More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0038 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0038  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  464  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000503825 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0417  two component transcriptional regulator  91.23 
 
 		 228 aa  434  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0051  two component transcriptional regulator  89.91 
 
 		 228 aa  426  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.480932 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0847  two component transcriptional regulator  89.47 
 
 		 228 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2505  two component transcriptional regulator  89.47 
 
 		 228 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.472327  normal  0.764107 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3128  two component transcriptional regulator  88.16 
 
 		 228 aa  411  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.780725  hitchhiker  0.000183133 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2374  two component transcriptional regulator  84.21 
 
 		 228 aa  403  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2950  two component transcriptional regulator  68.58 
 
 		 256 aa  325  5e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0440  winged helix family two component transcriptional regulator  65.2 
 
 		 228 aa  320  8e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.79352 
 
 
-
 
NC_004310  BR2006  DNA-binding response regulator  66.67 
 
 		 227 aa  320  9.999999999999999e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.347503  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1929  DNA-binding response regulator  66.67 
 
 		 227 aa  320  9.999999999999999e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1289  two component transcriptional regulator  66.52 
 
 		 240 aa  320  1.9999999999999998e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.101499  normal  0.741023 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0965  two component transcriptional regulator  66.22 
 
 		 227 aa  318  3.9999999999999996e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0381  two component transcriptional regulator  64.76 
 
 		 228 aa  318  5e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.638697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0087  transcriptional regulatory protein  64.76 
 
 		 228 aa  315  3e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.701272  normal  0.0818275 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0286  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.76 
 
 		 228 aa  315  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4227  two component response regulator  67.26 
 
 		 227 aa  313  9e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0109817  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1771  two component transcriptional regulator  66.08 
 
 		 228 aa  312  2.9999999999999996e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.046286 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3056  two component transcriptional regulator  66.96 
 
 		 253 aa  311  4.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0280  two component transcriptional regulator  63.88 
 
 		 228 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.123527 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3763  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.33 
 
 		 227 aa  309  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4088  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.89 
 
 		 227 aa  306  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3424  two component transcriptional regulator  65.33 
 
 		 227 aa  301  7.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0332  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.11 
 
 		 228 aa  299  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0145192 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0229  two component transcriptional regulator  62.11 
 
 		 228 aa  296  3e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.444604  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1399  two component transcriptional regulator  61.67 
 
 		 228 aa  292  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1017  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.35 
 
 		 228 aa  288  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5036  two component transcriptional regulator  65.71 
 
 		 232 aa  286  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.367828 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0177  two component transcriptional regulator  64.32 
 
 		 228 aa  285  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4105  two component transcriptional regulator  60.35 
 
 		 228 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.400488 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0094  two component transcriptional regulator  64.76 
 
 		 228 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.402679  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0044  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.57 
 
 		 238 aa  281  4.0000000000000003e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.164674  normal  0.0215513 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2814  two component transcriptional regulator  59.83 
 
 		 240 aa  277  8e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1576  response regulator receiver  58.59 
 
 		 235 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.630975  normal  0.0547836 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1855  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.59 
 
 		 228 aa  271  5.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.848692 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1663  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.59 
 
 		 228 aa  271  6e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.489331 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0059  DNA-binding response regulator  47.3 
 
 		 228 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3638  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 270 aa  167  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  39.74 
 
 		 235 aa  154  8e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 235 aa  154  9e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  39.74 
 
 		 235 aa  154  9e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  39.74 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  39.74 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  39.74 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  39.74 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  39.74 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  39.74 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  39.74 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 235 aa  151  8e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 229 aa  148  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1871  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.105791  normal  0.266081 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21090  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  39.21 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.664911  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.39 
 
 		 236 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  39.74 
 
 		 226 aa  145  3e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.13 
 
 		 239 aa  146  3e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.77 
 
 		 239 aa  146  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  39.91 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  39.73 
 
 		 230 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  38.77 
 
 		 229 aa  145  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.99 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  37.23 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1304  DNA-binding response regulator  36.73 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.18531  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2763  DNA-binding response regulator  36.73 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  hitchhiker  0.000236663 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1618  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 254 aa  142  3e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1414  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 235 aa  142  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2712  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00552555  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2389  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 240 aa  142  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0687652  decreased coverage  0.0000973314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0772  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.1 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0367  response regulator receiver  39.56 
 
 		 233 aa  142  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0707  winged helix family two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 222 aa  141  7e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  38.94 
 
 		 231 aa  141  7e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 231 aa  141  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1155  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 230 aa  141  8e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.560017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08590  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  38.94 
 
 		 239 aa  141  9e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.857083 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 241 aa  141  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  34.35 
 
 		 232 aa  141  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  36.8 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08510  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  38.74 
 
 		 227 aa  140  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103906  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4122  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.84 
 
 		 223 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0200  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0955644  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0436  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18923  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.19 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.19 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.21 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2599  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.62 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2629  two component signal transduction response regulator  35.62 
 
 		 238 aa  139  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0673  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3061  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  40.09 
 
 		 256 aa  139  3e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  34.76 
 
 		 241 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 		 233 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  38.3 
 
 		 253 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0235  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 230 aa  139  4.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  38.91 
 
 		 225 aa  138  6e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1333  response regulator receiver protein  37.22 
 
 		 222 aa  138  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.40527  normal  0.1595 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>