More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0277 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0277  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
205 aa  411  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.187422  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0247  50S ribosomal protein L4  85.37 
 
 
205 aa  355  1.9999999999999998e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.767965  normal  0.730186 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0584  50S ribosomal protein L4  82.52 
 
 
206 aa  347  8e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.745098 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2533  50S ribosomal protein L4  77.18 
 
 
206 aa  325  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202589  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1717  50S ribosomal protein L4  76.7 
 
 
206 aa  323  9e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27266  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0362  50S ribosomal protein L4  76.7 
 
 
206 aa  323  9e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0760  50S ribosomal protein L4  74.76 
 
 
206 aa  295  3e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.536286  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0352  50S ribosomal protein L4  63.11 
 
 
206 aa  259  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1909  50S ribosomal protein L4  62.62 
 
 
206 aa  254  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00049189  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2163  50S ribosomal protein L4  59.71 
 
 
206 aa  242  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.591953 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2441  50S ribosomal protein L4  59.71 
 
 
206 aa  242  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.527594  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2124  50S ribosomal protein L4  59.22 
 
 
206 aa  241  6e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1677  50S ribosomal protein L4  59.71 
 
 
206 aa  241  7e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1365  50S ribosomal protein L4  60.19 
 
 
206 aa  239  2e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.65413  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2219  50S ribosomal protein L4  59.22 
 
 
206 aa  239  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372251  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  60.68 
 
 
206 aa  238  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1680  50S ribosomal protein L4  58.74 
 
 
206 aa  237  9e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.097299  hitchhiker  0.0000499421 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  60.19 
 
 
206 aa  235  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  60.19 
 
 
206 aa  235  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1546  50S ribosomal protein L4  59.22 
 
 
206 aa  234  5.0000000000000005e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  59.71 
 
 
206 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  59.71 
 
 
206 aa  232  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  59.22 
 
 
206 aa  231  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1957  50S ribosomal protein L4  56.8 
 
 
206 aa  230  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0135033  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1232  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 
206 aa  229  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.24642  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1195  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 
206 aa  229  3e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.280242  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0579  50S ribosomal protein L4  54.85 
 
 
206 aa  227  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  57.28 
 
 
206 aa  224  6e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  56.8 
 
 
206 aa  224  8e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  56.31 
 
 
206 aa  223  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1615  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 
212 aa  220  9e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.140901 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1355  50S ribosomal protein L4  52.91 
 
 
206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal  0.0533022 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  56.31 
 
 
206 aa  218  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2967  50S ribosomal protein L4  54.41 
 
 
204 aa  218  6e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.191884  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1794  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 
211 aa  212  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130776  normal  0.0731355 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0667  50S ribosomal protein L4  53.88 
 
 
206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764856  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0699  50S ribosomal protein L4  53.88 
 
 
206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000231924  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2737  ribosomal protein L4/L1e  57.77 
 
 
206 aa  208  5e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.508185  normal  0.224795 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1945  50S ribosomal protein L4  54.41 
 
 
216 aa  208  6e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1250  50S ribosomal protein L4  56.31 
 
 
207 aa  200  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.919527  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2817  50S ribosomal protein L4  52.91 
 
 
208 aa  191  4e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1352  50S ribosomal protein L4  52.91 
 
 
208 aa  190  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.149539 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17340  Putative mitochondrial ribosomal protein L4  49.75 
 
 
224 aa  174  7e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000952824  normal  0.0986734 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  43.37 
 
 
207 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0611  50S ribosomal protein L4  39.51 
 
 
205 aa  153  2e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.937443  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  42.13 
 
 
207 aa  153  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  42.16 
 
 
207 aa  152  4e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  41.58 
 
 
207 aa  151  5.9999999999999996e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  41.58 
 
 
207 aa  151  5.9999999999999996e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0266  50S ribosomal protein L4  46.15 
 
 
200 aa  151  7e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000651042  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0410  50S ribosomal protein L4  39.51 
 
 
205 aa  150  1e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  42.16 
 
 
206 aa  150  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  149  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  149  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  149  3e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  149  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  149  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  149  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  149  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  149  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
207 aa  149  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0680  50S ribosomal protein L4  39.51 
 
 
204 aa  148  6e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0323983  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  40.91 
 
 
206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  39.71 
 
 
207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  43.28 
 
 
206 aa  145  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 
205 aa  143  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  43.33 
 
 
215 aa  142  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 
207 aa  142  5e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0267  ribosomal protein L4  43.88 
 
 
214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  unclonable  0.0000000000335514  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  37.86 
 
 
207 aa  137  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  37.44 
 
 
207 aa  136  2e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  41.12 
 
 
207 aa  136  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  38.81 
 
 
207 aa  136  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0452  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 
210 aa  135  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000515236  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_418  ribosomal protein L4  37.62 
 
 
210 aa  135  4e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00538527  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0475  50S ribosomal protein L4  36.63 
 
 
210 aa  134  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00700158  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  38.38 
 
 
209 aa  133  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  36.95 
 
 
209 aa  132  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  38.05 
 
 
208 aa  132  3e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  38.92 
 
 
207 aa  131  5e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1866  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 
213 aa  131  7.999999999999999e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0257015  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  37.5 
 
 
206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2906  ribosomal protein L4/L1e  40.38 
 
 
211 aa  130  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  36.82 
 
 
207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  35.75 
 
 
221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  37.86 
 
 
207 aa  129  2.0000000000000002e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2618  50S ribosomal protein L4/L1e  39.09 
 
 
206 aa  129  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0455519  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  35.41 
 
 
222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  37.76 
 
 
207 aa  129  3e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1417  ribosomal protein L4/L1e  37.38 
 
 
211 aa  129  3e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.977567  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  38.61 
 
 
208 aa  128  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 
206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  40.2 
 
 
206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  34.8 
 
 
223 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  37.93 
 
 
207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  36.63 
 
 
207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  37 
 
 
204 aa  126  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  37.86 
 
 
207 aa  125  4.0000000000000003e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  37.07 
 
 
205 aa  125  4.0000000000000003e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>