More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0916 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  100 
 
 		 396 aa  759    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.74 
 
 		 377 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  29.82 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  31.3 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  27.56 
 
 		 407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  30.56 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 		 379 aa  107  4e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 		 376 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 362 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 		 387 aa  104  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  25.88 
 
 		 393 aa  103  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 349 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 		 349 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.61 
 
 		 405 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4376  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 370 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.349604 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 349 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6350  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.6 
 
 		 447 aa  100  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.522952 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  32.39 
 
 		 391 aa  97.4  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.99 
 
 		 358 aa  97.4  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.32 
 
 		 363 aa  96.7  6e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  29.2 
 
 		 358 aa  96.3  8e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 		 392 aa  95.9  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.5 
 
 		 377 aa  95.1  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.38 
 
 		 353 aa  94.4  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 366 aa  94.4  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 431 aa  93.6  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  23.41 
 
 		 348 aa  93.6  6e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 		 365 aa  93.2  7e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  26.32 
 
 		 366 aa  93.2  8e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 387 aa  92.8  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.69 
 
 		 375 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.9 
 
 		 373 aa  92.4  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3429  secretion protein HlyD  29.2 
 
 		 362 aa  92.4  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 349 aa  92  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 		 374 aa  91.3  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  31.38 
 
 		 396 aa  90.5  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.45 
 
 		 393 aa  90.9  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  28.14 
 
 		 376 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  26.02 
 
 		 360 aa  89.7  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  29.06 
 
 		 356 aa  89.4  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 		 371 aa  89  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  25.59 
 
 		 368 aa  89.4  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  26.46 
 
 		 370 aa  89.4  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.31 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 392 aa  89  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.31 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.07 
 
 		 388 aa  89  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.63 
 
 		 370 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 381 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.96 
 
 		 350 aa  88.2  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  29.3 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  25.32 
 
 		 451 aa  88.2  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0900  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.19 
 
 		 384 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000108273  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  24.62 
 
 		 369 aa  88.6  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1569  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 415 aa  88.2  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 361 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 		 365 aa  87.8  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  27.7 
 
 		 353 aa  87.4  4e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  28.92 
 
 		 373 aa  87.4  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.07 
 
 		 397 aa  87.4  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 		 410 aa  87  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 372 aa  86.7  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  22.05 
 
 		 377 aa  86.3  8e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.97 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 405 aa  85.9  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  26.96 
 
 		 413 aa  85.5  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1474  RND family efflux transporter MFP subunit  32.29 
 
 		 354 aa  85.9  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0567853  normal  0.0481881 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  25.66 
 
 		 417 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2817  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexC  31.1 
 
 		 378 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182401  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  24.62 
 
 		 381 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  29.49 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.89 
 
 		 356 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 		 379 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  28.13 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  26 
 
 		 431 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 388 aa  84.3  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  24.07 
 
 		 350 aa  84  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 		 387 aa  84  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1074  RND family efflux transporter MFP subunit  26.62 
 
 		 405 aa  84.3  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151684  normal  0.62301 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 		 374 aa  83.6  0.000000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  28.3 
 
 		 435 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.89 
 
 		 356 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  32.68 
 
 		 359 aa  83.2  0.000000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  31.83 
 
 		 385 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 		 386 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.2 
 
 		 371 aa  82.8  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  27.91 
 
 		 385 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.05 
 
 		 407 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 408 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2937  secretion protein HlyD  29.46 
 
 		 418 aa  82  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.68 
 
 		 516 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  29.09 
 
 		 382 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  28.19 
 
 		 417 aa  82.4  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.61 
 
 		 365 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 394 aa  82  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  22.59 
 
 		 351 aa  81.6  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>