88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0258 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0258  preprotein translocase, SecE subunit  100 
 
 
66 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0559  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  65.08 
 
 
63 aa  89.4  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0741  preprotein translocase, SecE subunit  56.25 
 
 
81 aa  84.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0155553 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2548  preprotein translocase subunit SecE  59.38 
 
 
64 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0347  preprotein translocase subunit SecE  59.38 
 
 
64 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423362  normal  0.683866 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0333  preprotein translocase subunit SecE  59.38 
 
 
64 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.06103  normal  0.779327 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1705  preprotein translocase subunit SecE  59.38 
 
 
64 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.431782  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2701  preprotein translocase subunit SecE  52.31 
 
 
65 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0226  preprotein translocase subunit SecE  64.62 
 
 
65 aa  77.8  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33445  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1344  preprotein translocase subunit SecE  56.9 
 
 
63 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.755781  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1817  preprotein translocase subunit SecE  56.67 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723904  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3474  preprotein translocase subunit SecE  55.17 
 
 
63 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261673  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3203  preprotein translocase subunit SecE  55.17 
 
 
62 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1525  preprotein translocase subunit SecE  55.17 
 
 
63 aa  71.2  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2275  preprotein translocase subunit SecE  55.17 
 
 
63 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39962  normal  0.730245 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2723  preprotein translocase, SecE subunit  48.48 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0148464  normal  0.502256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0368  preprotein translocase, SecE subunit  54.24 
 
 
101 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1893  preprotein translocase, SecE subunit  54.24 
 
 
103 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.024176  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3358  preprotein translocase, SecE subunit  50.79 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234306 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4443  preprotein translocase, SecE subunit  46.77 
 
 
104 aa  67.8  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3694  preprotein translocase subunit SecE  50 
 
 
62 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1341  preprotein translocase, SecE subunit  47.46 
 
 
63 aa  66.6  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0600697  normal  0.152691 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2561  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  44.62 
 
 
65 aa  65.1  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1320  preprotein translocase, SecE subunit  47.54 
 
 
76 aa  65.1  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1318  preprotein translocase subunit SecE  55.93 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0854776  normal  0.244779 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1416  preprotein translocase subunit SecE  55.93 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970626  normal  0.402516 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4477  preprotein translocase, SecE subunit  45.76 
 
 
126 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3862  preprotein translocase, SecE subunit  52 
 
 
63 aa  61.6  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0603678 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1026  preprotein translocase, SecE subunit  48.21 
 
 
64 aa  62  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3996  preprotein translocase, SecE subunit  47.46 
 
 
126 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.142365  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4365  preprotein translocase, SecE subunit  47.46 
 
 
126 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0565  preprotein translocase subunit SecE  40.91 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153213  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0972  preprotein translocase subunit SecE  52.54 
 
 
66 aa  58.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00836456 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1941  preprotein translocase subunit SecE  51.67 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437033  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1250  preprotein translocase subunit SecE  51.67 
 
 
79 aa  57.4  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307359  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1211  preprotein translocase subunit SecE  51.67 
 
 
79 aa  57.4  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5089  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  51.02 
 
 
52 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0746312  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1808  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  38.98 
 
 
85 aa  54.3  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.480842  normal  0.242423 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0831  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  41.27 
 
 
64 aa  53.9  0.0000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1825  preprotein translocase subunit SecE  50 
 
 
67 aa  53.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0959491  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0834  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  35 
 
 
63 aa  50.1  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00337314  normal  0.0903052 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0445  preprotein translocase subunit SecE  36.84 
 
 
125 aa  47.8  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172809  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2869  preprotein translocase subunit SecE  41.67 
 
 
66 aa  47.4  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.07093  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2990  preprotein translocase subunit SecE  34.55 
 
 
83 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0696  preprotein translocase, SecE subunit  32.73 
 
 
130 aa  46.2  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00247694  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0321  preprotein translocase, SecE subunit  39.13 
 
 
127 aa  45.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000345657  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0267  preprotein translocase subunit SecE  35.71 
 
 
74 aa  45.1  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00826635  normal  0.0562332 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0282  SecE subunit of protein translocation complex  43.18 
 
 
132 aa  45.1  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632695  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002167  preprotein translocase subunit SecE  43.18 
 
 
126 aa  44.7  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000092259  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1102  preprotein translocase, SecE subunit  33.96 
 
 
62 aa  44.7  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000145064  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00231  preprotein translocase subunit SecE  43.18 
 
 
126 aa  44.7  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0636  preprotein translocase subunit SecE  39.13 
 
 
81 aa  44.3  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0204461  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0266  protein translocase subunit secE/sec61 gamma  43.48 
 
 
115 aa  43.9  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00308098  hitchhiker  0.00137847 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1825  preprotein translocase, SecE subunit  41.86 
 
 
76 aa  43.5  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4015  preprotein translocase subunit SecE  39.13 
 
 
83 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0367352  hitchhiker  0.00000028669 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0194  preprotein translocase subunit SecE  33.33 
 
 
135 aa  42.7  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000062993  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0445  preprotein translocase subunit SecE  32.73 
 
 
83 aa  42.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1449  preprotein translocase subunit SecE  30 
 
 
83 aa  42.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2724  preprotein translocase subunit SecE  45.24 
 
 
131 aa  43.5  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108515  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1868  protein translocase subunit  36.96 
 
 
127 aa  43.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000227332  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0504  preprotein translocase subunit SecE  46.51 
 
 
127 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1968  preprotein translocase subunit SecE  36.54 
 
 
63 aa  42.7  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.51744  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1333  preprotein translocase subunit SecE  34.48 
 
 
60 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0318216  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1445  SecE subunit of protein translocation complex  38 
 
 
126 aa  42.7  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.716956  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3846  preprotein translocase, SecE subunit  47.06 
 
 
98 aa  42  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4682  SecE subunit of protein translocation complex  33.93 
 
 
86 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000391505  hitchhiker  0.00819357 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1055  preprotein translocase subunit SecE  34.55 
 
 
64 aa  41.6  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.307784  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0306  preprotein translocase subunit SecE  45.45 
 
 
117 aa  41.6  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000970626  normal  0.0458537 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0190  preprotein translocase subunit SecE  31.48 
 
 
63 aa  41.6  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.000000126022  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2685  preprotein translocase subunit SecE  32.69 
 
 
63 aa  41.2  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000176795  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1766  preprotein translocase, SecE subunit  34.04 
 
 
78 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000113804  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1742  preprotein translocase, SecE subunit  34.04 
 
 
78 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0853  preprotein translocase, SecE subunit  46.34 
 
 
51 aa  41.2  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000244118  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2872b  preprotein translocase subunit SecE  36.96 
 
 
125 aa  40.8  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00131077  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0253  preprotein translocase subunit SecE  45.24 
 
 
126 aa  40.4  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0223726  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2854  preprotein translocase subunit SecE  42.86 
 
 
126 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.060593  normal  0.309086 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0262  preprotein translocase subunit SecE  45.24 
 
 
126 aa  40.4  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000233394  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0483  preprotein translocase, SecE subunit  33.33 
 
 
65 aa  40.8  0.007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000407474  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0468  preprotein translocase, SecE subunit  33.33 
 
 
65 aa  40.8  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000605579  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0235  preprotein translocase subunit SecE  45.24 
 
 
126 aa  40.4  0.008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0172434  normal  0.0123007 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2773  preprotein translocase subunit SecE  45.24 
 
 
126 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101762  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0334  preprotein translocase subunit SecE  45.24 
 
 
126 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000349091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0313  preprotein translocase subunit SecE  45.24 
 
 
126 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000158246  normal  0.139 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0351  preprotein translocase subunit SecE  36.17 
 
 
63 aa  40.4  0.008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000000092456  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3433  preprotein translocase subunit SecE  45.24 
 
 
126 aa  40.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00023001  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00689  Preprotein translocase subunit SecE  38.3 
 
 
112 aa  40  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000478021  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0282  preprotein translocase subunit SecE  39.13 
 
 
63 aa  40  0.01  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000441013  hitchhiker  0.00342924 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1060  preprotein translocase, SecE subunit  40 
 
 
124 aa  40  0.01  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>