.06 
 
 		 310 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  33.46 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  32.35 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  35.02 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  27.99 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  31.37 
 
 		 313 aa  122  9e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  28.83 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  29.28 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  29.75 
 
 		 318 aa  119  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  29.75 
 
 		 318 aa  119  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  30.22 
 
 		 310 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  30.31 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  30.22 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  30.22 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  30.22 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  30.22 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  30.43 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  30.43 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  30.43 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  30.3 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  30.37 
 
 		 319 aa  116  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  31.89 
 
 		 311 aa  116  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  32 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  29.38 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  35.24 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  29.6 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  30.03 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  30 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  35.5 
 
 		 315 aa  112  8.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  30.46 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  31.56 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  29.72 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  30 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  28.18 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  31.17 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  29.72 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  29.72 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  29.72 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  29.72 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  29.91 
 
 		 315 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  28.66 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  29.01 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  29.01 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  29.01 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  29.01 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  30.63 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  29.01 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  29.01 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  29.01 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  31.3 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  30.7 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  29.32 
 
 		 316 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2449  hypothetical protein  29.41 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2271  UspA domain-containing protein  33.46 
 
 		 313 aa  102  7e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  28.84 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  28.62 
 
 		 314 aa  99.4  8e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  30.42 
 
 		 254 aa  96.3  7e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  29.39 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2306  hypothetical protein  31.2 
 
 		 312 aa  95.1  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  30.22 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0566  hypothetical protein  27.36 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  28.16 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  27.15 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  31.06 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  29.91 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  30.73 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  30 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3171  UspA domain-containing protein  27.6 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  29.96 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  26.82 
 
 		 271 aa  78.2  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  27.43 
 
 		 287 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  25.62 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  26.09 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  30.73 
 
 		 287 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  26.11 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  28.74 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  26.99 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  25.78 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2770  UspA domain protein  29.28 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0325172  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  26.51 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2648  universal stress protein  27.6 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  26.82 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  26.99 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  27.59 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  25.16 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3831  UspA domain protein  24.53 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0656239  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3029  UspA domain-containing protein  26.95 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  23.75 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  24.24 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2155  UspA domain-containing protein  27.27 
 
 		 291 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  27.85 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  26.6 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  25.84 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  28.4 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  25.34 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3347  hypothetical protein  26.54 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>