More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0555 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  100 
 
 		 544 aa  1101    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  57.66 
 
 		 543 aa  610  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  57.28 
 
 		 547 aa  597  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  58.43 
 
 		 538 aa  596  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  58.3 
 
 		 544 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  58.3 
 
 		 544 aa  585  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  58.05 
 
 		 534 aa  582  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  56.9 
 
 		 545 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  58 
 
 		 534 aa  581  1e-164  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  56.42 
 
 		 544 aa  576  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2156  FGGY-family pentulose kinase  56.42 
 
 		 540 aa  532  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0920  putative sugar kinase (ribulo-/ribitol kinase)  51.96 
 
 		 549 aa  530  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.641944 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  45.25 
 
 		 545 aa  488  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  45.29 
 
 		 545 aa  488  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  45.47 
 
 		 545 aa  490  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  45.47 
 
 		 545 aa  490  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  48.24 
 
 		 547 aa  448  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  44.69 
 
 		 543 aa  432  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  41.45 
 
 		 527 aa  389  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  41.35 
 
 		 526 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  39.74 
 
 		 525 aa  372  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3444  FGGY-family pentulose kinase  41.08 
 
 		 527 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  40.49 
 
 		 529 aa  369  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  40.52 
 
 		 528 aa  366  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  39.44 
 
 		 526 aa  359  6e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  39.44 
 
 		 542 aa  359  7e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  40.79 
 
 		 528 aa  359  8e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  38.98 
 
 		 523 aa  348  1e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01568  conserved hypothetical protein  37.17 
 
 		 603 aa  332  1e-89  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.677654  normal  0.0579254 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00680  conserved hypothetical protein  35.22 
 
 		 621 aa  310  5e-83  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86603  possible ribitol kinase or glycerol kinase  37.47 
 
 		 758 aa  303  6.000000000000001e-81  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_06985  FGGY-family carbohydrate kinase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G04680)  36.86 
 
 		 541 aa  286  5e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4175  carbohydrate kinase, FGGY  35.53 
 
 		 480 aa  228  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.929603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  31.54 
 
 		 502 aa  215  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  27.78 
 
 		 497 aa  188  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  31.03 
 
 		 524 aa  185  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  28.65 
 
 		 556 aa  170  5e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  31.05 
 
 		 585 aa  170  6e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  30.69 
 
 		 577 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  27.95 
 
 		 501 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  32.3 
 
 		 598 aa  164  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  29.62 
 
 		 562 aa  163  7e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  31.81 
 
 		 564 aa  162  1e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1006  carbohydrate kinase FGGY  25.65 
 
 		 503 aa  161  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00908398  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2025  xylulokinase  27.08 
 
 		 509 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  30.4 
 
 		 554 aa  155  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  26.69 
 
 		 564 aa  152  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  28.74 
 
 		 482 aa  150  4e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  30.8 
 
 		 556 aa  148  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0894  glycerol kinase  26.12 
 
 		 538 aa  145  2e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2781  gluconate kinase  26.39 
 
 		 530 aa  144  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  26.73 
 
 		 570 aa  143  9e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1911  xylulokinase  24.86 
 
 		 509 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.048525  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1483  gluconate kinase  26.14 
 
 		 514 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  24.09 
 
 		 546 aa  137  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  24.09 
 
 		 546 aa  137  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  26 
 
 		 564 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  28.13 
 
 		 438 aa  137  7.000000000000001e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  25.32 
 
 		 536 aa  133  7.999999999999999e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  30.34 
 
 		 572 aa  130  8.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2179  xylulokinase  27.94 
 
 		 512 aa  128  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  29.14 
 
 		 579 aa  128  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  26.81 
 
 		 529 aa  128  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  29.68 
 
 		 567 aa  128  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0920  xylulokinase  25.1 
 
 		 518 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1084  carbohydrate kinase, FGGY  23.05 
 
 		 506 aa  126  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4064  carbohydrate kinase FGGY  26.13 
 
 		 548 aa  125  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.560605 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3407  gluconate kinase  24.41 
 
 		 513 aa  125  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.170414  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  30.56 
 
 		 554 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  30.95 
 
 		 551 aa  124  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6143  gluconate kinase  27.27 
 
 		 519 aa  124  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.175001  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19510  xylulokinase  23.13 
 
 		 501 aa  124  6e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1997  carbohydrate kinase FGGY  23.64 
 
 		 505 aa  123  9e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  27.92 
 
 		 562 aa  123  9e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3177  gluconate kinase  24.21 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.946906  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3161  gluconate kinase (2-dehydro-3-deoxygluconokinase)  24.21 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1609  xylulokinase  23.62 
 
 		 506 aa  122  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3428  gluconate kinase  24.21 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.708623  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3102  gluconate kinase  24.44 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3409  gluconate kinase  24.41 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3078  gluconate kinase (2-dehydro-3-deoxygluconokinase)  24.21 
 
 		 513 aa  121  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1847  gluconate kinase  25.05 
 
 		 512 aa  121  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3397  gluconate kinase  24.21 
 
 		 513 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0567  xylulokinase  22.24 
 
 		 502 aa  120  7.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.433437  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3384  gluconate kinase  24.21 
 
 		 513 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2196  carbohydrate kinase FGGY  26.79 
 
 		 510 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2058  gluconokinase  24.67 
 
 		 513 aa  118  3e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0861  carbohydrate kinase, FGGY  26.02 
 
 		 509 aa  117  3.9999999999999997e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000108808  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0441  carbohydrate kinase FGGY  21.74 
 
 		 505 aa  117  5e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0402  xylulokinase  26.56 
 
 		 498 aa  116  8.999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00337825  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3431  xylulokinase  23.83 
 
 		 509 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1564  glycerol kinase  25.95 
 
 		 494 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3345  glycerol kinase  25.65 
 
 		 495 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0340  Xylulokinase  26.71 
 
 		 508 aa  114  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.769341  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3323  carbohydrate kinase FGGY  23.84 
 
 		 519 aa  114  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000061423  normal  0.0110516 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1249  carbohydrate kinase, FGGY  25 
 
 		 459 aa  114  5e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2431  carbohydrate kinase  28.54 
 
 		 514 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2886  xylulokinase  25.63 
 
 		 504 aa  113  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.13014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  30.15 
 
 		 517 aa  113  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4804  carbohydrate kinase FGGY  24.18 
 
 		 486 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0809378  normal  0.0240502 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>