More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0081 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3762  3-isopropylmalate dehydrogenase  83.97 
 
 		 367 aa  634    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0081  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 368 aa  748    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0813149 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  82.79 
 
 		 366 aa  626  1e-178  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2518  3-isopropylmalate dehydrogenase  81.89 
 
 		 369 aa  609  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0162  3-isopropylmalate dehydrogenase  81.62 
 
 		 369 aa  607  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0440  3-isopropylmalate dehydrogenase  80.11 
 
 		 373 aa  603  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.506295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0859  3-isopropylmalate dehydrogenase  81.82 
 
 		 351 aa  580  1e-164  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1425  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.64 
 
 		 368 aa  463  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3178  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.29 
 
 		 370 aa  462  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3595  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.59 
 
 		 370 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.67 
 
 		 370 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300052  normal  0.0119637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2795  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.23 
 
 		 370 aa  455  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3282  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.84 
 
 		 370 aa  455  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.225159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3381  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.19 
 
 		 370 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.461666  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0240  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.23 
 
 		 378 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.198337  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0226  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.41 
 
 		 370 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2452  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.13 
 
 		 369 aa  449  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0855456  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0890  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.77 
 
 		 370 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0834  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.77 
 
 		 370 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.653748  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3900  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.36 
 
 		 370 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.143543  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3287  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.09 
 
 		 371 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.339501  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1191  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.38 
 
 		 370 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.14 
 
 		 370 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0490  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.14 
 
 		 370 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2524  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.58 
 
 		 369 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.714708  normal  0.231769 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2747  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.31 
 
 		 369 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.260828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4224  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.36 
 
 		 370 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.185237 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2589  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.62 
 
 		 370 aa  437  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2147  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.58 
 
 		 370 aa  436  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.377914  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4359  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.81 
 
 		 370 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 		 360 aa  428  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3510  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.38 
 
 		 370 aa  426  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100166 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.92 
 
 		 379 aa  427  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.76 
 
 		 361 aa  426  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.83 
 
 		 359 aa  427  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.95 
 
 		 360 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.95 
 
 		 360 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.23 
 
 		 360 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.23 
 
 		 357 aa  422  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.95 
 
 		 360 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.23 
 
 		 360 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.23 
 
 		 360 aa  418  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0213  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.71 
 
 		 350 aa  420  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.209682 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7390  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.51 
 
 		 368 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.83 
 
 		 357 aa  421  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 		 360 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.9 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.13 
 
 		 360 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.2 
 
 		 360 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.9 
 
 		 359 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.23 
 
 		 360 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2669  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.19 
 
 		 369 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6646  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 		 368 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.4 
 
 		 357 aa  412  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 		 357 aa  414  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.94 
 
 		 362 aa  410  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.89 
 
 		 357 aa  408  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.89 
 
 		 356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.78 
 
 		 353 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.02 
 
 		 360 aa  404  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.92 
 
 		 357 aa  404  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1182  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.99 
 
 		 369 aa  398  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.94 
 
 		 351 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.97 
 
 		 357 aa  398  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.16 
 
 		 362 aa  395  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.69 
 
 		 357 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.73 
 
 		 356 aa  395  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.11 
 
 		 350 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.3 
 
 		 353 aa  392  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.47 
 
 		 357 aa  393  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1934  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.68 
 
 		 367 aa  392  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00169189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.32 
 
 		 354 aa  388  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1047  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.52 
 
 		 357 aa  391  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.52 
 
 		 361 aa  385  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.91 
 
 		 356 aa  386  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.52 
 
 		 361 aa  385  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.41 
 
 		 359 aa  387  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.89 
 
 		 357 aa  385  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.25 
 
 		 363 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1410  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.78 
 
 		 367 aa  382  1e-105  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.531545  normal  0.584251 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5238  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.2 
 
 		 356 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.37874 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1677  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.47 
 
 		 367 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2887  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.42 
 
 		 355 aa  382  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.423656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2472  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.7 
 
 		 355 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.55 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.92 
 
 		 356 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2311  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.14 
 
 		 355 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1793  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.37 
 
 		 356 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1819  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.97 
 
 		 356 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.7246  normal  0.707373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6847  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.14 
 
 		 355 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0118477  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2143  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.7 
 
 		 356 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.87 
 
 		 355 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.172832  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1852  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.87 
 
 		 355 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614244  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1726  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.87 
 
 		 355 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0775  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.87 
 
 		 355 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0341042  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2131  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.59 
 
 		 355 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.609597  normal  0.0221523 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0674  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.87 
 
 		 355 aa  375  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00238259  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.14 
 
 		 362 aa  377  1e-103  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4415  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.59 
 
 		 355 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0523  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.87 
 
 		 355 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.653046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>