More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0887 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0887  serine--glyoxylate transaminase  100 
 
 		 396 aa  817    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.894708 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1388  serine-glyoxylate aminotransferase  71.24 
 
 		 391 aa  591  1e-168  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0981  aminotransferase, class V  70.98 
 
 		 391 aa  590  1e-167  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3921  Serine--glyoxylate transaminase  62.86 
 
 		 396 aa  518  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3308  serine-glyoxylate aminotransferase  62.09 
 
 		 398 aa  514  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.662608  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2602  serine-glyoxylate aminotransferase  62.63 
 
 		 396 aa  510  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0190637  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2699  serine-glyoxylate aminotransferase  62.34 
 
 		 396 aa  494  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.734695  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6210  Serine--glyoxylate transaminase  61.72 
 
 		 396 aa  485  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.164021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1714  aminotransferase class V  54.87 
 
 		 396 aa  450  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3261  serine-glyoxylate aminotransferase  52.97 
 
 		 415 aa  430  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.491157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7112  aminotransferase class V  55.47 
 
 		 417 aa  426  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6552  Serine--glyoxylate transaminase  54.69 
 
 		 417 aa  418  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.323999 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1795  Serine--glyoxylate transaminase  50.63 
 
 		 402 aa  413  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.307754 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2131  aminotransferase class V  50.63 
 
 		 402 aa  413  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1747  aminotransferase class V  51.42 
 
 		 402 aa  414  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.223279 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1406  serine--glyoxylate aminotransferase  52.58 
 
 		 395 aa  409  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600675  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3670  aminotransferase class V  51.16 
 
 		 402 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.569732 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5929  Serine--glyoxylate transaminase  51.28 
 
 		 421 aa  403  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293616  normal  0.115656 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2489  putative serine--glyoxylate aminotransferase  52.14 
 
 		 400 aa  393  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5140  aminotransferase, class V  46.68 
 
 		 406 aa  364  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2753  aminotransferase, class V  48.22 
 
 		 406 aa  363  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6959  Serine--glyoxylate transaminase  46.68 
 
 		 406 aa  362  9e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4253  Serine--glyoxylate transaminase  45.92 
 
 		 406 aa  359  4e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.340668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0602  Serine--glyoxylate transaminase  44.13 
 
 		 394 aa  358  9.999999999999999e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3001  Serine--glyoxylate transaminase  47.89 
 
 		 406 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2413  aminotransferase, class V  44.13 
 
 		 415 aa  355  6.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0849168 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2906  aminotransferase class V  48.44 
 
 		 414 aa  355  7.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3022  aminotransferase, class V  47.07 
 
 		 406 aa  353  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.376021 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2804  Serine--glyoxylate transaminase  44.59 
 
 		 399 aa  352  5.9999999999999994e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.19938  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0923  aminotransferase, class V  46.98 
 
 		 401 aa  347  2e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000440044  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5729  Serine-glyoxylate aminotransferase  47.47 
 
 		 401 aa  345  8.999999999999999e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0548  Serine--glyoxylate transaminase  45.71 
 
 		 403 aa  343  2e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3052  Serine--glyoxylate transaminase  45.48 
 
 		 413 aa  342  5.999999999999999e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160259 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3325  serine--glyoxylate aminotransferase  45.45 
 
 		 422 aa  340  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5630  Serine-glyoxylate aminotransferase (SGAT)  45.88 
 
 		 401 aa  341  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1162  aminotransferase, class V  45.84 
 
 		 398 aa  332  5e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000700049  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4717  Serine--glyoxylate transaminase  44.21 
 
 		 391 aa  330  3e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393654 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3524  Serine--glyoxylate transaminase  44.68 
 
 		 398 aa  328  1.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.119567  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5728  serine-glyoxylate aminotransferase  42.53 
 
 		 395 aa  325  6e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.474874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4200  aminotransferase class V  43.68 
 
 		 391 aa  322  6e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.357141 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4570  Serine--glyoxylate transaminase  43.42 
 
 		 391 aa  322  8e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0189325 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3400  Serine--glyoxylate transaminase  42.89 
 
 		 402 aa  319  6e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3418  Serine--glyoxylate transaminase  45.12 
 
 		 400 aa  315  8e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2767  aminotransferase class V  44.62 
 
 		 397 aa  298  8e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3486  Serine--glyoxylate transaminase  43.83 
 
 		 397 aa  298  9e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.415302  normal  0.243284 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0019  Serine--glyoxylate transaminase  39.47 
 
 		 388 aa  284  2.0000000000000002e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000322298  hitchhiker  0.00000185369 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1369  Serine--glyoxylate transaminase  40.63 
 
 		 397 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4911  aminotransferase class V  43.8 
 
 		 397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4373  Serine--glyoxylate transaminase  42.78 
 
 		 397 aa  272  6e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0008  serine--glyoxylate transaminase  39.06 
 
 		 383 aa  271  2e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0160251  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2630  aminotransferase class V  38.38 
 
 		 382 aa  266  4e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3486  aminotransferase class V  38.38 
 
 		 382 aa  266  4e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4629  Serine--glyoxylate transaminase  39.89 
 
 		 395 aa  258  9e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4341  aminotransferase class V  39.44 
 
 		 382 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.182025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0780  Serine--glyoxylate transaminase  37.99 
 
 		 395 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1383  aminotransferase, class V  35.36 
 
 		 384 aa  253  5.000000000000001e-66  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000831703  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1188  aminotransferase class V  36.46 
 
 		 383 aa  251  2e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.26379  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0857  aminotransferase class V  37.47 
 
 		 395 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00351  soluble hydrogenase small subunit  34.11 
 
 		 385 aa  248  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3167  Serine--glyoxylate transaminase  37.08 
 
 		 385 aa  246  4.9999999999999997e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1429  aminotransferase class V  34.11 
 
 		 384 aa  244  3e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.126435  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0945  Serine--pyruvate transaminase  37.13 
 
 		 386 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0754728  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3803  aminotransferase class V  34.99 
 
 		 384 aa  243  6e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0013  aminotransferase, class V  36.72 
 
 		 385 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141675  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0544  putative aminotransferase, class V  36.84 
 
 		 395 aa  242  9e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155819  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0103  class V aminotransferase  34.83 
 
 		 382 aa  242  1e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0111  aminotransferase, class V  33.77 
 
 		 380 aa  239  5e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0836  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  35.1 
 
 		 400 aa  237  3e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.259424  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0040  aminotransferase class V  33.33 
 
 		 385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0119169  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1351  aminotransferase class V  35.91 
 
 		 363 aa  233  6e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2693  aminotransferase class V  35.01 
 
 		 381 aa  232  8.000000000000001e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00390195  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2460  Serine--glyoxylate transaminase  33.86 
 
 		 379 aa  232  8.000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00331  soluble hydrogenase small subunit  32.81 
 
 		 384 aa  232  9e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.417582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2126  aminotransferase class V  35.17 
 
 		 386 aa  232  1e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000896436  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0011  aminotransferase, class V  36.32 
 
 		 384 aa  231  2e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000196245  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1361  soluble hydrogenase small subunit  32.55 
 
 		 384 aa  230  4e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0217  Serine--glyoxylate transaminase  33.51 
 
 		 379 aa  229  5e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0104  aminotransferase class V  32.2 
 
 		 380 aa  228  1e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0191  Serine--glyoxylate transaminase  34.69 
 
 		 382 aa  227  2e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.746637 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11530  L-aspartate aminotransferase;phosphoserine aminotransferase  34.38 
 
 		 384 aa  227  3e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000426602  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0575  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  35.39 
 
 		 362 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0257  response regulator receiver protein  33.25 
 
 		 382 aa  224  1e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00341  soluble hydrogenase small subunit  33.24 
 
 		 387 aa  225  1e-57  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4689  aminotransferase, class V  36.01 
 
 		 393 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0600  soluble hydrogenase, tritium exchange subunit  34.83 
 
 		 362 aa  224  2e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00706485  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_540  aminotransferase, class V  35.11 
 
 		 362 aa  224  3e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0499245  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0009  aminotransferase class V  36.98 
 
 		 383 aa  224  3e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00341  soluble hydrogenase small subunit  32.97 
 
 		 387 aa  223  4e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2307  alanine--glyoxylate transaminase  33.7 
 
 		 360 aa  223  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2300  Serine--glyoxylate transaminase  32.64 
 
 		 379 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000212673  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1504  aminotransferase class V  32.63 
 
 		 379 aa  223  6e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00341  soluble hydrogenase small subunit  32.87 
 
 		 387 aa  221  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00431  soluble hydrogenase small subunit  34.63 
 
 		 382 aa  220  3e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0040  soluble hydrogenase small subunit  35.17 
 
 		 397 aa  217  2e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0035  soluble hydrogenase small subunit  32.13 
 
 		 387 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0044  soluble hydrogenase small subunit  34.78 
 
 		 382 aa  216  4e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0106  aminotransferase, class V  33.25 
 
 		 379 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0155  Serine--glyoxylate transaminase  31.84 
 
 		 380 aa  210  4e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.686638 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2405  aminotransferase class V  31.37 
 
 		 395 aa  207  3e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.134118 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1983  aminotransferase, class V  36.27 
 
 		 404 aa  207  4e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.441158  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>