114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0716 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  77.61 
 
 
461 aa  703    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  72.44 
 
 
469 aa  688    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  74.78 
 
 
491 aa  703    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  77.61 
 
 
461 aa  703    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  77.17 
 
 
461 aa  701    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  100 
 
 
464 aa  944    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  64.87 
 
 
464 aa  587  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  54.58 
 
 
472 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  53.8 
 
 
472 aa  506  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  53.59 
 
 
470 aa  507  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  53.8 
 
 
470 aa  504  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  49.79 
 
 
474 aa  435  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  47.67 
 
 
477 aa  435  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  47.65 
 
 
466 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  45.8 
 
 
477 aa  423  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  46.41 
 
 
474 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  43.74 
 
 
471 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  43.47 
 
 
506 aa  384  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  45.84 
 
 
473 aa  382  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  45.86 
 
 
495 aa  375  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 
490 aa  373  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  45.13 
 
 
470 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  43.88 
 
 
474 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  44.18 
 
 
474 aa  370  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  45.05 
 
 
524 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  43.89 
 
 
490 aa  367  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  43.89 
 
 
490 aa  368  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  41.15 
 
 
475 aa  356  5e-97  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  42.18 
 
 
484 aa  343  4e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  40.85 
 
 
474 aa  342  7e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  42.83 
 
 
471 aa  342  9e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 
475 aa  342  1e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  40.3 
 
 
475 aa  342  1e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  40.3 
 
 
475 aa  342  1e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  41.24 
 
 
475 aa  341  2e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  41.3 
 
 
481 aa  340  2.9999999999999998e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  39.79 
 
 
466 aa  338  9.999999999999999e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  40.86 
 
 
477 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  40.65 
 
 
477 aa  332  8e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  40.65 
 
 
477 aa  332  9e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  38.31 
 
 
480 aa  332  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  38.31 
 
 
480 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  39.54 
 
 
482 aa  329  7e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
481 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  38.53 
 
 
483 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  38.72 
 
 
483 aa  327  3e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  38.35 
 
 
483 aa  326  4.0000000000000003e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  39.11 
 
 
475 aa  325  9e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  39.23 
 
 
486 aa  324  2e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  37.42 
 
 
480 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  41.38 
 
 
461 aa  323  4e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  40.47 
 
 
488 aa  323  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  40 
 
 
474 aa  321  1.9999999999999998e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  39.96 
 
 
476 aa  320  3e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  40.88 
 
 
477 aa  319  6e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  37.85 
 
 
482 aa  317  4e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  41.3 
 
 
469 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  37.23 
 
 
468 aa  301  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  41.29 
 
 
461 aa  297  2e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  36.89 
 
 
467 aa  286  5e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
476 aa  280  4e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.83 
 
 
475 aa  276  6e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 
479 aa  276  7e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  35.13 
 
 
464 aa  272  8.000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  38.19 
 
 
455 aa  263  6e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  36.88 
 
 
470 aa  259  6e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  36.23 
 
 
469 aa  253  6e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  33.76 
 
 
470 aa  250  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  33.76 
 
 
470 aa  250  3e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  35.27 
 
 
472 aa  249  6e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 
474 aa  248  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  33.33 
 
 
483 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 
463 aa  239  5e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  35.17 
 
 
469 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  34.05 
 
 
491 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  34.96 
 
 
469 aa  232  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  33.19 
 
 
462 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  50 
 
 
149 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  28.95 
 
 
431 aa  124  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  26.58 
 
 
443 aa  99.8  9e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  26.87 
 
 
428 aa  93.2  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  26.91 
 
 
428 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  26.91 
 
 
428 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  26.7 
 
 
503 aa  74.3  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  25.82 
 
 
428 aa  71.6  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  27.31 
 
 
490 aa  70.9  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  21.63 
 
 
491 aa  68.9  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  25.38 
 
 
478 aa  67  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  23.87 
 
 
493 aa  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  23.16 
 
 
481 aa  63.9  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  24.27 
 
 
440 aa  63.5  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  26.59 
 
 
488 aa  62  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  23.77 
 
 
490 aa  60.5  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  25.84 
 
 
489 aa  58.9  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  29.94 
 
 
504 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  23.41 
 
 
488 aa  56.6  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  22.22 
 
 
500 aa  53.1  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  24.83 
 
 
505 aa  52.4  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  24.2 
 
 
504 aa  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  27.62 
 
 
513 aa  51.6  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.948286 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>