More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0302 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0302  30S ribosomal protein S5  100 
 
 		 191 aa  379  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440819 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0271  30S ribosomal protein S5  88.3 
 
 		 187 aa  303  8.000000000000001e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228264  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0776  30S ribosomal protein S5  88.89 
 
 		 188 aa  303  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0981589  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0608  30S ribosomal protein S5  84.27 
 
 		 197 aa  296  9e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.424866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1732  30S ribosomal protein S5  88.76 
 
 		 187 aa  295  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0726866  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0378  30S ribosomal protein S5  88.76 
 
 		 187 aa  295  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.516384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2517  30S ribosomal protein S5  88.17 
 
 		 187 aa  293  8e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2753  ribosomal protein S5  74.33 
 
 		 186 aa  273  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3085  normal  0.221046 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1925  30S ribosomal protein S5  74.57 
 
 		 191 aa  259  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2462  30S ribosomal protein S5  73.96 
 
 		 192 aa  256  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2184  30S ribosomal protein S5  73.96 
 
 		 192 aa  256  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.357702 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2147  30S ribosomal protein S5  73.96 
 
 		 192 aa  256  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3431  30S ribosomal protein S5  72.38 
 
 		 190 aa  256  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.211149  normal  0.341232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2201  30S ribosomal protein S5  74.25 
 
 		 195 aa  254  5e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0854513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0336  30S ribosomal protein S5  74.85 
 
 		 192 aa  253  9e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0563  30S ribosomal protein S5  70.43 
 
 		 189 aa  251  3e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1562  30S ribosomal protein S5  73.53 
 
 		 190 aa  251  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.205213  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1381  30S ribosomal protein S5  73.37 
 
 		 191 aa  251  6e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.644809  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5053  30S ribosomal protein S5  70.72 
 
 		 190 aa  250  9.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1371  30S ribosomal protein S5  74.12 
 
 		 189 aa  249  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.868887  normal  0.133817 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1973  30S ribosomal protein S5  70.11 
 
 		 186 aa  248  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00407796  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4781  30S ribosomal protein S5  76.77 
 
 		 185 aa  248  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.694187  hitchhiker  0.00000059117 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2312  30S ribosomal protein S5  73.37 
 
 		 191 aa  246  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.324963  normal  0.444592 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1859  30S ribosomal protein S5  69.77 
 
 		 189 aa  246  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.451556  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3167  30S ribosomal protein S5  73.37 
 
 		 191 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.380109  normal  0.459785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3650  30S ribosomal protein S5  72.78 
 
 		 191 aa  244  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1778  30S ribosomal protein S5  68.16 
 
 		 201 aa  244  4.9999999999999997e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0732859  normal  0.169541 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1447  30S ribosomal protein S5  65.41 
 
 		 189 aa  244  6.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0715  30S ribosomal protein S5  68.21 
 
 		 189 aa  244  8e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.128922  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1003  30S ribosomal protein S5  69.77 
 
 		 189 aa  243  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0840798  decreased coverage  0.00550147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1349  30S ribosomal protein S5  64.86 
 
 		 189 aa  242  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000960578  normal  0.199719 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2671  30S ribosomal protein S5  71.18 
 
 		 199 aa  242  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.390109  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1216  30S ribosomal protein S5  74.84 
 
 		 186 aa  242  3e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1179  30S ribosomal protein S5  74.19 
 
 		 186 aa  241  3.9999999999999997e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.139582  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1631  30S ribosomal protein S5  67.91 
 
 		 201 aa  240  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339895  normal  0.120123 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1661  30S ribosomal protein S5  72.05 
 
 		 185 aa  239  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.115923  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1929  30S ribosomal protein S5  75.32 
 
 		 189 aa  238  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2983  30S ribosomal protein S5  71.79 
 
 		 192 aa  234  5.0000000000000005e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.394302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2801  30S ribosomal protein S5  73.29 
 
 		 242 aa  230  8.000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.481619 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1266  30S ribosomal protein S5  75.16 
 
 		 237 aa  229  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0807868  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1336  30S ribosomal protein S5  71.43 
 
 		 239 aa  228  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.159071 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2822  30S ribosomal protein S5  60.37 
 
 		 172 aa  204  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.137287  normal  0.25953 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0344  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.023774  normal  0.0422128 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2742  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0188185  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0293  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  204  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000423701  normal  0.0414454 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0284  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  204  8e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.117552  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0365  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  204  8e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3627  30S ribosomal protein S5  60.37 
 
 		 172 aa  203  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000356902  hitchhiker  0.0000000000160734 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0331  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  203  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109277  decreased coverage  0.00358329 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1039  30S ribosomal protein S5  61.69 
 
 		 173 aa  203  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0245561  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2615  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.052569  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0266  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118791  hitchhiker  0.0081122 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3759  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0375867  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3729  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00614597  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3495  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3787  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.773313  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3152  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0293332  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1941  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.337273  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3464  30S ribosomal protein S5  59.15 
 
 		 172 aa  202  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0267646  normal  0.0371853 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3051  30S ribosomal protein S5  59.76 
 
 		 172 aa  201  4e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0155994  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0390  30S ribosomal protein S5  61.04 
 
 		 173 aa  201  5e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00152796  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0398  30S ribosomal protein S5  61.04 
 
 		 173 aa  201  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274021  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3002  30S ribosomal protein S5  58.54 
 
 		 172 aa  201  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.214721  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3162  30S ribosomal protein S5  57.23 
 
 		 172 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.02216  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0337  30S ribosomal protein S5  57.58 
 
 		 172 aa  199  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0478966  hitchhiker  0.00120208 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3280  30S ribosomal protein S5  59.15 
 
 		 172 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00328937  hitchhiker  0.0000684502 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3300  30S ribosomal protein S5  57.83 
 
 		 172 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2933  30S ribosomal protein S5  59.15 
 
 		 172 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000097006 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2308  30S ribosomal protein S5  61.69 
 
 		 172 aa  198  3.9999999999999996e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0837042  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0492  30S ribosomal protein S5  55.76 
 
 		 172 aa  194  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.166117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0618  30S ribosomal protein S5  58.44 
 
 		 172 aa  194  7e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.442649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0514  30S ribosomal protein S5  55.23 
 
 		 176 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0137335  unclonable  0.0000000000177209 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0344  30S ribosomal protein S5  55.23 
 
 		 176 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.327612  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3426  30S ribosomal protein S5  56.97 
 
 		 172 aa  194  9e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.19701 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0067  30S ribosomal protein S5  56.02 
 
 		 169 aa  193  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00817055  hitchhiker  0.00000000000110208 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0070  30S ribosomal protein S5  55.42 
 
 		 172 aa  193  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.068486  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4226  30S ribosomal protein S5  58.44 
 
 		 174 aa  192  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00793595  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5053  30S ribosomal protein S5  57.32 
 
 		 172 aa  192  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0106855  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3321  30S ribosomal protein S5  53.98 
 
 		 174 aa  191  5e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00131629  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0340  ribosomal protein S5  56.63 
 
 		 171 aa  191  5e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000051388  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0864  SSU ribosomal protein S5P  51.12 
 
 		 177 aa  189  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0107209  hitchhiker  0.00625642 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0595  30S ribosomal protein S5  55.41 
 
 		 174 aa  187  5.999999999999999e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0331863  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0410  ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117054  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4626  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000983466  normal  0.887849 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3688  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000204497  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3598  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00671988  normal  0.0253177 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3619  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00166416  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0410  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000646681  hitchhiker  0.00000284656 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3786  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000185577  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3790  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3619  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0273199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3497  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000313723  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3692  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0779682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3727  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0653825 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03154  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 		 167 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03105  hypothetical protein  59.12 
 
 		 167 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00221736  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3734  30S ribosomal protein S5  59.24 
 
 		 166 aa  186  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000123332  decreased coverage  0.00107093 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0426  30S ribosomal protein S5  54.09 
 
 		 174 aa  187  1e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.712709  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0336  30S ribosomal protein S5  54.07 
 
 		 175 aa  186  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000198476  unclonable  0.0000000450156 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0422  30S ribosomal protein S5  59.24 
 
 		 166 aa  186  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0728588  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>