299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0048 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 72 bp  97.6  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0032  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.386226  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0007  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146124  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2437  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2439  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2442  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2941  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.161896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2147  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2149  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2152  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2624  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0025  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000025626  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000584403  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000810946  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0793  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.44632e-33 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0213  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000777909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5740  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00013213  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5713  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000838851  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0868  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0112  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00195399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791725  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000409146  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5033  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556895  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5818  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000508092  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7224099999999997e-31 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>