More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0036 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0036  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 262 aa  536  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000572838 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0053  exodeoxyribonuclease III  75.57 
 
 		 262 aa  420  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2372  exodeoxyribonuclease III Xth  74.62 
 
 		 261 aa  408  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681659  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0421  exodeoxyribonuclease III  71.37 
 
 		 262 aa  403  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0848  exodeoxyribonuclease III  71.37 
 
 		 262 aa  394  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0490344  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  71.76 
 
 		 262 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24469  hitchhiker  0.00159144 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2506  exodeoxyribonuclease III Xth  70.99 
 
 		 262 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1927  exodeoxyribonuclease III  59.55 
 
 		 289 aa  316  3e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2004  exodeoxyribonuclease III  59.55 
 
 		 268 aa  315  4e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3746  exodeoxyribonuclease III Xth  55.39 
 
 		 269 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.0169792 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0962  exodeoxyribonuclease III Xth  58.05 
 
 		 268 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3766  exodeoxyribonuclease III Xth  54.68 
 
 		 267 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0444  exodeoxyribonuclease III Xth  55.72 
 
 		 272 aa  304  9.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.264331  normal  0.0814808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3233  exodeoxyribonuclease III Xth  56.77 
 
 		 284 aa  301  5.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4232  exodeoxyribonuclease III  54.31 
 
 		 267 aa  301  8.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00320873  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4090  exodeoxyribonuclease III Xth  53.93 
 
 		 267 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4910  exodeoxyribonuclease III Xth  54.28 
 
 		 269 aa  298  5e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2893  exodeoxyribonuclease III Xth  53.53 
 
 		 269 aa  298  6e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0330  exodeoxyribonuclease III Xth  56.88 
 
 		 270 aa  297  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0159885 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4400  exodeoxyribonuclease III Xth  52.79 
 
 		 269 aa  296  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.299594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4030  exodeoxyribonuclease III Xth  52.79 
 
 		 269 aa  296  2e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4512  exodeoxyribonuclease III Xth  53.16 
 
 		 269 aa  296  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273616 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0379  exodeoxyribonuclease III  52.59 
 
 		 270 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0085  exodeoxyribonuclease III xth  53.87 
 
 		 295 aa  293  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.780104  normal  0.0810533 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0092  exodeoxyribonuclease III (xth)  54.04 
 
 		 293 aa  293  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209408  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3054  exodeoxyribonuclease III  54.48 
 
 		 268 aa  292  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1294  exodeoxyribonuclease III Xth  53.73 
 
 		 268 aa  290  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.956147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0284  exodeoxyribonuclease III Xth  52.22 
 
 		 270 aa  289  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.27736  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0442  exodeoxyribonuclease III  51.85 
 
 		 352 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.576927 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0095  exodeoxyribonuclease III  53.18 
 
 		 271 aa  284  9e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0278  exodeoxyribonuclease III (xth)  50.74 
 
 		 270 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0179  putative exodeoxyribonuclease III (xthA)  50.92 
 
 		 271 aa  281  5.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0414  exodeoxyribonuclease III Xth  53.73 
 
 		 267 aa  281  7.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.549191  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3190  exodeoxyribonuclease III  54.17 
 
 		 263 aa  278  5e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0194  exodeoxyribonuclease III Xth  50.74 
 
 		 290 aa  278  6e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.074274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2671  exodeoxyribonuclease III (xth)  50.78 
 
 		 264 aa  278  7e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.301429  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3788  exodeoxyribonuclease III Xth  51.15 
 
 		 285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.996968  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2948  exodeoxyribonuclease III  52.08 
 
 		 270 aa  266  2e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5009  exodeoxyribonuclease III Xth  48.31 
 
 		 268 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0045  exodeoxyribonuclease III Xth  51.71 
 
 		 270 aa  247  1e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.278915  normal  0.0499995 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3696  exodeoxyribonuclease III xth  43.67 
 
 		 249 aa  216  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  38.6 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  36.4 
 
 		 279 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1749  exodeoxyribonuclease III  36.84 
 
 		 259 aa  148  9e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1180  exodeoxyribonuclease III  35.34 
 
 		 264 aa  145  6e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.346551  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  35.42 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  35.47 
 
 		 262 aa  143  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  38.55 
 
 		 256 aa  143  4e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  36.23 
 
 		 258 aa  142  6e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  38.02 
 
 		 267 aa  142  7e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  36.43 
 
 		 254 aa  141  8e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  34.23 
 
 		 256 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  34.62 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  40 
 
 		 258 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  33.83 
 
 		 262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  33.83 
 
 		 262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  32.83 
 
 		 275 aa  139  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  35.32 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  37.45 
 
 		 265 aa  139  6e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  39.62 
 
 		 258 aa  138  7.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0065  exodeoxyribonuclease III Xth  37.22 
 
 		 259 aa  138  1e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  31.85 
 
 		 275 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  31 
 
 		 281 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  36.09 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  35.64 
 
 		 263 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0661  exodeoxyribonuclease III  34.56 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.984285  normal  0.57398 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1189  exodeoxyribonuclease III  37.32 
 
 		 265 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  35.61 
 
 		 265 aa  135  5e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  37.59 
 
 		 261 aa  135  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  37.22 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  34.07 
 
 		 267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  34.07 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  34.07 
 
 		 266 aa  133  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  35.09 
 
 		 277 aa  132  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  35.07 
 
 		 263 aa  132  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  35.29 
 
 		 263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  36.5 
 
 		 269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  32.47 
 
 		 260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  36.26 
 
 		 269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  34.35 
 
 		 255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1447  exodeoxyribonuclease III  35.69 
 
 		 258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0258  exodeoxyribonuclease III  34.81 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0433178  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  36 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  34.33 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1079  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 		 262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  31.14 
 
 		 281 aa  129  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  32.31 
 
 		 259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  32.84 
 
 		 260 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  32.84 
 
 		 279 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  32.95 
 
 		 260 aa  128  9.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  36.09 
 
 		 258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  31.5 
 
 		 281 aa  127  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  33.46 
 
 		 263 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  37.22 
 
 		 255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  36.84 
 
 		 255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  36.3 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  36.3 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  36.3 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  36.3 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  36.3 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>