161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0654 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  100 
 
 		 174 aa  358  2e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  64.53 
 
 		 170 aa  209  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  51.41 
 
 		 175 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  51.69 
 
 		 174 aa  160  6e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  51.69 
 
 		 174 aa  160  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2553  cytochrome c, class I  46.51 
 
 		 166 aa  153  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0215476 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  48.59 
 
 		 176 aa  149  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  36.63 
 
 		 184 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  38.86 
 
 		 182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  40.94 
 
 		 212 aa  106  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  47.41 
 
 		 236 aa  106  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  49.53 
 
 		 296 aa  105  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  37.36 
 
 		 286 aa  105  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  37.36 
 
 		 220 aa  103  9e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  38.95 
 
 		 307 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  38.24 
 
 		 179 aa  103  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  39.53 
 
 		 305 aa  101  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  44.95 
 
 		 185 aa  100  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  39.53 
 
 		 305 aa  100  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  37.79 
 
 		 323 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  48.31 
 
 		 199 aa  98.6  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  34.1 
 
 		 179 aa  98.2  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  34.52 
 
 		 188 aa  97.4  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  32.04 
 
 		 185 aa  97.4  9e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  45 
 
 		 133 aa  95.9  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  40.52 
 
 		 166 aa  95.5  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 209 aa  94.4  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  33.72 
 
 		 186 aa  94  9e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  30.23 
 
 		 173 aa  92.8  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  32.57 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  48 
 
 		 382 aa  93.2  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  31.98 
 
 		 183 aa  91.7  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  37.13 
 
 		 187 aa  92  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  34.1 
 
 		 180 aa  91.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  39.71 
 
 		 474 aa  90.9  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3289  cytochrome c class I  44.86 
 
 		 169 aa  89  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  40.17 
 
 		 147 aa  88.6  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  41.28 
 
 		 263 aa  88.2  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  43.75 
 
 		 136 aa  87.8  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  40 
 
 		 132 aa  87.8  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  45.79 
 
 		 184 aa  87.4  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  41.58 
 
 		 148 aa  87.4  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  41.58 
 
 		 148 aa  87.4  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  32.18 
 
 		 202 aa  87  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  42.73 
 
 		 121 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  29.41 
 
 		 185 aa  87.4  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  42.73 
 
 		 121 aa  87  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  42.16 
 
 		 144 aa  86.3  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0377  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 184 aa  86.3  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  42.16 
 
 		 144 aa  86.3  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  43 
 
 		 127 aa  86.3  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  39.6 
 
 		 132 aa  86.3  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2631  cytochrome c class I  36.09 
 
 		 181 aa  85.5  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.292913 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  34.15 
 
 		 192 aa  85.5  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0473  cytochrome c  30.82 
 
 		 179 aa  85.1  5e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.591637  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  44.33 
 
 		 132 aa  85.1  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  44.32 
 
 		 110 aa  84.7  5e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3169  cytochrome c2  41.75 
 
 		 126 aa  84.7  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  41 
 
 		 123 aa  84.3  8e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  43.43 
 
 		 118 aa  84  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3552  cytochrome c, class I  40.38 
 
 		 128 aa  84  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  37.86 
 
 		 111 aa  84  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  40.62 
 
 		 124 aa  83.6  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  32.78 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  41 
 
 		 122 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  45.26 
 
 		 118 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2440  WD-40 repeat-containing protein  40.8 
 
 		 433 aa  82  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00410064  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3536  cytochrome c, class I  31.4 
 
 		 183 aa  81.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  40.2 
 
 		 235 aa  81.6  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  37.61 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  37.61 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  43.75 
 
 		 124 aa  80.1  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  40.2 
 
 		 125 aa  80.5  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  42.55 
 
 		 120 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  42.55 
 
 		 120 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  42.55 
 
 		 120 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  41.41 
 
 		 143 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  37.31 
 
 		 342 aa  79  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  36.7 
 
 		 127 aa  78.6  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0803  cytochrome c family protein  36.94 
 
 		 158 aa  77.8  0.00000000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  40 
 
 		 224 aa  77.4  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  38.6 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  36.08 
 
 		 124 aa  77  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0414  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 126 aa  77  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.299698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  37.74 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0475  cytochrome c class I  38.21 
 
 		 133 aa  77  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  40.78 
 
 		 120 aa  77.4  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  37.89 
 
 		 129 aa  76.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  36.27 
 
 		 130 aa  76.3  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  38.83 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  35.65 
 
 		 119 aa  75.5  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7056  cytochrome c  29.82 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3100  cytochrome c class I  43.01 
 
 		 429 aa  75.1  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00535618  normal  0.0108899 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  36.04 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  38.83 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  42.39 
 
 		 236 aa  75.1  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5293  cytochrome c class I  43.01 
 
 		 426 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.325519  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  37.89 
 
 		 104 aa  74.7  0.0000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  40.43 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  35.14 
 
 		 133 aa  73.9  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>