58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0668 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0668  nitrogen fixation protein fixS  100 
 
 
52 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0541  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  65.38 
 
 
52 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2344  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  61.54 
 
 
52 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.005747  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0689  RdxS, cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  61.54 
 
 
52 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.122568  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2537  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  72.55 
 
 
52 aa  77  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.544754  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3850  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  58.82 
 
 
51 aa  70.1  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2394  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  56 
 
 
49 aa  57.8  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1841  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  62.75 
 
 
52 aa  57  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.752345  normal  0.421653 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3323  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  61.9 
 
 
71 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0243934  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4955  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  58 
 
 
52 aa  55.1  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000981596  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5023  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  50 
 
 
52 aa  53.9  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.156447  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5928  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  54.55 
 
 
68 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.657419 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1156  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  48 
 
 
74 aa  52.4  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.206736  normal  0.0826721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1953  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.23 
 
 
82 aa  52  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5919  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  45.83 
 
 
87 aa  50.8  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.662161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7464  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  48.89 
 
 
45 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182842  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6714  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  48.89 
 
 
45 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1525  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  52.38 
 
 
55 aa  49.3  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0008  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  46.67 
 
 
59 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1963  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.23 
 
 
65 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00735712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2012  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.23 
 
 
66 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000291515 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2113  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.23 
 
 
66 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.110001  normal  0.234091 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0462  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  53.33 
 
 
52 aa  48.5  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2571  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  46.67 
 
 
49 aa  47.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.831521  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4493  hypothetical protein  44 
 
 
71 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2207  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44 
 
 
71 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.13713  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2220  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44 
 
 
71 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000072597  normal  0.220817 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2164  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44 
 
 
71 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.123278  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2214  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44 
 
 
71 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.365447  normal  0.244718 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0737  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  56.76 
 
 
55 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.95036  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2358  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44 
 
 
67 aa  45.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2444  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  48 
 
 
54 aa  45.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.116458  normal  0.535844 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1795  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  60 
 
 
49 aa  44.3  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1052  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  38.78 
 
 
71 aa  44.3  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1845  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.23 
 
 
89 aa  44.3  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.224574  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2256  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44 
 
 
56 aa  44.7  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0217106  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02297  hypothetical protein  42.31 
 
 
54 aa  44.7  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2415  secretion protein HlyD  42 
 
 
68 aa  43.9  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2419  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  40.38 
 
 
64 aa  43.9  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00562529  hitchhiker  0.0000013889 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2217  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44 
 
 
61 aa  43.9  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003473  type cbb3 cytochrome oxidase biogenesis protein CcoS involved in heme b insertion  44.68 
 
 
54 aa  43.5  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.314107  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1791  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  43.75 
 
 
78 aa  43.5  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2611  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.23 
 
 
68 aa  42.7  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38073  normal  0.51835 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1364  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  50.98 
 
 
59 aa  42.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.540828 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1995  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  45.1 
 
 
67 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.407314  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1178  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  47.06 
 
 
67 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1606  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  42.86 
 
 
71 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0765964  normal  0.010544 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0933  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  42.22 
 
 
70 aa  42  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.177633  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1569  cytochrome oxidase maturation protein (cbb3-t)  46.67 
 
 
56 aa  42  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.246942  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2993  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  40.43 
 
 
69 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4262  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  42.86 
 
 
71 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336957  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2016  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.44 
 
 
104 aa  41.6  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2220  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  38.46 
 
 
69 aa  41.2  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.482957  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0452  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  50 
 
 
58 aa  40.8  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0935391  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1137  hypothetical protein  46.15 
 
 
55 aa  40.8  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0106882  normal  0.952365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1815  cytochrome oxidase maturation protein cbb3-type  42.31 
 
 
70 aa  40.4  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1047  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  37.25 
 
 
54 aa  40  0.009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.372201  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1340  cytochrome oxidase maturation protein, cbb3-type  44.44 
 
 
66 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.131657  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>