90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0466 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0466  domain of unknown function DUF1745  100 
 
 
385 aa  789    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3953  hypothetical protein  54.03 
 
 
389 aa  393  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1250  hypothetical protein  41.72 
 
 
386 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.7579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2592  hypothetical protein  41.72 
 
 
386 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.71341  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1931  hypothetical protein  41.03 
 
 
385 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.429127  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2247  hypothetical protein  33.6 
 
 
382 aa  238  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.316904 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2724  domain of unknown function DUF1745  36.61 
 
 
374 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43445  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2353  hypothetical protein  36.03 
 
 
393 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.18015  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1939  hypothetical protein  36.87 
 
 
384 aa  230  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1883  hypothetical protein  33.06 
 
 
382 aa  227  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3140  hypothetical protein  34.77 
 
 
387 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3518  hypothetical protein  36.1 
 
 
400 aa  228  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.49503  normal  0.689004 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2663  hypothetical protein  35.04 
 
 
387 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1872  hypothetical protein  32.79 
 
 
381 aa  226  8e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1139  hypothetical protein  37.87 
 
 
392 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2171  hypothetical protein  34.77 
 
 
387 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1527  hypothetical protein  37.1 
 
 
390 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.039182 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0732  hypothetical protein  36.71 
 
 
386 aa  223  4e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2881  hypothetical protein  37.1 
 
 
390 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0700  hypothetical protein  35.37 
 
 
380 aa  222  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal  0.0832434 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1661  hypothetical protein  35.24 
 
 
384 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0600  hypothetical protein  35.24 
 
 
392 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2313  GfdT protein  35.24 
 
 
392 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1717  hypothetical protein  35.24 
 
 
392 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1924  hypothetical protein  35.24 
 
 
392 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2230  hypothetical protein  35.24 
 
 
392 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2675  hypothetical protein  35.78 
 
 
399 aa  220  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0296571  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0710  hypothetical protein  35.24 
 
 
384 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.251408  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3320  hypothetical protein  35.75 
 
 
387 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6102  domain of unknown function DUF1745  33.51 
 
 
386 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3617  hypothetical protein  33.6 
 
 
378 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0308687  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2940  hypothetical protein  35.87 
 
 
402 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00513133 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4193  domain of unknown function DUF1745  34.86 
 
 
386 aa  212  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38990  hypothetical protein  35.36 
 
 
387 aa  210  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.880326  normal  0.566256 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2538  hypothetical protein  30.6 
 
 
382 aa  206  5e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1816  protein of unknown function DUF1745  33.43 
 
 
389 aa  204  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3668  hypothetical protein  35.65 
 
 
385 aa  202  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432885  hitchhiker  0.00253652 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1925  hypothetical protein  31.77 
 
 
398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.795435 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2201  domain of unknown function DUF1745  31.77 
 
 
398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290365  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4519  domain of unknown function DUF1745  32.74 
 
 
387 aa  199  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.317884  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4045  hypothetical protein  33.77 
 
 
378 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2339  domain of unknown function DUF1745  30.61 
 
 
383 aa  197  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.25177 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2479  hypothetical protein  32.15 
 
 
379 aa  196  7e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.492023 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3141  hypothetical protein  27.65 
 
 
460 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3344  hypothetical protein  29.33 
 
 
464 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2474  hypothetical protein  28.5 
 
 
447 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3551  hypothetical protein  28.23 
 
 
371 aa  133  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2993  hypothetical protein  28.79 
 
 
368 aa  126  7e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2864  domain of unknown function DUF1745  24.38 
 
 
396 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.965957  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2083  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.07 
 
 
647 aa  73.2  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0223967  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1241  hypothetical protein  24.8 
 
 
381 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1352  domain of unknown function DUF1745  24.16 
 
 
396 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3322200000000001e-19 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0696  transcriptional regulator, TrmB  23.87 
 
 
512 aa  68.2  0.0000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0690  hypothetical protein  28.51 
 
 
376 aa  68.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000847515 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2590  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.81 
 
 
675 aa  66.2  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182127  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0690  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 
1186 aa  65.1  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3322  domain of unknown function DUF1745  26.42 
 
 
373 aa  63.2  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2918  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25 
 
 
669 aa  61.6  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2665  domain of unknown function DUF1745  29.47 
 
 
427 aa  60.8  0.00000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.955158 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2119  hypothetical protein  24.66 
 
 
402 aa  58.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1269  hypothetical protein  23.12 
 
 
387 aa  58.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5004  chemotaxis sensory transducer  21.75 
 
 
672 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.71371 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1909  domain of unknown function DUF1745  24.06 
 
 
408 aa  57.4  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1204  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  22.54 
 
 
931 aa  57  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.271509 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0982  domain of unknown function DUF1745  23.66 
 
 
666 aa  56.6  0.0000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.505903  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3657  domain of unknown function DUF1745  22.13 
 
 
416 aa  57  0.0000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2079  domain of unknown function DUF1745  22.99 
 
 
417 aa  55.1  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00286991  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2107  domain of unknown function DUF1745  23.26 
 
 
401 aa  53.9  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.206498 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2954  hypothetical protein  25.3 
 
 
395 aa  53.9  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2151  hypothetical protein  26.61 
 
 
383 aa  53.9  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.509879 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1899  hypothetical protein  25.95 
 
 
395 aa  53.1  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.598311  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0824  hypothetical protein  26.35 
 
 
379 aa  52.8  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4131  domain of unknown function DUF1745  23.75 
 
 
396 aa  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1202  fused sensor protein/response regulator  22.02 
 
 
934 aa  51.6  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127641  normal  0.087847 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1203  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  20.58 
 
 
932 aa  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00343755  normal  0.259486 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0615  hypothetical protein  24.19 
 
 
468 aa  52  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.948448  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2305  domain of unknown function DUF1745  22.16 
 
 
389 aa  50.8  0.00004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2153  hypothetical protein  22.68 
 
 
400 aa  50.4  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1476  domain of unknown function DUF1745  23.66 
 
 
629 aa  50.4  0.00005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.153758  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1520  domain of unknown function DUF1745  24.92 
 
 
1101 aa  50.1  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.593307 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4040  domain of unknown function DUF1745  23.75 
 
 
396 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1892  hypothetical protein  25.76 
 
 
382 aa  48.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.056146  normal  0.181862 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4141  hypothetical protein  25.13 
 
 
365 aa  48.5  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1866  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  23.37 
 
 
650 aa  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0012  hypothetical protein  28.72 
 
 
379 aa  47.4  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0572769  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0911  hypothetical protein  23.93 
 
 
400 aa  45.1  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.36206  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3884  domain of unknown function DUF1745  24.89 
 
 
1852 aa  45.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3184  hypothetical protein  25.82 
 
 
377 aa  45.4  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0268  diguanylate cyclase  22.17 
 
 
933 aa  43.9  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0380534  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0526  hypothetical protein  25.78 
 
 
380 aa  43.5  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>