More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0376 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  100 
 
 		 329 aa  644    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  83.59 
 
 		 328 aa  546  1e-154  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  83.28 
 
 		 328 aa  531  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  80.85 
 
 		 329 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  81.16 
 
 		 329 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  81.16 
 
 		 329 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  78.83 
 
 		 326 aa  493  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  55.73 
 
 		 309 aa  321  9.999999999999999e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  55.11 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  54.94 
 
 		 309 aa  309  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  55.38 
 
 		 309 aa  302  6.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  56.35 
 
 		 309 aa  300  3e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  55.42 
 
 		 309 aa  298  9e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  55.73 
 
 		 310 aa  297  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  53.8 
 
 		 304 aa  295  7e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  53.25 
 
 		 309 aa  292  5e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  52.87 
 
 		 304 aa  292  5e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  52.32 
 
 		 293 aa  291  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  52.55 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  51.7 
 
 		 293 aa  285  5e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  51.7 
 
 		 293 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50.77 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  52.87 
 
 		 304 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  52.63 
 
 		 293 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  52.63 
 
 		 293 aa  281  9e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  51.08 
 
 		 293 aa  281  9e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  51.08 
 
 		 293 aa  281  9e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  49.85 
 
 		 293 aa  280  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  54.18 
 
 		 309 aa  279  5e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  55.52 
 
 		 309 aa  279  6e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.92 
 
 		 296 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  48.91 
 
 		 293 aa  276  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  53.56 
 
 		 309 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  50.46 
 
 		 297 aa  276  3e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  51.7 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  50.46 
 
 		 293 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  50.15 
 
 		 293 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  51.23 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  51.66 
 
 		 315 aa  266  5e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  33.74 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  33.13 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  31 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  31.37 
 
 		 290 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  31 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  29.85 
 
 		 294 aa  122  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  29.85 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.85 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  29.85 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.85 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.85 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.54 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  29.7 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.75 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  29.94 
 
 		 297 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  30.09 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 316 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 295 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 297 aa  116  6e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 304 aa  116  6e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 291 aa  116  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  26.9 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.85 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  29.14 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  31.01 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  28.27 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.49 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  28 
 
 		 335 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  30.09 
 
 		 291 aa  112  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  26.97 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  26.73 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  26.32 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  25.88 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  25.88 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.7 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  25.88 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  26.83 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  34.37 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  27.96 
 
 		 290 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>