More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0379 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  100 
 
 		 358 aa  709    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  78.67 
 
 		 384 aa  580  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  80.17 
 
 		 358 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  80.17 
 
 		 358 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  80.17 
 
 		 358 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  79.05 
 
 		 358 aa  568  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  77.93 
 
 		 368 aa  564  1e-160  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  59.78 
 
 		 358 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  59.23 
 
 		 358 aa  409  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  57.85 
 
 		 358 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  59.17 
 
 		 354 aa  388  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  55.37 
 
 		 358 aa  389  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  55.1 
 
 		 358 aa  386  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  56.55 
 
 		 354 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  53.99 
 
 		 358 aa  379  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  54.27 
 
 		 358 aa  373  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  54.4 
 
 		 358 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  53.99 
 
 		 358 aa  366  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  53.99 
 
 		 358 aa  365  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  59.05 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  57.66 
 
 		 354 aa  353  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  51.25 
 
 		 355 aa  328  7e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  50.28 
 
 		 355 aa  317  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  51.9 
 
 		 362 aa  304  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.79 
 
 		 355 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  49.84 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  49.53 
 
 		 354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  48.73 
 
 		 352 aa  265  8.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  46.46 
 
 		 351 aa  261  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  50 
 
 		 355 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.18 
 
 		 365 aa  256  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  47.68 
 
 		 350 aa  252  9.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  46.98 
 
 		 347 aa  251  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  47.3 
 
 		 347 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  46.35 
 
 		 347 aa  243  5e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.65 
 
 		 351 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  47.22 
 
 		 329 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  41.74 
 
 		 352 aa  219  7e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  40.9 
 
 		 352 aa  218  8.999999999999998e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 352 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  38.74 
 
 		 357 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  40.44 
 
 		 357 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  38.5 
 
 		 357 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 373 aa  203  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  40.5 
 
 		 357 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  39.07 
 
 		 357 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  40.66 
 
 		 357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  39.67 
 
 		 357 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  40.37 
 
 		 350 aa  191  1e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 349 aa  192  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  40.77 
 
 		 357 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  39.39 
 
 		 356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  40.85 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1436  inner-membrane translocator  45.13 
 
 		 344 aa  189  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.476305  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  39.01 
 
 		 357 aa  189  7e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  39.76 
 
 		 350 aa  189  9e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.57 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  38.9 
 
 		 355 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  40 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  37.6 
 
 		 349 aa  186  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  41.45 
 
 		 355 aa  186  6e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  38.03 
 
 		 348 aa  186  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  37.6 
 
 		 345 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  37.13 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  40.28 
 
 		 357 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 345 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  35.75 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 358 aa  166  8e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 356 aa  162  8.000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  38.25 
 
 		 356 aa  162  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 562 aa  140  3.9999999999999997e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  34.45 
 
 		 360 aa  139  6e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 370 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 358 aa  137  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  30.09 
 
 		 435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  32.16 
 
 		 381 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  30.4 
 
 		 358 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 407 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 321 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  30.09 
 
 		 324 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.89 
 
 		 325 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.7 
 
 		 418 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  29.66 
 
 		 398 aa  123  5e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 293 aa  122  9e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  31.61 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.92 
 
 		 425 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.92 
 
 		 425 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  30.55 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.92 
 
 		 425 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  30.3 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.92 
 
 		 425 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.92 
 
 		 425 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  27.23 
 
 		 418 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.2 
 
 		 418 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 415 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.59 
 
 		 425 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>