More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0061 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0061  amidase  100 
 
 		 443 aa  872    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222867  hitchhiker  0.0000105372 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2898  amidase  66.89 
 
 		 465 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0193721  normal  0.48619 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0058  amidase  65.76 
 
 		 443 aa  530  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.633251  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0426  amidase  63.24 
 
 		 440 aa  514  1e-144  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0143  amidase  65.16 
 
 		 441 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0981668  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1493  amidase  65.21 
 
 		 436 aa  499  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2671  amidase  59.2 
 
 		 441 aa  443  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1307  amidase  44.59 
 
 		 451 aa  284  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256465  normal  0.0218036 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  39.64 
 
 		 459 aa  265  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  38.11 
 
 		 456 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3413  hypothetical protein  40 
 
 		 453 aa  243  6e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5792  hypothetical protein  36.49 
 
 		 456 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0135813 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  37.18 
 
 		 449 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2696  amidase  39.43 
 
 		 457 aa  212  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0910993  normal  0.599715 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2771  amidase  40.11 
 
 		 453 aa  211  2e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.170685  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  37.99 
 
 		 449 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1757  amidase  38.54 
 
 		 450 aa  207  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.906922  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  35.31 
 
 		 463 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1927  amidase  38.36 
 
 		 440 aa  207  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.226635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2851  amidase  39.29 
 
 		 413 aa  204  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15292 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3904  amidase  36.44 
 
 		 449 aa  202  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1688  amidase  35.9 
 
 		 449 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.481461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0849  amidase  39.86 
 
 		 457 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3448  Amidase  36.34 
 
 		 447 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2277  amidase  36.17 
 
 		 449 aa  201  3e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6340  amidase  35.94 
 
 		 440 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1444  amidase  36.07 
 
 		 456 aa  196  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0375  amidase  36.14 
 
 		 447 aa  196  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2934  amidase  33.33 
 
 		 450 aa  194  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2690  amidase  34.95 
 
 		 449 aa  192  8e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1388  amidase  35.83 
 
 		 451 aa  190  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0511  amidase  36.7 
 
 		 452 aa  190  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.227764  normal  0.354822 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1980  amidase  39.53 
 
 		 453 aa  190  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.078778 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0589  amidase  38.03 
 
 		 448 aa  190  5e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0498  amidase  37.41 
 
 		 453 aa  189  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4204  amidase family protein  36.71 
 
 		 442 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3744  amidase  38.62 
 
 		 427 aa  187  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1873  amidase  35.47 
 
 		 450 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.028734  normal  0.804563 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4752  amidase  35.19 
 
 		 457 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  33.92 
 
 		 463 aa  185  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1988  amidase  36.55 
 
 		 469 aa  182  7e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.616818  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2598  amidase  35.46 
 
 		 441 aa  182  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3938  hypothetical protein  35.84 
 
 		 457 aa  180  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0362  amidase  32.38 
 
 		 423 aa  176  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0472212  normal  0.965873 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1387  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  33.26 
 
 		 467 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.593725  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  33.48 
 
 		 463 aa  171  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.26 
 
 		 486 aa  172  2e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2686  amidase  35.2 
 
 		 437 aa  169  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.05 
 
 		 486 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5708  Amidase  34.76 
 
 		 447 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549734  normal  0.148975 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2093  hypothetical protein  35.12 
 
 		 477 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598821 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4364  amidase  35.7 
 
 		 471 aa  167  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000480403  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5041  amidase  37.83 
 
 		 435 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0912342  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.21 
 
 		 486 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1721  amidase  38.97 
 
 		 427 aa  163  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0870166  normal  0.409578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0886  amidase  36.41 
 
 		 458 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2373  amidase  35.81 
 
 		 458 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.172114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2972  amidase  35.99 
 
 		 616 aa  161  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.943574  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2603  amidase  35.99 
 
 		 616 aa  161  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385736  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0172  amidase  35.99 
 
 		 616 aa  161  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1213  amidase  33.33 
 
 		 471 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0901  amidase  36.11 
 
 		 463 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.0184899 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1615  amidase  35.4 
 
 		 476 aa  160  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2586  amidase  37.67 
 
 		 448 aa  160  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182756  normal  0.110862 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0457  amidase  35.99 
 
 		 458 aa  160  6e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0975  amidase  35.99 
 
 		 458 aa  160  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3019  amidase  35.99 
 
 		 472 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2912  amidase  35.99 
 
 		 472 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.593639  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1222  amidase  37.67 
 
 		 448 aa  159  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.819816  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0220  amidase  33.69 
 
 		 471 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.855119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0827  Amidase  32.96 
 
 		 470 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0223449  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.9 
 
 		 491 aa  157  3e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0715  amidase  36.57 
 
 		 462 aa  157  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0543  amidase  35.9 
 
 		 458 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.265653  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1022  amidase  35.9 
 
 		 458 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86906  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  28.38 
 
 		 470 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0898  amidase  36.41 
 
 		 458 aa  156  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4134  amidase  37.06 
 
 		 458 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.81 
 
 		 485 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.17 
 
 		 494 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3985  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.26 
 
 		 489 aa  155  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.825512  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4470  Amidase  35.28 
 
 		 530 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.141503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2984  amidase  35.53 
 
 		 435 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.41 
 
 		 475 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0887  amidase  34.48 
 
 		 452 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.837099 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3039  amidase  36.49 
 
 		 459 aa  152  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0144901 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1437  amidase  35.19 
 
 		 457 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  28.54 
 
 		 470 aa  152  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  28.28 
 
 		 486 aa  152  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0981  amidase  36.15 
 
 		 458 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0651175 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.62 
 
 		 485 aa  151  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.86 
 
 		 480 aa  150  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1493  amidase  35.8 
 
 		 432 aa  150  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.807355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4802  Amidase  32.66 
 
 		 468 aa  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.271791  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3176  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  33.67 
 
 		 500 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4452  amidase  33.95 
 
 		 446 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1878  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  31.58 
 
 		 463 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.667499  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3988  amidase  33.95 
 
 		 446 aa  146  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43113 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1458  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.07 
 
 		 488 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2168  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.98 
 
 		 485 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>